结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.83(10.02~10.08)
上周发布了哪些“结构”文章？又取得了哪些科研进展？
结构速递栏目以每周“结构”相关领域刊文为主题，梳理一周结构发文大事记，“结构速递”为您传递最新、最快、最权威的结构资讯。
2023.10.02~2023.10.08
CNS刊登文章
01
Nature
2023/10/04
1.“Sialoglycan binding triggers spike opening in a human coronavirus”
冠状病毒的刺突蛋白介导受体结合和膜融合，使它们成为中和抗体的主要靶点。在严重急性呼吸综合症冠状病毒、严重急性呼吸综合症冠状病毒和中东呼吸综合症冠状病毒的情况下，刺突蛋白可以在开放和闭合构象之间自由转变，以平衡与宿主细胞的结合和免疫逃避。刺突开放暴露出S1B结构域，使其能够与蛋白质受体结合，并且还被认为在膜融合过程中实现蛋白质重折叠。然而，除了一个例外，迄今为止已经研究过的所有其他冠状病毒的前融合刺突蛋白都只能在闭合状态下观察到。这引发了刺突蛋白可能在特定信号的作用下更常转变为开放状态的可能性，而不是自发地转变。
在这里，来自荷兰乌得勒支大学的Daniel L. Hurdiss和Raoul J. de Groot通过使用冷冻电镜和分子动力学模拟，展示了普通感冒冠状病毒HKU1的刺突蛋白在结合到S1A结构域的唾液糖基受体（sialoglycan-based primary receptor）后经历局部和远程的构象变化。这种结合通过变构域间相互作用促使S1B结构域转变为开放状态。本研究结果提供了关于冠状病毒附着的详细见解，包括双重受体使用和入侵的引导作为一种逃避免疫的手段的可能性。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06599-z
2023/10/04
2.“The PTPN2/PTPN1 inhibitor ABBV-CLS-484 unleashes potent anti-tumour immunity”
免疫检查点抑制对一些癌症患者有效，但大多数患者对当前的免疫疗法都表现出抵抗力，因此需要新的方法来克服抵抗。蛋白酪氨酸磷酸酶PTPN2和PTPN1是炎症的中心调控因子，它们在肿瘤细胞或免疫细胞中的基因删除可以促进抗肿瘤免疫反应。然而，磷酸酶是具有挑战性的药物靶点；特别是其活性位点被认为是难以药物干预的。
来自美国MIT的Robert T. Manguso以及Kathleen B. Yates和来自美国AbbVie的Philip R. Kym和Jennifer M. Frost介绍了ABBV-CLS-484（AC484）的发现和特性，这是一种首创的、口服可用的、高效的PTPN2和PTPN1活性位点抑制剂。AC484的体外治疗增强了对干扰素的反应，并促进了多种免疫细胞亚群的活化和功能。在对抗PD-1抑制剂的癌症小鼠模型中，AC484单药疗法产生了强大的抗肿瘤免疫反应。本文展示了AC484如何引发肿瘤微环境的炎症，并通过增强JAK-STAT信号传导和减少T细胞功能失调来促进自然杀伤细胞和CD8+ T细胞的功能。PTPN2和PTPN1的抑制剂为癌症免疫疗法提供了一种有前途的新策略，目前正在评估其在晚期实体瘤患者中的疗效（ClinicalTrials.gov标识符NCT04777994）。更广泛地说，本研究表明，针对关键的细胞内免疫调节因子的小分子抑制剂在临床前模型中可以实现与或超过基于抗体的免疫检查点抑制相媲美的疗效。最后，AC484代表了第一种进入癌症免疫疗法临床评估的活性位点磷酸酶抑制剂，可能为针对这一重要酶类的额外治疗方法铺平了道路。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06575-7
02
Science
2023/10/05
“Structure of a ribonucleotide reductase R2 protein radical”
为了合成脱氧核苷酸，生物体依赖于一类被称为核糖核苷酸还原酶的酶家族催化的一种自由基反应。产生所需的自由基并将其转移到酶活性位点内的正确残基是一项重要的生化任务。氧气核糖核苷酸还原酶（RNRs）通过在R2亚单位内产生自由基来启动DNA构建块的合成；然后，通过质子耦合电子转移（PCET）将自由基传递到催化的R1亚单位。我们通过x射线自由电子激光连续飞秒晶体学技术，展示了捕获的Ie类R2蛋白质自由基的高分辨率室温结构。该结构揭示了构象重排，以保护自由基并将其连接到易位途径上，结构变化传递到蛋白质与催化R1亚基互作的界面上。氢键网络的重构，包括非常短的2.41埃的O-O相互作用，可能在PCET期间调整和控制自由基。这些结构结果有助于解释RNR中的自由基处理和移动，并对蛋白质中的自由基转移具有一般意义。
原文链接
https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.adh8160
Cell
本周无
2023.10.02~2023.10.08
子刊刊登文章
01
Molecular Cell
10.04
“Crucial roles of the BRCA1-BARD1 E3 ubiquitin ligase activity in homology-directed DNA repair”
02
Nature Structural & Molecular Biology
10.05
“Structure of histone deacetylase complex Rpd3S bound to nucleosome”
03
Nature Communications
10.03
1. “Structural insights into the conformational changes of BTR1/SLC4A11 in complex with PIP2”
10.04
2.“Structure of the ceramide-bound SPOTS complex”
10.04
3.“Intermolecular interactions underlie protein/peptide phase separation irrespective of sequence and structure at crowded milieu”
10.04
4.“Structural mechanisms of the human cardiac sodium-calcium exchanger NCX1”
10.05
5. “Yeast Rad52 is a homodecamer and possesses BRCA2-like bipartite Rad51 binding modes”
10.05
6. “Claudin-23 reshapes epithelial tight junction architecture to regulate barrier function”
10.05
7.“Autoantibody binding and unique enzyme-substrate intermediate conformation of human transglutaminase 3”
10.07
8.“Acetylation-dependent coupling between G6PD activity and apoptotic signaling”
10.07
9.“Triepoxide formation by a flavin-dependent monooxygenase in monensin biosynthesis”
10.07
10.“Structural conservation of insulin/IGF signalling axis at the insulin receptors level in Drosophila and humans”
10.07
11. “Open structure and gating of the Arabidopsis mechanosensitive ion channel MSL10”
04
Science Advances
10.04
“Insights into dynamics and gating properties of T2SS secretins”
Cell Research
本周无
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
责编 | 囡囡
设计、排版 | 可洲
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