减持限售股预扣预缴个税后未清算申报被税局补征2116万
国家税务总局***市税务局第三稽查局税务处理决定书
***税稽三处〔2022〕163号
蔡某：（纳税人识别号：210504********1327）
我局（所）于2020年7月30日至2021年10月8日对你（单位）2014年1月1日至2017年12月31日个人所得税情况进行了检查，违法事实及处理决定如下：
一、 违法事实
你持有***股份有限公司（简称：***，证券代码***，2012年***月***日在中小板上市）限售股总数15316273股，并于2015年3月2日全部解禁。你于2016年1月至4月间6次减持限售股，减持总股数为12500000股，成交金额625250000元，证券公司已预扣预缴个人所得税85127500元。你对上述减持限售股未进行个人所得税清算申报。
二、 处理决定及依据
根据《中华人民共和国个人所得税法》第一条、第二条第九项、第三条第五项、第六条第五项、第八条，《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第一条、第五条、第九条、第三十六条，《财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关规定》（财税〔2009〕167号），《财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的补充通知》（财税〔2010〕70号）、《财政部国家税务总局关于证券机构技术和制度准备完成后个人转让上市公司限售股有关个人所得税问题的通知》（财税〔2011〕108号）的规定，因你无法提供本次减持限售股的实际成本资料，对你上述减持“***”限售股股票12500000股的行为，按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费，应补征你“财产转让所得”个人所得税21165000元。
限你（单位）自收到本决定书之日起15日内到国家税务总局***税务局将上述税款及滞纳金缴纳入库，并按照规定进行相关账务调整。逾期未缴清的，将依照《中华人民共和国税收征收管理法》第四十条规定强制执行。
你（单位）若同我局（所）在纳税上有争议，必须先依照本决定的期限缴纳税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可自上述款项缴清或者提供相应担保被税务机关确认之日起六十日内依法向国家税务总局***税务局申请行政复议。
税务机关（印章）
二Ｏ二二年五月十七日
背景材料：
B公司位于境内D市，2012年2月在深圳证券交易所中小板上市，首日收盘价为40.06元/股。B公司上市时，任职于该公司的居民个人蔡某（公司董事）持有该公司股份851万股，股份限售期为36个月。
2013年6月和2014年9月，B上市公司分别实施以资本公积每10股转增5股、每10股转增2股的权益分派方案，由此使得蔡某所持股份变为1531.8万股；蔡某所持B公司股份解禁流通后，2015年3月，B上市公司再次实施以资本公积每10股转增10股的权益分派方案，由此使得蔡某所持股份变为3063.6万股。2016年1-4月，蔡某通过在A市开户的证券机构分6次减持B公司1250万股限售股，成交均价50.02元/股，成交金额为62525万元（减持限售股时蔡某已离职超过12个月且未在任何单位任职，户籍所在地与中国境内经常居住地均为D市）。
根据现行政策规定，A市证券机构已预扣预缴个人所得税8513万元。但是，蔡某未对上述减持的限售股进行个人所得税清算申报。根据转让限售股个人所得税的相关规定，因纳税人无法提供本次减持限售股的实际成本资料，A市税务局按照限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费，补征个人所得税2116万元。
蔡某税案中税企争议焦点在于，蔡某对外转让B公司限售股取得的所得，是否必须对该股份转让事项进行清算申报。
……纳税人清算申报时，应按照收入与成本相匹配的原则计算应纳税所得额。正如蔡某税案中，税务机关无权要求纳税人因转让限售股而必须清算申报。但是，蔡某以均价50.02元/股转让B上市公司限售股，而证券机构仅以上市公司上市首日收盘价40.06元/股预扣预缴了税款8513万元，如果蔡某按照现行税收政策选择不清算申报，则可以直接规避个人所得税2116万元，由此扭曲了税收公平原则。
(摘录自：梁富山.个人转让上市公司限售股税收问题研析[J].国际税收，2023（6）：76-81.）
吴某税案
F公司位于境内C市，2010年3月在深圳证券交易所创业板上市，首日收盘价为39.38元/股。任职于F公司的居民个人吴某（公司监事）持有F公司的股份限售期为3年。吴某所持F公司股份解禁流通后，分别在C市证券机构和外省D市证券机构分批减持F公司限售股3000多万股，总金额逾1亿元（减持限售股时吴某已离职超过12个月且未在任何单位任职，户籍所在地与中国境内经常居住地均为C市）。证券机构以新股限售股上市首日收盘价计算转让收入，以转让收入的15%核定限售股原值及合理税费，并预扣预缴个人所得税。随后在办理清算申报时，吴某未按规定以股份实际成本计算应纳税所得额，且在年度终了时未申报该股份转让事项。C市税务机关发现，吴某所持限售股成本原值清晰，实际单位成本与之前证券机构预扣预缴时“按照转让收入的15%核定限售股原值及合理税费”方式核定的转让成本相差2.7元/股，如果以3000万股计算，应纳税所得额相差8000多万元。C市税务人员约谈吴某，宣讲限售股转让的税收政策以及纳税申报规定等，并最终追补个人所得税1700万元。 吴某税案中税企争议焦点在于，股东吴某对外转让F公司限售股取得的所得，虽然进行了清算申报，但是在年度终了后是否必须对该股份转让事项进行纳税申报。
(摘录自：梁富山.个人转让上市公司限售股税收问题研析[J].国际税收，2023（6）：76-81.）
其他案例：
合伙企业减持限售股被稽查补征增值税、个税及滞纳金超1亿，自然人合伙人提起行政复议申请
财税[2009]167号：财政部、国家税务总局、中国证券监督管理委员会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知
三、个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。
即：应纳税所得额=限售股转让收入-(限售股原值+合理税费)应纳税额=应纳税所得额×20%
本通知所称的限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入。限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。
如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
四、限售股转让所得个人所得税，以限售股持有者为纳税义务人，以个人股东开户的证券机构为扣缴义务人。限售股个人所得税由证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。
五、限售股转让所得个人所得税，采取证券机构预扣预缴、纳税人自行申报清算和证券机构直接扣缴相结合的方式征收。证券机构预扣预缴的税款，于次月7日内以纳税保证金形式向主管税务机关缴纳。
根据证券机构技术和制度准备完成情况，对不同阶段形成的限售股，采取不同的征收管理办法。
(一)证券机构技术和制度准备完成前形成的限售股，证券机构按照股改限售股股改复牌日收盘价，或新股限售股上市首日收盘价计算转让收入，按照计算出的转让收入的15%确定限售股原值和合理税费，以转让收入减去原值和合理税费后的余额，适用20%税率，计算预扣预缴个人所得税额。
纳税人按照实际转让收入与实际成本计算出的应纳税额，与证券机构预扣预缴税额有差异的，纳税人应自证券机构代扣并解缴税款的次月1日起3个月内，持加盖证券机构印章的交易记录和相关完整、真实凭证，向主管税务机关提出清算申报并办理清算事宜。主管税务机关审核确认后，按照重新计算的应纳税额，办理退(补)税手续。纳税人在规定期限内未到主管税务机关办理清算事宜的，税务机关不再办理清算事宜，已预扣预缴的税款从纳税保证金账户全额缴入国库。
(二)证券机构技术和制度准备完成后新上市公司的限售股，按照证券机构事先植入结算系统的限售股成本原值和发生的合理税费，以实际转让收入减去原值和合理税费后的余额，适用20%税率，计算直接扣缴个人所得税额。
以上综合自税乎等