常用生物学软件的安装与应用（二） —DNAMAN

导语

上期小编给大家介绍了一款用于分子克隆的软件SnapGene（常用生物学软件的安装与应用（一）），受到广泛好评。本期，小编为大家介绍另一款生物学软件DNAMAN，这是一款专门用于序列比对的软件。由于其序列比对显示的结果非常清楚，很多文献中的序列比对结果正是通过DNAMAN来呈现的。这里小编跟上期一样，先给大家介绍软件的安装，再介绍其常用的功能。（小伙伴们可以在朋友圈分享推文后，添加小编微信（微信号：topedit6666），备注“DNAMAN”免费获取软件安装包，感谢支持。）

01

软件安装

软件解压后，先点击Setup.exe安装原版，安装完成先不要运行DNAMAN；复制DNAMAN.exe 到安装目录下（默认目录为C:\Program Files (x86)\DNAMAN\），替换同名文件即可。

02

常用功能

还是先看一下DNAMAN的初始界面，从上到下分别是：

主菜单：文件，编辑，查找，酶切位点，引物等；

工具栏：新建，打开，打印，复制，粘贴等；

浏览器栏：界面显示，前进，后退等。

最左侧的则是Channels工具条，用于存放DNA或蛋白序列，DNAMAN中提供20个Channels，也就是一次性能导入20条序列。

1

序列比对 

（1）导入序列

先选中某个Channel，单击菜单→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Sequence File】选中相应的序列文件即可导入序列。

也可以点击工具栏中的新建序列文件，将序列复制到对话框中，选中序列，再选中相应的Channel，单击菜单→【Sequence】→【Load Sequence】→【From Selection】。

（2）多序列比对

单击菜单→【Sequence】→【Alignment】→【Multiple Sequence Alignment】，在Sequence窗口中选择DNA或者蛋白选项，点击【Channels】进入Selection窗口，选中需要比对文件所在的channel，点击【OK】加载序列，然后在Sequence窗口中点击【下一步】进入比对方法窗口，这里选择默认的比对方法。

比对完成后的结果如下，不同的颜色表示不同的比对情况，如绿色表示其中两条序列比对上，红色表示3条序列比对上，黑色则表示4条序列都比对上。比对结果通常以图片形式展示，方法是选中需要显示的序列，Ctrl+C复制，在左上角出现的窗口中选择Graph格式，然后粘贴到Word或者PPT等文件中即可。如果要用比对后的文件做后续的分析，则单击菜单→【File】→【Save As】，保存成.msd文件，可以用于构建进化树等分析。

2

酶切位点分析 

加载序列后，单击菜单→【Restriction】→【Restriction Analysis】，选择需要分析的酶切位点，点击【完成】即可。分析结果会给出序列上酶切位点的具体位置，也会给出相应的示意图。

3

引物设计 

加载序列后，单击菜单→【Primer】→【Design PCR Primers for DNA】，引物设计的选项与在线的Primer3相似，主要选择PCR产物长度、正/反向引物的范围和引物长度等参数。给出的结果中包含引物位置、引物序列和Tm值等信息。

关于DNAMAN的常用功能就介绍到这里，另外DNAMAN还可以用于序列同源性分析，画质粒模式图等等，在此不做进一步的介绍。如果有使用方面的任何问题欢迎在留言处留言。

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