fasta格式文件处理大全（六）

前面我们介绍了fastq格式文件的处理，大概有20多个案例，掌握了这些案例，后面拿到fastq格式之后就可以根据需求，使用合适的软件工具进行处理了，从这次内容开始，我们将逐渐介绍fasta格式文件的处理。相比于fastq格式，fasta格式处理更加容易。

21 翻译成氨基酸

给定一个fasta格式的基因核酸序列，如何翻译成氨基酸，可以使用一些在线工具例如ExPaSy，EMBOSS等。直接上传基因的核酸序列即可。
ExPASy (Expert Protein Analysis System) Translation Tool - Swiss Institute of Bioinformatics.

https://web.expasy.org/translate/

EMBOSS Transeq from EBI.
https://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/
DNA to ProteinTranslation
http://bio.lundberg.gu.se/edu/translat.html

22 基因组拼接

fasta格式的序列也可以直接进行拼接，例如fasta格式的pacbio或者nanopore测序，可以直接进行拼接。

canu -p ouput -d result genomeSize=2.8m -num_threads 2 -nanopore-raw pacbio.fasta 

23 多序列比对 多序列比对可以用于构建系统发育树，给定多个样品的fasta格式，可以直接使用muscle，clustalw，mafft，megacc进行多序列比对。

muscle -in input.fasta -out output.mfa

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