被申请人（一审被告、二审被上诉人）：莆田市地方税务局稽查局本院认为：本案的争议焦点主要有三个方面：一、税务机关能否根据实质课税原则独立认定案涉民事法律关系；二、对案涉民间借贷利息收入应否征收营业税、个人所得税等税款；三、对民间借贷产生的较大金额利息收入征收税款如何体现税收公平原则。一、关于税务机关能否根据实质课税原则独立认定案涉民事法律关系的问题根据《税收征收管理法》以及相关规定，税务机关是主管税收工作的行政主体，承担管辖权范围内的各项税收、非税收入征管等法定职责。因此，税务机关一般并不履行认定民事法律关系性质职能；且税务机关对民事法律关系的认定一般还应尊重生效法律文书相关认定效力的羁束。但是，税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款系其法定职责，在征收税款过程中必然会涉及对相关应税行为性质的识别和判定，而这也是实质课税原则的基本要求。否定税务机关对名实不符的民事法律关系的认定权，不允许税务机关根据纳税人经营活动的实质内容依法征收税款，将不可避免地影响税收征收工作的正常开展，难以避免纳税义务人滥用私法自治以规避或减少依法纳税义务，从而造成国家法定税收收入流失，而有违税收公平原则。而且，税法与民法系平等相邻之法域，前者体现量能课税与公平原则，后者强调契约自由；对同一法律关系的认定，税法与民法的规定可能并不完全一致：依民法有效之契约，依税法可能并不承认；而依民法无效之契约，依税法亦可能并不否认。因此，税务机关依据税收征收法律等对民事法律关系的认定，仅在税务行政管理、税额确定和税款征缴程序等专门领域有既决力，而当事人仍可依据民事法律规范通过仲裁或民事诉讼等方式另行确认民事法律关系。因而，在坚持税务机关对实质民事交易关系认定负举证责任的前提下，允许税务机关基于确切让人信服之理由自行认定民事法律关系，对民事交易秩序的稳定性和当事人权益并不构成重大威胁。当然，税务机关对实质民事交易关系的认定应当符合事实与税收征收法律规范，税务机关认为其他机关对相应民事法律关系的认定与其认定明显抵触的，宜先考虑通过法定渠道解决，而不宜迳行作出相冲突的认定。本案的特殊性在于，虽然泉州仲裁委员会相关仲裁文书确认鑫隆公司与陈建伟、林碧钦协议系《商品房买卖合同》并调解予以解除，但该仲裁由鑫隆公司于2014年3月18日申请，次日即3月19日即以调解书结案；且未独立认定任何案件事实。而税务机关已经就其系民间借贷关系的实质认定举证证明：陈建伟、林碧钦在《商品房买卖合同》签订之前，已经转账支付鑫隆公司人民币6000万元，而鑫隆公司在签订合同当日，又返还陈建伟500万元，即至签订《商品房买卖合同》之日，陈建伟、林碧钦共向鑫隆公司支付资金5500万元；合同双方签订《商品房买卖合同》后，陈建伟分别于2013年5月、7月、9月、10月、11月、12月、2014年1月、2月、3月，收到鑫隆公司转入资金共4740.5万元；林碧钦分别于2013年3月、4月、6月、8月、10月、2014年1月、3月，收到鑫隆公司转入资金共4587.5万元，即陈建伟、林碧钦合计收到鑫隆公司转入资金9328万元，扣除林碧钦于2013年10月10日支付给鑫隆公司的资金500万元，收支相抵后，较之《商品房买卖合同》价金5500万元还多出3328万元。上述陈建伟、林碧钦与鑫隆公司资金往来系客观真实发生，各方均不否认；陈建伟、林碧钦虽主张上述款项系鑫隆公司支付的“履约保证金”，但鑫隆公司在税务机关调查中并不承认存在所谓“履约保证金”，且出售商品房的房地产公司逐月按特定比例给购房人支付所谓“履约保证金”也并不符合商品房买卖交易习惯，而更符合民间借贷交易习惯。同时，税务机关还提供陈建伟、林碧钦在莆田市检察院等机关谈话笔录，其均承认借款5500万元给鑫隆公司，月利率5%，鑫隆公司以商品房作抵押，双方签订《商品房买卖合同》，一年内共收取利息3328万元的事实；鑫隆公司出具的《关于林碧钦部分往来款说明》《情况说明》，以及林新富、张双培等证人证言，也均证明陈建伟、林碧钦共借款5500万元给鑫隆公司的事实。因此，案涉《商品房买卖合同》仅仅是双方为了保证出借资金的安全而签订，具有一定的让与担保属性，但该交易行为也符合《中华人民共和国合同法》第一百九十六条规定的借贷合同法律关系。因此，税务机关依据实质课税原则，根据当事人民事交易的实质内容自行、独立认定陈建伟、林碧钦与鑫隆公司之间实际形成民间借贷法律关系，将陈建伟收取的、鑫隆公司支付的除本金以外的2140.5万元认定为民间借贷利息收入，符合事实和法律，即依据纳税人民事交易活动的实质而非表面形式予以征税。实质重于形式，是会计信息质量的要求。实质课税原则，是税法的要求，但没有法律中明确的条款规定，而是散见于税收实体法和程序法的个别规定中。比如《企业所得税法》第47条规定：“企业实施其他不具有合理商业目的的安排而减少其应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。”实质课税原则的应用边界在哪里？实务中对此争议很大。有人认为所有的税务案件都应该考量其经济实质，根据实质来征税；有人说不能所有的税务案件都去调查其经济实质，应该是部分适用。
该案是最高人民法院的一个经典案例，对实质课税原则做了很好的阐述。我理解该判决书中的核心意思如下：一是税务机关对民事法律关系的认定一般应尊重生效法律文书相关认定效力的羁束，也就是一般按形式课税；本案中，因税务机关证明了纳税人和企业之间并不是商品房买卖业务，实质是借贷业务，证据充分，最高法对实质课税予以认可。