前行念诵仪轨
首先，用左手托着曼茶罗的基盘，然后用右手的手腕部位来擦拭。有时间可以反复擦，擦越多越好，时间越长越好。擦曼茶罗基盘是擦自己的业障和烦恼。这里有很多不可思议的缘起。所以要认认真真地擦，这也是一种苦行，通过这种方式才能消除一切业障，才能积累福慧资粮。边擦边念百字明、边观想：擦去自己和一切众生往昔所造的所有罪业。擦完以后，把曼茶罗的基盘放在托盘上，再用香水在基盘上涂抹一层。这是供修三十七堆曼茶罗的第一步。
然后安置供堆、念诵仪轨（括号内是汉语翻译）：
嗡班匝波美阿吽
耶南巴达巴旺钦色杰萨耶 （金刚大自在地基）
嗡班匝热客阿吽
协嘉热括耶给果沃威色吽（外铁围诸山环绕）
热耶嘉波热 （其中妙高须弥山王）
此时右手的拇指和无名指拿着宝石在基盘的上面顺时针地旋绕一圈，最后放在中间，这有两个含义：一是旋绕的时候遣除了三千大千世界里所有的魔障，二是放在中间的宝石代表须弥山的种子。然后把代表铁围山的曼茶罗放在基盘上，接着念：
夏利帕波 （东圣身洲）
同时将第一堆供品放在中间，代表须弥山，再将第二堆供品放在东边，代表东胜身洲。曼茶盘对着自己的方向代表东方。
洛赞沃朗 （南瞻部洲）
将第三堆供品放在南边，代表南瞻部洲。
呢瓦朗秀 （西牛货洲）
将第四堆供品放在西边，代表西牛货洲。
向扎摩年 （北俱卢洲）
将第五堆供品放在北边，代表北俱卢洲。
这是东南西北四大洲，心里这样观想。观想特别重要，这也是一种表法。接着念诵：
利当利帕 （小身洲及圣身洲）
阿雅当阿雅沿 （小拂洲及妙拂洲）
友丹当蓝巧卓 （小行洲及胜道行洲）
扎摩年当扎摩年杰达 （声不美及声不美友洲）
前面是四大洲，这里是八小洲，每一个四大洲都有两个小洲，每两个小洲都摆在四大洲的左右两边。
接着念诵：
仁波其热沃 （众宝山）
须弥山前面、东胜身洲后面的一堆供品代表珍宝山。
华三杰祥 （如意树）
南瞻部洲后面、须弥山南面的一堆供品代表如意树
多玖瓦 （随欲宝牛）
玛木波洛多 （自然香稻）
这四种珍宝是四大洲所特有的。接着念诵：
括洛仁波切 （金轮宝）
诺沃仁波切 （摩尼宝）
怎摩仁波切 （玉女宝）
伦波仁波切 （大臣宝）
朗波仁波切 （白象宝）
达巧仁波切 （骏马宝）
玛弘仁波切 （将军宝）
得钦波耶温巴 （大藏宝瓶）
这些是轮王七宝加上宝藏瓶一共八种。
接着念诵：
嘎巴玛 （欢喜女）
幢瓦玛 （环串女）
勒 玛 （歌 女）
嘎 玛 （舞 女）
美多玛 （花 女）
德布玛 （香 女）
囊萨玛 （灯明女）
哲恰玛 （涂香女）
这代表八大天女手里拿的供品。
接着念诵：
涅 玛 （日）
达 瓦 （月）
仁波其德 （珍宝伞）
效利南巴嘉沃嘉灿 （至极尊贵超胜之表幢）
这样就圆满了，最后把宝顶放在上面，念诵：
拉当美华玖彭森措巴 玛仓瓦美巴德涅真坚匝瓦当 杰巴吉波华丹 喇嘛丹巴南拉 沃瓦杰奥（于中诸天及人所有富乐圆满具备 供献于大恩根本传承具德正士无上诸师）
特吉卓沃敦德义色所 义内辛吉拉德所
（如是供养 为利有情 恳祈纳受 受已 伏乞摄取我等众生于大悲心门中分外加持也）
七堆：
萨耶布其协向美多展（遍地香涂鲜妙杂花敷）
热ra郎耶涅迪坚巴德（须弥四洲日月顶庄严）
桑吉央得摩得颇瓦意（以此所缘诸佛佛土献）
卓根南达央拉秀巴效（愿诸众生清净佛刹行）
章格热 纳曼札波匝美嘎 萨摩札 萨帕 纳 萨玛耶阿吽
《上师瑜伽速赐加持》仪轨
首先念皈依颂，观想：“上师是三宝、三根本及一切诸佛菩萨的本体，我今天要皈依上师，乃至永远也不舍离。”以此心态念诵三遍：
那葵内色那卡刚瓦耶 安住虚空遍满虚空者
喇嘛耶丹堪竹措南当 上师本尊空行诸会众
桑吉秋当帕波给登拉 诸佛正法以及圣众前
达当桌折给贝嘉色切 我与六道众生敬皈依
接着念发心偈，观想：“为利益天边无际的一切众生，我要修持上师的果位而发无上菩提心。”以此心态念诵三遍：
达当塔意思剑南 我与无边诸有情
噫内桑吉印巴拉 本来即是正觉尊
印巴西波达涅德 了知如是之自性
香且确德思吉斗 即发殊胜菩提心
之后观想：轮回涅槃、清净不清净所摄的一切万法，是本来清净的大空性，在此境界中，自相不灭地显现出莲花和月轮。莲花和月轮之上观想红黄色的“德（དྷཱིཿ）”字，“དྷཱིཿ”字变成宝剑——文殊菩萨的标志。宝剑渐化为黄文殊，黄文殊变成上师，上师的形象是法王如意宝，本体与文殊智慧勇识无二无别，在五光萦绕的净现中显现。身上具足班智达的一切服饰，以说法手印持着莲花、经函和宝剑，金刚跏趺坐的方式而安住。
啊 啊
科德曲更甲达如毕昂 轮涅诸法本净觉性中
让当玛甲意西俄爱龙 自性不灭智慧五光界
俄吾华单加毕多吉啦 本体具德文殊金刚尊
南巴加吉意斯洛布尼 形象唯一怙主如意宝
呷萨则争班智达义其 白明美颜班智达之饰
曲恰夏杰RA支拿瓦南 说法手印持执宝剑函
夏尼吉中俄热木美卓 二足跏趺照射无边光
让郎达毕坚得拉美萨 一切自现观为净明然
上师的身姿服饰等，与麦彭仁波切、宗喀巴大师的完全一样。唯一不同的是，面容是法王如意宝的形象。
有些人根据《金刚帐续》的观点说，不能观为上师的形象，必须要观佛陀或本尊的形象。但无垢光尊者在《大圆满虚幻休息》中反驳道：“这是不合理的。因为这是修上师瑜伽，而不是修本尊瑜伽。经续中并没有说依靠本尊六个月就能成就，而唯有修持上师瑜伽，才能获得这种悉地。”所以，一定要观上师的形象。
还有些人认为只要皈依三宝就可以了，没有必要修持上师。这种说法也不合理。上师既是佛宝，也是法宝，又是僧宝，上师的身口意与三宝无二无别。因此，要观想上师是三宝的总集。
如是观想上师安住于前方的虚空中，一心一意念诵上师祈祷文：
涅庆日俄再爱香克思 自大圣境五台山
加华头吉新拉意拉闷 文殊加持入心间
晋美彭措夏拉所瓦得 祈祷晋美彭措足
共机多巴破瓦新吉罗 证悟意传求加持
此文念多长时间都可以，至少是三遍以上，或者七遍、二十一遍。
随力念诵后，上师化为五光明点，从自己头顶融入心间，观想上师相续中的慈悲、智慧、等持、总持等所有功德，以及一切灌顶、教授，自己全部无余获得，自己的分别念与上师的智慧变成无二无别。在这样的境界中稍许安住。
蹋尼喇嘛俄爱头耐吉 后师已成五光之明点
让革即俄涅修娘为腾 由从自顶渗入于心间
嘉更意西旧第喇嘛当 当思诸佛智慧总集师
嘎瓦南毕新拉托巴萨 获得与彼同分之加持
起定后，开始回向，观想：“我今天修上师瑜伽为主的一切善根，回向三界的老母有情，愿他们早日获得上师的果位。”
结瓦根德样达喇嘛当 生生世世不离师
札梅秋结华拉隆修内 恒时享用胜法乐
沙当兰结云单RA造内 圆满地道功德已
多吉蔷格顾旁涅脱效 唯愿速得金刚持
平常看到任何色法，都应观想为上师的形象；听到任何声音，都观想为上师的金刚语；心里的各种起心动念，都观想为上师的智慧。行走坐卧皆安住于此境界中。这样之后，相信在不久的将来，大家定可获得与上师无二无别的果位。这一点，对后学者来讲非常重要。