猜一猜这个人类肺部器官单细胞研究会发在CNS吗

Original 生信技能树单细胞天地 2022-06-07

最近在bioRxiv 预印本发现了一篇人类肺部器官单细胞研究，来自于斯坦福大学团队，发表在Aug. 27, 2019; doi: http://dx.doi.org/10.1101/742320 有约7万个单细胞数据，找到了58个细胞亚群，其中大部分是前人研究发现过的，但是有14个新亚群。

前人研究是：(11 epithelial, 5 endothelial, 7 stromal, 20 immune, and 2 neuronal cell types) 这些信息在Table S1. Canonical cell types (45) in the human lung and their abundances, markers, and available expression data. 需要大量的背景知识和人力才能整理出来。
作者的分类是：15 epithelial (clusters 1-15), 9 endothelial (16-24), 9 stromal (25-33), and 25 immune (34-58) populations

作者的亚群信息都在Table S2. Human lung cell cluster identities and their abundances in each dataset.分别是：

epithelial (club, ciliated, basal, goblet, mucous, serous,ionocyte, neuroendocrine, alveolar type 1, alveolar type 2),
endothelial (pulmonary artery, vein,capillary, lymphatic),
stromal (airway smooth muscle, vascular smooth muscle, fibroblast,myofibroblast, lipofibroblast, pericyte, mesothelium) compartments
免疫细胞比较清晰

前人定义的23种经典细胞类型中的7个 (ciliated, basal, alveolar type 2, capillary, bronchial vessel, myofibroblast, and fibroblast), 都被发现其实还可以进一步分群。

当然，本研究也使用了前面提到的两个小鼠器官单细胞图谱 , 里面介绍的2018年其实在nature和cell分布发表了小鼠器官单细胞图谱研究数据，表达矩阵都是可以直接下载的，浙江大学的研究有小白鼠近50种器官组织的40余万个细胞，斯坦福大学的研究从小鼠20个不同器官中分离出超过10万个细胞测序。