The Innovation | COVID-19患者不同呼吸道样本核酸检测阳性率的比较

导  读

截至目前，全球新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染人数已经接近4800万，相关死亡人数超过120万。该病毒具有较强的人际间传播能力，无症状感染患者也可能成为传染源。因此，及时准确的诊断对于新冠病毒的防控具有非常重要的意义。呼吸道样本（包括咽拭子、鼻拭子、痰液、肺泡灌洗液等）是新冠病毒实验室诊断过程中最常用的样本，因此明确哪一种类型的呼吸道样本能够更准确地反应患者的感染情况对于提高实验室诊断的准确性非常重要。近日，深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）、国家感染性疾病临床医学研究中心的科研团队在Cell Press合作期刊The Innovation发表了题为“Comparative sensitivity of different respiratory specimen types for molecular diagnosis and monitoring of SARS-CoV-2 shedding in COVID-19 patients”的研究论文，详细阐述了不同呼吸道样本用于新冠病毒感染的实验室诊断及病毒载量监测的准确性。

图1 图文摘要

研究团队纳入了410名实验室确诊的新冠病毒肺炎（COVID-19）病例（90名重症/危重症患者，320名普通型/轻症患者），将这些患者的3552份呼吸道样本检测结果按照样本类型、不同采样时间进行了详细的回顾性对比分析（表1）。

表1  患者及样本信息统计

结果显示，除了肺泡灌洗液（BALF）以外，痰液在各个组别中的阳性率都是最高的（发病后0~7天组：82.6~87.5%；8~14天组：73.4~74.4%；15天及以后：29.5~38.3%），其次为鼻拭子（0~7天组：62.1~85.3%；8~14天组：53.1~68.8%；15天及以后：22.7~34%）。咽拭子的阳性率普遍低于痰液和鼻拭子，特别是重症组发病后8~14天的咽拭子样本，阳性率低于鼻拭子和痰液。这些结果提示，在采集样本用于SARS-CoV-2核酸检测时，应该优先采集痰液，其次为鼻拭子（图2）。单纯使用咽拭子样本用于筛查会增加出现假阴性结果的风险，特别是那些病程大于8天的重症患者。

图2  不同呼吸道样本类型、不同采样时间阳性率对比

研究团队接着对其中22例同时检测了上呼吸道样本和肺泡灌洗液的患者的系列检测结果进行详细对比分析（图3）。结果显示，重症患者发病后第4天的肺泡灌洗液样本中就能检测到高水平的病毒RNA，持续时间最长的可达46天。尽管所有的重症病例的肺泡灌洗液样本都能检测到病毒核酸，但是有的重症患者上呼吸道样本却检测不到病毒核酸（病例02、06和07）。与重症患者相反，普通型和轻症患者的肺泡灌洗液样本检测不到病毒核酸。这些结果提示，对于某些重症患者的实验室诊断及治疗过程中的病毒排毒情况监测，检测肺泡灌洗液样本是有必要的。同时，这个结果也提示我们病毒的分布可能与病情严重程度密切相关，为什么某些人感染后病毒停留在上呼吸道值得我们进一步研究。

图3  21例患者的上呼吸道及下呼吸道病毒核酸检测

此外，研究团队还发现有的病例在前3次或者所有上呼吸道样本中都检测不到病毒RNA（图3），但是肺部CT检查结果显示明显的毛玻璃样病变特征（图4），并最终通过实验室确诊为COVID-19患者。这进一步提示我们，CT检查能够为核酸检测提供一个很好的补充。在条件允许的情况下，对于一些有明确流行病学史、高度怀疑的病例在进行核酸检测的同时做CT检查有利于及时诊断。

图4  11例COVID-19患者肺部CT图像

结 论

自从COVID-19暴发以来，新冠病毒核酸检测假阴性率高等问题一直困扰着实验室。该研究通过系统的回顾性分析，发现COVID-19患者痰液和鼻拭子的阳性率显著高于咽拭子。其次，对于重症病例的诊断和病毒排毒过程监测，检测肺泡灌洗液中的病毒核酸很有必要。此外，CT检查能够一定程度上提高诊断的准确率。本研究结果为新冠病毒采样部位的选择和实验室分子诊断提供了重要依据。另，正式刊发前，预印本已有200+引用。

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https://www.sciencedirect.com/science/

article/pii/S2666675820300643

本文内容来自Cell Press 合作期刊The Innovation 第三期发表的Report文章“Comparative sensitivity of different respiratory specimen types for molecular diagnosis and monitoring of SARS-CoV-2 shedding in COVID-19 patients” (投稿: 20200720；接收: 20201030；在线刊出: 20201104；DOI: https://doi.org/10.1016/j.xinn.2020.100061

作者简介

深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）、国家感染病临床医学研究中心杨扬、杨明辉、以及感染科袁静和王福祥主任为本文共同第一作者；刘映霞教授、刘磊教授为本文共同通讯作者。肝病研究所和临床科室其他工作人员共同参与了该研究。

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