哪个蛋白调控这个lncRNA？| 基于CLIP/RIP/RBNS公共数据研究转录后调控
在哪个蛋白质调控我感兴趣的基因？怎样筛选？基于分析或实验的可行方案V2.1一文介绍了如何从转录水平找哪个蛋白质调控了这个基因。
在谁来调控我感兴趣的lncRNA/circRNA/miRNA | 100%可行的解决方案V2.0一文介绍了
ncRNA向下调控了谁？
转录水平，ncRNA基因受谁调控
转录后，ncRNA受谁调控
有基于高通量实验的证据，有基于机器学习的预测方法。一篇没讲透，拆开细细看。
本文说说怎样通过高通量实验 + 测序，研究蛋白质跟RNA结合的调控机制。
什么样的蛋白质会结合RNA？
有一类RNA结合蛋白（简称RBP），它们会结合RNA，调控RNA加工。人类的1072个RBP：
蛋白质结合哪些RNA?
单独做一套RNA结合蛋白的RIP-seq、CLIP-seq或RNA Bind-n-Seq，能看到该RBP的靶基因是谁，motif长啥样。少数专门研究RBP的人对这样的问题感兴趣。
上面是模式图，下面是真实数据
更多的研究者想知道：
哪个RBP调控了我感兴趣的RNA
这就需要多套RIP/CLIP数据整合分析了。当你手里有成百上千套RIP-seq或CLIP-seq数据时，就看哪套数据在感兴趣的RNA上有peak，也就知道了哪个RBP结合了我的RNA。
上面是模式图，下面是真实数据
去哪找大量的RIP-seq、CLIP-seq
和RNA Bind-n-Seq数据呢？
有RBP database和ENCODE。下面视频由ENCODE成员Brenton R. Graveley讲述，Graveley Lab目前已为ENCODE产生759套数据，其中有30套RIP-seq数据。
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=q0549mbrndc&width=500&height=375&auto=0
部分截图出自ppt，需要ppt文件就发消息给嘉因小二：sinajia123，或长按下图，识别二维码
rnabiology.ircm.qc.ca/RBPImage，点击左下角“阅读原文”直达。
另外，ENCODE成员Yeo Lab为ENCODE产生339套数据，分别是332套eCLIP-seq和7套iCLIP-seq。
下面视频由Gene Yeo Lab的Eric Van Nostrand讲解，在谁来调控我感兴趣的lncRNA/circRNA/miRNA | 100%可行的解决方案V2.0一文中推送过，看过的可忽略。介绍了：
RBP数据库ENCORE里都有哪些数据；
eCLIP-seq数据处理pipeline和命令行；
以及用RBP数据库能做哪些研究？
https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=l0546b2m1us&width=500&height=375&auto=0
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