有了这款高效生信分析绘图神器，还学什么R语言
近两年，不做实验或者仅需要少量实验的生物信息学分析文章，发表量越来越多。生信分析对科研人员来说，有一定难度，特别是学习R语言费时又费力，看着周围的同学生信文章一篇接着一篇地发表，大家是不是狠狠羡慕了。掌握生信分析技能，重要的就是使用好工具，今天利刃君就为大家分享一款不用学习R语言就能轻轻松松完成生信分析绘图的神仙工具——仙桃学术。
仙桃学术是上海二冬教育科技有限公司旗下品牌，致力于让每一位医生/医学生提升科研效率，轻松搞定SCI论文写作和生物信息学数据分析。
网站地址：
https://www.xiantao.love/
目前仙桃学术共有 5 大模块：
①仙桃文献：可以快速检索文献，方式和结果与Pubmed类似；
②生信工具：可以进行一些常见的生信统计相关的分析以及结果可视化，帮助科研工作者快速完成生信分析，远离学习R语言的烦恼；
③写作工具：论文写作辅助工具，输入中文进行语句搜索，可以快速匹配精选英语SCI例句，并展示句子使用语境，大幅提升英文写作效率；
④数据集检索：可以检索、分析数据集，数据检索分析一站式完成；
⑤数据库索引：可以索引常用的生物医药常用数据库。
1. 仙桃文献
相信生物医学专业的科研人，最常使用的文献检索工具就是PubMed了，但是PubMed的检索结果缺少了一些文献的基础信息，如：影响因子、期刊分区等。而使用仙桃文献进行文献检索则十分友好，界面也是非常简洁。在搜索框中可通过“英文关键词”、“英文标题”、“DOI”、“PMID”、以及“检索式”这些常用的检索方法进行检索。
检索结果中，显示了文献对应的信息，包括影响因子、文献类型、PMID、DOI以及期刊信息等。还可在界面左侧筛选条件框中通过影响因子、文献类型、发布时间来对检索结果进行筛选，更容易找到需要的文献。
2. 生信工具
仙桃学术最核心的模块就是生信工具了，使用该工具完全能够实现不学R语言就能轻松完成生信分析绘图，分分钟完成生信文章。
根据官网介绍，仙桃学术生信工具主要有四大亮点，确实很贴合其使用感受，大家可以体验一下。
①最全生信分析模块持续更新
基础绘图，差异表达，富集分析，互作网络，临床意义5大功能类型，22个常规分析模块已全部上线，满足几乎所有TCGA数据库常规分析要求。GEO数据库数据清洗及最新生信分析套路模块未来持续更新。
②发表级别图片无脑快速输出
TCGA数据已全部清洗到服务器，支持随时调用，常规分析绘图速度极快，可实现几秒内快速出图。同时所有工具分析结果支持在线拼图直接输出发表级别图片。
③数据统计作图参数调整灵活
工具具备根据上传数据自动匹配统计分析方法，图片风格等参数功能。同时提供多种个性化参数调节功能包含统计分析方法、图片配色，字体，文本内容。
④配套线上实操训练营长期开班
训练营是提升工具使用效率的最佳路径。通过生信文章复现，作业，答疑等形式全面了解生信工具功能模块使用方法，达成快速发表生信分析文章目的。
当然，我们更关注仙桃生信工具能完成哪些绘图工作，主要可分为七个模块：基础绘图、表达差异绘图、功能聚类绘图、交互网络绘图、临床意义绘图、数据集模块以及实验分析模块。
基础绘图模块包括：生存曲线、相关性散点图、点图、线图、折线图、配对图、分组比较图 （点/箱/柱/小提琴图）、柱状图（叠加/比例/分组）、豆荚图、山峦图（直方图）（数据分布）、韦恩图、UpSet图（多组交集）、诊断性ROC、时间依赖ROC、森林图、误差线图、哑铃图、细胞毒IC50（OD）、相关性热图、棒棒糖图、简易ID转换（人源）、饼图、雷达图、桑基图等。
表达差异模块包括：表达差异绘图、PCA图、火山图、复杂数值热图、环形热图、聚类树状图等。
功能聚类模块包括：GO/KEGG富集分析（人源/小鼠/大鼠）、GO/KEGG可视化、GO/KEGG可视化网络、GOKEGG（联合logFC）分析、GSEA富集分析（可视化分析、山峦图）等。
交互网络模块包括：免疫浸润绘图（棒棒糖图/散点图/分组比较图）、分子相关性分析（散点图/单基因相关性分析/单基因相关性筛选）、DNA甲基化（分子表达相关）、相关性可视化（和弦图）、STRING蛋白互作分析及高级网络图等。
临床意义模块包括：临床相关性分析、基线资料表、ROC曲线（自选变量）、Logistics回归分析（单基因Logistics回归）、预后分析（KM曲线图/亚组KM图/时间依赖性ROC曲线/单|多因素Cox回归/预后列线图（Nomogram）/预后Calibration分析/Calibration可视化/风险因子图（Risk Score）/Lasso系数筛选/Lasso变量轨迹图/预后DVA图）等。
数据集模块包括样本归一化箱式图、PCA图、UMAP图、火山图、热图等。
实验分析模块包括qPCR实验分析与可视化。
下面我们以诊断性ROC曲线的绘制为例为大家演示如何使用仙桃学术生信工具完成绘图。
在界面左侧的导航栏选择需要绘制的图片类型，之后上传自己的数据文件，在参数面板可以修改绘制图形的样式，如线条粗细、标题、图注等。仙桃学术生信工具还提供了多种配色方案可供选择，每种方案都很美观，一键便可应用。设置完成后，点击“确认”按钮即可绘制图形。
绘制完成后，直接可查看绘制结果，可以选择自己需要的格式进行下载，图片格式可以满足期刊的要求，基本不需要二次加工，是不是十分方便呢。
3. 写作工具
数据处理完成后，当然是需要写论文了。仙桃学术还提供了英文论文的写作工具，支持中英文检索。如我们以“乳腺癌”进行检索，检索结果会给出乳腺癌相关的例句，这些例句全部来自于已发表文献中的语料，并且提供了对应的中文翻译，对于英文不好的小伙伴可以说是十分有帮助了！检索结果中的例句均提供了来源以及杂志信息，只需点击“来源”按钮即可跳转到文献原文进行查看。
写作工具提供的“语境”功能，可以方便我们查看例句出现在文献原文的段落情况，有助于更好理解例句的前后文和使用情景。点击任一例句，可直接显示在右侧的写作区中，方便我们整理思路，完成论文写作。
总得来说，仙桃学术是一款值得收藏的高效生信发文神器，仙桃学术的功能也远不止本文介绍的这些，如数据库索引模块提供了生物医药方向常用的数据库导航，包括NCBI、UCSC、InterPro等。而且其功能也在逐渐地扩充与完善，有兴趣的小伙伴可以关注一下~
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