结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.101(2.05~2.11)
加星标，再也不怕错过更新！方法见文末动图。
2024.2.05~2024.2.11
CNS刊登文章
01
Nature
2024/2/07
“Structural basis of ribosomal 30S subunit degradation by RNase R”
蛋白质合成是细胞中一项重要的能量消耗过程，需要控制核糖体的生成和更新。尽管过去几年对核糖体生物合成有了重大进展的理解，但对核糖体降解的结构细节仍然不清楚。
来自德国汉堡大学的Helge Paternoga和Daniel N. Wilson实验室合作，展示了与3'到5'外切核糖核酸酶R（RNase R）相关的两种不同的小核糖体30S亚基降解中间体的自然结构。这些结构揭示了RNase R首先结合到30S平台，促进了重要的反Shine–Dalgarno序列和解码位点螺旋的降解。随后，当RNase R到达30S亚基的颈部区域时遇到了障碍，通过30S头部的重大结构重排（包括核糖体蛋白的丢失）来克服。RNase R与这一运动平行，并利用其N端螺旋-翻转-螺旋结构域作为锚，重新定位到解码位点。体外降解实验表明，头部重排是RNase R的主要动力学障碍，但同时也表明，仅凭这种酶就足以完全降解30S亚基。总的来说，这些研究结果为RNase R介导的30S降解提供了一个机制基础，并揭示了RNase R利用一种涉及结合位点锚定切换的动态机制来靶向孤立的30S亚基。
2024/2/07
“Allosteric modulation and G-protein selectivity of the Ca2+-sensing receptor”
钙感受受体（CaSR）是一种C家族G蛋白偶联受体（GPCR），在调节系统性钙稳态中扮演着重要角色。
来自美国斯坦福大学的Georgios Skiniotis课题组利用冷冻电镜和功能分析，研究了重组到脂质纳米盘中的人类CaSR的激活以及其与功能性Gi和Gq蛋白的耦合，以及在有无钙敏感药物西那卡西特存在下的影响。高分辨率结构显示，无论是Gi还是Gq，激活的CaSR二聚体都驱动了额外的构象变化，以稳定涉及关键蛋白-脂质相互作用的更广泛的不对称七跨膜结构域（7TM）界面。受体对选择性的Gi和Gq耦合是通过细胞内环和C端的重大重排实现的，它们不同程度地有助于两个G蛋白亚型的结合，从而形成不同的CaSR-G蛋白界面。结构还显示，天然多胺靶向CaSR的多个位点，通过将带负电荷的区域连接到两个原体之间来增强受体的激活。此外，研究人员还发现氨基酸L-色氨酸（作为CaSR细胞外结构域的著名配体）占据了G蛋白偶联原体的7TM束，与西那卡西酮和其他异位调节剂占据了相同的位置。这些结果为CaSR的G蛋白激活和选择性提供了一个框架，并为CaSR受内源性和非内源性配体的异构调节提供了理论支持。
02
Science
本周无
03
Cell
2024/2/06
“An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life”
蛋白质结构对于深入理解细胞过程至关重要。虽然人工智能的进步揭示了蛋白质的三级结构，但它们的四级结构仍然大部分未知。
来自以色列的魏茨曼科学研究所的Emmanuel D. Levy，来自印度理工学院的Sucharita Dey，来自瑞士洛桑的洛桑联邦理工学院Bruno E. Correia和来自英国布里斯托尔的布里斯托尔大学的Derek N. Woolfson合作设计了一种基于AlphaFold2的可扩展策略，用于预测横跨生命之树的四个蛋白质组中的同源寡聚体组装。结果表明，大约45%的古生菌蛋白质组和细菌蛋白质组以及两个真核蛋白质组的约20%形成同源体。研究预测准确捕获了蛋白质同源体化，重现了兆达顿复合物，并揭示了数百种同源体类型，包括三种经过结构确定实验证实的类型。将这些数据集与组学信息整合，表明大多数已知的蛋白质复合物是对称的。最后，这些数据集为解释疾病突变提供了结构背景，并揭示了coiled-coil区域是人类四级结构进化的主要促进因素。本研究策略适用于任何生物体，并提供了对蛋白质组中同源体化的全面视角。
2024.2.05~2024.2.11
子刊刊登文章
01
Cell Research
本周无
02
Molecular Cell
2.06
1. “Molecular dynamics-based identification of binding pathways and two distinct high-affinity sites for succinate in succinate receptor 1/GPR91”
（基于分子动力学的琥珀酸受体1/GPR91中琥珀酸结合途径和两个不同高亲和力位点的鉴定）
2.09
2. “Visualization of translation reorganization upon persistent ribosome collision stress in mammalian cells”
（哺乳动物细胞持续核糖体碰撞应激下翻译重组的可视化）
03
Nature Structural & Molecular Biology
2.05
1. “The palisade layer of the poxvirus core is composed of flexible A10 trimers”
（痘病毒核的栅栏层由灵活的A10三聚体组成）
2.05
2. “Structural basis for RNA polymerase II ubiquitylation and inactivation in transcription-coupled repair”
（转录偶联修复中RNA聚合酶II泛素化和失活的结构基础）
2.05
3. “Conformational ensemble of yeast ATP synthase at low pH reveals unique intermediates and plasticity in F1–Fo coupling”
（酵母ATP合酶在低pH下的构象集合揭示了F1-Fo偶联的独特中间体和可塑性）
2.05
4. “Multi-modal cryo-EM reveals trimers of protein A10 to form the palisade layer in poxvirus cores”
（多模态冷冻电镜揭示了蛋白质A10的三聚体在痘病毒核心中形成栅栏层）
2.07
5. “GPR161 structure uncovers the redundant role of sterol-regulated ciliary cAMP signaling in the Hedgehog pathway”
（GPR161结构揭示了甾醇调节的纤毛cAMP信号在Hedgehog通路中的冗余作用）
2.07
6. “Mechanism of millisecond Lys48-linked poly-ubiquitin chain formation by cullin-RING ligases”
（cullin-RING连接酶形成毫秒级lys48连接多泛素链的机制）
2.08
7. “Structural mechanisms of autoinhibition and substrate recognition by the ubiquitin ligase HACE1”
（泛素连接酶HACE1的自抑制和底物识别的结构机制）
2.08
8. “Constitutive activation mechanism of a class C GPCR”
（一类C类GPCR的保守激活机制）
2.08
9. “ Dynamic molecular architecture and substrate recruitment of cullin3–RING E3 ligase CRL3KBTBD2”
（cullin3-RING E3连接酶CRL3KBTBD2的动态分子结构和底物招募）
2.09
10. “Structural basis for excitatory neuropeptide signaling”
（兴奋性神经肽信号传导的结构基础）
2.12
11. Protein destabilization underlies pathogenic missense mutations in ARID1B”
（蛋白质不稳定是ARID1B致病性错义突变的基础）
04
Nature Communications
2.05
1. “Transport mechanism of human bilirubin transporter ABCC2 tuned by the inter-module regulatory domain”
（人胆红素转运体ABCC2在模块间调控域调控下的转运机制）
2.05
2. "The host RNA polymerase II C-terminal domain is the anchor for replication of the influenza virus genome”
（宿主RNA聚合酶II c端结构域是流感病毒基因组复制的锚点）
2.07
3. “Structural basis for the oligomerization-facilitated NLRP3 activation”
（寡聚化促进NLRP3活化的结构基础）
2.07
4. “Cryo-EM structure of the extracellular domain of murine Thrombopoietin Receptor in complex with Thrombopoietin”
（小鼠血小板生成素受体与血小板生成素复合物胞外区域的冷冻电镜结构）
2.07
5. “ASPSCR1-TFE3 reprograms transcription by organizing enhancer loops around hexameric VCP/p97”
（ASPSCR1-TFE3通过在六聚体VCP/p97周围组织增强子环来重编程转录）
2.07
6. "Structural basis for lysophosphatidylserine recognition by GPR34”
（GPR34识别溶血磷脂酰丝氨酸的结构基础）
2.08
7. “Molecular basis of SAP05-mediated ubiquitin-independent proteasomal degradation of transcription factors”
（sap05介导的泛素非依赖性蛋白酶体降解转录因子的分子基础）
2.08
8. “Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5 variant”
（SARS-CoV-2 Omicron XBB.1.5变异的病毒学特征）
2.08
9. "Autoinhibition and activation of myosin VI revealed by its cryo-EM structure”
（冷冻电镜结构揭示肌球蛋白VI的自抑制和活化作用）
2.08
10. “The acidic intrinsically disordered region of the inflammatory mediator HMGB1 mediates fuzzy interactions with CXCL12”
（炎症介质HMGB1的酸性内在紊乱区域介导与CXCL12的模糊相互作用）
2.10
11. “Disordered regions in proteusin peptides guide post-translational modification by a flavin-dependent RiPP brominase”
（蛋白肽中的紊乱区域通过黄素依赖性RiPP溴化酶引导翻译后修饰）
05
Science Advances
2.07
1. “Noncanonical interaction with microtubules via the N-terminal nonmotor domain is critical for the functions of a bidirectional kinesin”
（通过N端非运动结构域与微管的非规范相互作用对双向运动蛋白的功能至关重要）
2.07
2. “Dimerization of a 5-kDa domain defines the architecture of the 5-MDa gammaproteobacterial pyruvate dehydrogenase complex”
（5-kDa结构域的二聚化定义了5-MDa γ -变形菌丙酮酸脱氢酶复合物的结构）
2.09
3. “Molecular recognition and activation of the prostacyclin receptor by anti-pulmonary arterial hypertension drugs”
（抗肺动脉高压药物对前列环素受体的分子识别和激活）
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
责编 | 囡囡
设计、排版 | 可洲、王婧曈
微信号：FRCBS-THU
因扫码入群人员已满，可扫码添加中心官方微信号，管理员邀请入群
往期回顾
特别提示
微信公众号又双叒叕更改推送机制了，不是星标的订阅号，收到推送内容的时间会有延迟，甚至根本无法收到最新推送！不想错过FRCBS最新资讯，快来设为星标吧！
方法超简单，只需3秒钟！
点击上方卡片
关注我们吧
END
我知道你“在看”哟