ONT全长转录组技术全面升级，谁与争锋！
花开三月，莺飞燕舞~春姑娘带着清风、鲜花、细雨，也带着Nanopore——新一代测序技术，笑盈盈地向大家徐徐走来。遥记去年八月，百迈客与牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）达成长期合作，拥有MinION、GridION X5和PromethION三种型号全套测序仪；同年9月，又成为大陆首家具有RNA测序资质公司。截至目前，百迈客已经建立超过上百种物种类型的文库，拥有大量的项目经验！
ONT官方认证证书
随着高通量测序技术的发展，转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。二代测序技术通量高，更多的关注基因表达量，然其局限性在于测序读长短，转录本产生拼接错误，导致转录本结构不完整。生物体内复杂多变的转录本是调节基因表达和蛋白质多样性的重要机制，准确鉴定转录本结构，是深入研究基因表达调控模式的基础。
为了让Nanopore全长转录组技术更快、更好运用到科研项目，经不断努力，百迈客已搭建较为成熟的Nanopore全长转录组建库测序和信息分析流程，致力于将最前沿测序技术提供给科研工作者。
实测数据分享
1、下机数据展示
在经过滤短片段和低质量数据后，其N50在1500bp左右，测序的平均长度在1~2kb之间，平均质量值Q8以上。
在之前的推广中，曾说Nanopore转录组可不依赖二代测序数据进行定量分析，但只有测序的数据量达到饱和，定量才会准确。从我们目前的实测数据看，随着测序数据量的增加，不同片段长度的转录本在不到6G就均已达到饱和（图1.1），因此，使用Nanopore进行定量分析是完全可以做到的。众所周知，二代测序由于测序片段短，且存在桥式扩增，会有GC含量和PCR碱基偏好性，在定量上并不能很真实的反映转录本的表达情况。我们根据实测数据，将Nanopore与Illumina平台进行比较，发现Nanopore测序数据的GC含量偏好性要明显小于Illumina，可以更真实的反映生物体内转录本的表达情况。
图1.1 不同片段长度转录本饱和度图
图1.2 Nanopore（上）与Illumina（下）平台GC含量偏好性
通过实测项目可得，目前Nanopore全长率在60%~70%之间，要比Pacbio全长率稍高，且过滤后的clean data与基因组比对效率高于80%，比对效果优于二代测序技术。
2、准确鉴定基因结构
全长转录本的分析结果表明，Nanopore全长转录组测序在可变剪接、融合基因、可选择性多聚腺苷酸化APA等结构分析鉴定，更为精确和丰富。如下图所示，在鉴定可变剪接转录本方面，除了可以鉴定到基因组已知转录本，还能鉴定到很多新的转录本；同时数据统计可得，动物中可变剪接事件以外显子跳跃为主，植物中以内含子保留为主，该结果符合前人已有报道。
图2.1 准确鉴定基因结构
图2.2 可变剪接类型鉴定
本期的数据分享就到这里咯~更多实测数据，会陆续发布，敬请关注我们的微信公众号！
延伸阅读：ONT全长转录组测序系列一：初识篇