【实用帖】简单的维恩图分析技能,你get了吗?
当拿到不同时期样本表达的基因后,想查看每个时期中特异表达的基因的时候;
当拿到病毒感染不同程度的样本两两比较的差异基因后,想查看在整个感染过程中表达量都发生变化的基因的时候;
当拿到不同的软件预测的lncRNA后,想综合所有软件预测的结果的时候.;
.....
这些时候我们需要什么?
相信很多人会想到维恩图,在解决问题的同时,还为文章积累了一个小图。
维恩图(Venn diagram),又称文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图,用于展示在不同的事物群组之间的逻辑联系,表示集合间的从属关系。
今天小编就为大家介绍三种做维恩图的方法,简单get维恩图技能。
一、Word、WPS文档
首先,对于WPS文档,可以通过“插入”——“SmartArt”——“维恩图”或者“插入”——“形状”——“新建流程图 \ 脑图”—“Venn维恩图”。
方法1.“插入”—“SmartArt”
方法2. 插入”—“形状”—“新建流程图 \ 脑图”—“Venn维恩图”
左右滑动查看图片
而对于Word文档,方法相似,通过“插入”——“SmartArt”,“关系”类中最后便是维恩图。
用这种方法绘制维恩图之前,需要先统计每一组特有的数量及几组共有的数量,再将数字填入画好的维恩图中,最直接的办法就是目测,但是一般数据较多,那其中的工作量不言而喻了。还有一种比较简便的方法就是使用excel中的vlookup函数(使用方法见文末延伸阅读1),筛选统计特有、共有数量。
二、网页在线工具
现在也有几个比较成熟的在线工具网页可以绘制维恩图,比如
http://www.cmbi.ru.nl/cdd/biovenn/index.php,
http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl,
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html。
在这里跟大家介绍其中一款相对容易上手的在线工具biovenn。这个在线工具打开之后显示界面如下:
此工具支持2、3元维恩图,可以直接将复制粘贴在数据输入框中,也可以将数据文件导入其中,支持在线修改标题、图片颜色、字体和大小等。以其示例数据为例,具体操作及导入文件范例如下图:
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三、百迈客云工具
百迈客云(http://www.biocloud.net/)上多种分析小工具,其中就包含维恩图绘图工具,绘图界面如下:
此工具可统计输入样本之间共有或特有的元素并绘制韦恩图,同时可根据结果调整图片或查看图中不同区域对应数据的具体信息,绘制的维恩图可下载PNG和SVG两种格式的图片。可以绘制两种韦恩图:经典韦恩图、齿轮韦恩图,并可在两种样式之间切换。
此工具支持绘制2~6元韦恩图,可以通过“添加样本”按钮以及每个样本框右上角的关闭按钮添加或删除样本。
导入数据文件范例如下:
此工具绘制的维恩图支持在线修稿,包括样本名称、字体、大小、配色等。除此之外,还支持在线图片与数据表格交互查看的功能,并且可以下载每一区块对于的数据表格。此工具操作步骤如下:
在线编辑
图片&表格交互
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三种简单的维恩图绘制方法,你get了吗?如果有不同的方法或者更好的方法,欢迎留言分享。
延伸阅读~
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