在许多人的印象中，印尼华人在当地的地位“低人一等”。
这个有着华裔人口约1200万的国家，经历了数次“排华”事件后，对当地的华人确实造成过巨大的伤害。
1959年颁布的第10号总统令，明令从1960年起禁止华侨在印尼县级以下的地区经商。这条法令被某些地区的军事权力部门掌控，成了“不准华侨在县级以下地区居住”。许多未入籍的华侨不但失去了土地和家园。造成了50多万华侨失去了生计，导致10万多华侨遭到了遣返。1965年9月30日，史称“9·30事件”，军人集团苏哈托发动政变夺取政权后，更是将“排华”事件推向高潮，侵占华人财产，关闭华校华文教育，煽动当地人洗劫华人华侨商铺。1966年3月11政权移交后，印尼的排华运动进入到了一个新的阶段，对于华侨的攻击开始变得更有系统性，地方军事当局和军警直接参与到排华暴乱中。从制度和政令方面对华侨公开驱逐。1966年的《远东经济评论》和美国《生活》杂志，在报导中称，有数十万的华人在这次暴乱中被杀害。1998年5月13日至15日，印尼又出现了“黑色五月暴动”，暴徒发动的一系列针对华人的暴动，在印尼雅加达等地发生严重骚乱中，数个城市成为“死亡之城”。数千暴徒焚烧华人的办公大楼、商店、住宅、汽车，有组织地针对华人进行烧、杀、奸、掠。导致1200多人在骚乱中丧生，5000多间华人商店和住宅惨遭烧毁。更令人发指的是，印尼暴徒还在光天化日之下，丧心病狂地强暴了数百名华人妇女。据妇女组织调查发现，骚乱中约有170名华人妇女被强暴和轮奸，其中有20多名华人妇女因此而重伤死亡，包括一个9岁和一个11岁女童，另据估计被强奸的华人妇女总数多达300人。我们伤心地看到，印尼政坛发生权力斗争白热化之时，当地华人却成了牺牲品。但执政者却对此坐视不理的态度，似乎有意使华人成为民众宣泄愤怒的替罪羊。“黑色五月暴动”导致独裁专制30多年的苏哈托政权下台，换上指定的接班人、技术官僚巴哈鲁丁·优素福·哈比比。但到了1999年印尼举行总统大选时，哈比比自知无法胜任总统之职，退出选举。阿卜杜勒拉赫曼·瓦希德(Abdurrahman Wahid)成为印尼新总统。这位自称是泉州陈氏后裔的瓦希德总统，上台执政后，推行民族和宗教平等及反对一切形式的歧视政策。具体措施就是颁布总统令，取消不允许华人庆祝春节的禁令，使得印尼华人30多年后第一次可以公开欢度中国的传统节日——春节。只有宗教背景而没有军方基础的瓦希德执政不到两年时间被弹劾下台，接任者是梅加瓦蒂，她的政府于2001年7月23日颁布第383号政令，正式规定春节为全国公共假日。梅加瓦蒂在任期间，推动了印尼宪法的修改，正副总统改为选民直选。值得一提的是，印尼从2004年开始，正副总统实行全民直选，任期五年。华人手中也有一票，政治地位与各民族平等了。现任总统佐科上台后，更是重视与华人的关系，每年农历新年前夕，到华人社团拜年，共同祝贺华人新年快乐。