【前沿资讯】Science | 不一样的单细胞测序

在生物组织中，功能的多样性部分是由于细胞特异性基因表达的复杂性而产生的，这就决定了每个组织独特的三维分子结构和细胞性质。用于亚细胞分辨率的基因表达空间映射的原位转录工具，可能适用于探测这些组织结构-功能关系，包括复合的原位RNA杂交和原位RNA测序。目前的原位测序方法面临着在密集、复杂的组织环境中实现酶反应的挑战，而且效率很低，但这种组织内测序的潜在价值可能是巨大的。然而，由于在哺乳动物大脑等组织中必需的灵敏度、保真度和通量可变性的基本限制，目前的测序方法尚未成功地应用于完整组织的3D研究。

在这里，作者开发并应用了一种3D组织内RNA测序技术，叫做STARmap(Spatially-resolved Transcript Amplicon Readout Mapping)，它集成了水凝胶组织化学(hydrogel-tissue chemistry)、靶向信号扩增(targeted signal amplification)和原位测序(in situ sequencing)，技术流程如下：

作者通过这样的一种技术把组织的3D结构和细胞类型及基因表达综合起来，得到特定脑组织中细胞类型的空间分布和基因表达图谱：

不同细胞类型分布图

基因表达水平

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参考文献：

Xiao Wang, William E. Allen, Matthew A. Wright, et al. Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states. Science. 2018 Jun 21.

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