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R 语言 SEM：结构方程模型合集
引言
这是一个在 R 语言中运行、调整结构方程模型的合集，
1、R 语言 SEM 笔记：使用 ggplot2 衍生包画 Nature 结构方程模型图
2、R 语言 SEM 笔记：从 X 到 Y 有几条路径？直接或间接效应
3、R 语言 SEM 笔记：复合变量（composite）的构造案例
4、独家 R 语言小工具：结构方程模型从拟合到作图，完全使用 R 解决！
此外，尝试了使用 独家 R 语言小工具：结构方程模型从拟合到作图，完全使用 R 解决！复现 Nature 结构方程模型图的一个案例（见后文）。
Integrative modelling reveals mechanisms linking productivity and plant species richness此论文代码公开，且完全可以运行。只需注意：更改附件数据的名称 Supplementary Data 2 和 Supplementary Data 3 分别为 Grace_SI_PlotLevelVars.csv 和 Grace_SI_SiteLevelVars.csv，
1、工具
一个 shiny_app_sem_graph_advanced.R 小工具，见之前发出的公众号文章 独家 R 语言小工具：结构方程模型从拟合到作图，完全使用 R 解决！。
2、SEM 的构建见原文所附代码
代码都可以运行，但是运行完以后得到的结果，其实不太清楚怎么对应到原文图中。
3、SEM 结果保存为所需表格
假设，获得的 SEM 结果如下表，保存为 sem_table.csv，
from to weight p
SiteBiomass SiteRich -0.772 1.13e- 6
Heterogeneity SiteRich 0.627 6.81e- 6
Disturb.anthro SiteRich -0.251 3.41e- 2
SiteSoilSuit SiteRich 0.439 1.32e- 4
ClimateOnRich SiteRich 0.669 5.74e- 7
SiteProd SiteBiomass 1.08 0
Disturb.herbiv SiteBiomass -0.185 3.33e- 2
SiteRich SiteProd 0.675 4.48e- 4
SiteSoilFert SiteProd 1.11 4.92e- 9
ClimateOnProd SiteProd 0.592 2.39e- 3
SiteRich PlotRich 0.670 9.22e- 8
PlotShade PlotRich -0.342 5.09e- 6
PlotSoilSuit PlotRich 0.404 1.87e- 3
PlotBiomass PlotShade 0.559 6.30e-12
SoilWithShade PlotShade 0.249 8.57e- 3
SiteBiomass PlotBiomass 0.895 1.36e- 3
PlotProd PlotBiomass -0.00893 9.82e- 1
SiteProd PlotProd 0.847 4.75e-13
PlotRich PlotProd 0 NA 4、绘制 SEM 图示
首先，将 SEM 结果表格 sem_table.csv 上传到 shiny_app_sem_graph_advanced.R APP 中，即可开始调整，
source("shiny_app_sem_graph_advanced.R")
shinyApp(ui = ui, server = server)下表是一个调整后的布局，复制、粘贴到 Paste your layout here 方框中即可，
SiteBiomass -3 4
Heterogeneity 18 10
Disturb.anthro 12 10
SiteSoilSuit 18 3
ClimateOnRich 6 10
SiteProd -10 0
Disturb.herbiv -3 10
SiteRich 12 4
SiteSoilFert -16 -1
ClimateOnProd -16 6
PlotShade 4 -4
PlotSoilSuit 18 -5
PlotBiomass -3 -4
SoilWithShade 4 -10
PlotProd -10 -8
PlotRich 12 -4调整完成后，保存为 PDF（或 PPT）文件。感觉，得到这样的图也还不错，
结语
注意 sem_table.csv 数据是（半）虚拟的，并非与原文原模原样。