LAMMPS小班课 | 常用性质计算、MD建模、吸附动力学计算、案例演示及答疑

想做分子动力学研究的小伙伴

平时大家是看一些书籍

还是网上扒点视频资料？

不知从何下手？

不想被其他同学落下一大截？

不想的话！就赶紧报名指南针学院的分子动力学模拟课程吧！6月21日即将开课！
另外，现在报名课程，限时下单享4折哦！

只能说：太值啦！

希望在您学习的道路上唯理计算会带来帮助！

分子动力学模拟（Molecular Dynamics）主要依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动。通过模拟微观粒子的运动来计算宏观性质，更加直观地展示实验现象发生的机理与规律，因此在生物、材料、化学、药学等多个学科中的研究中，发挥着越来越重要的作用。

可以进行分子动力学计算的软件也非常多，比如Gromacs，Lammps等等。我们之前针对Gromacs软件的使用，开发过相关的培训课程，Gromacs主要针对生物体系，同时也兼顾一些化学体系的计算研究，感兴趣的小伙伴可以点击链接： 查看相关课程介绍。

本次，我们主要介绍一款更适合材料体系进行分子动力学研究的软件-LAMMPS。

LAMMPS（Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator）即：大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学的一些计算和模拟工作。

LAMMPS可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子、聚合物、生物、金属、粒状和粗粒化体系。LAMMPS软件可以用来建立原子/介观/连续尺度物质的体系，并计算模拟其在热、力、化学条件下的性质。

在线直播授课，课程可回放，专属课程答疑交流群，提供上课所使用的超算账号。

1

讲师介绍

大X老师，博士毕业，研究方向是气液相变成核，主要通过分子动力学模拟的方法研究纳米气泡的成核与稳定性机制，目前研究兴趣为放射性元素的吸附动力学模拟，相关研究成果发表了多篇文章在APL、Langmuir、JPCC、EPJE 等国际学术期刊上。

2

开课时间

6月21日~6月29日，每晚19:00

3

课程优惠

原价4500元，限时下单享4折！优惠价1800元！

✱小班授课，课堂容量30人，先报名先上课

✱本次培训提供正规发票，需要辅助报销凭证者，请联系课程助教

4

课程目录

第一节：MD模拟基本知识介绍MD模拟基本介绍

MD 模拟基本原理

MD模拟系综原理

MD模拟边界条件

统计力学基础知识介绍

第二节：LAMMPS基本介绍及常用命令使用

势函数与分子力场介绍

分子动力学模拟基本流程

Lammps 软件基本介绍

Lammps 输入输出文件介绍

Lammps 常用命令与包介绍

Liunx 系统常见命令介绍

Lammps简单例子的运行

VMD结果可视化介绍

第三节：常用性质计算

Lammps 简单In文件的编写、气液平衡体系的模拟、蒸发过程、冷凝过程的模拟、颗粒模拟、液滴临界核的计算等

Lammps 常用性质的计算：体系密度、能量、径向分布函数、配位数、扩散系数、表面张力、气体溶解度等

第四节：粗粒化模型建立及表面润湿动力学计算

利用Lammps自带的命令建立多种简单的粗粒化模拟模型，包括流体在多种孔中的流动过程以及模拟液滴在具有不同亲疏水性的光滑、粗糙表面的润湿动力学以及表面活性剂存在条件下对液滴润湿行为的影响。

第五节：金属熔化、拉伸等过程模拟

纯金的熔化过程模拟，熔点的计算，多晶的混合过程模拟，纳米金属压痕模拟，拉伸模拟，应力应变曲线的模拟计算。

第六节：复杂体系的MD建模及计算

复杂体系MD模拟模拟的构建

学习GaussView、Materials Studio、packmol建模软件的使用，Materials Studio力场的分配

Msi2lmp.exe 工具生成Lammps 输入文件，并建立简单全原子体系的模拟，包括不同水分子力场输入文件的编写以及水滴在石墨表面的形成模拟。

第七节：吸附动力学计算

NaCl溶液体系的模拟，并计算钠离子在水中的配位数，层状材料对废水中的重金属离子的吸附过程模拟进一步学习使用Materials Studio 搭建分子模型，并配合使用packmol、Msi2lmp.exe 工具生成Lammps 输入文件

第八节：学习将文献中的力场用于实践

三氟甲基磺酸锌在水溶液中的溶剂化效应的模拟—OPLSAA力场的使用，学习从文献中获得模拟力场并计算锌离子的溶剂化结构即锌离子与溶剂及阴离子的径向分布函数与平均配位数，功能化石墨烯孔用于甲醇、水分离的动力学模拟，学习功能化石墨烯孔模型的构建，力场的使用与模拟。

第九节：终极案例演示、总结及答疑

反应力场分子动力学模拟，丁烷的燃烧模拟，Zif62的熔化过程模拟，Lammps 模拟总结与现场答疑交流

5

课程案例动画展示

1. 压力差推动下流体在具有交错孔中的流动过程

2. 纳米压痕过程模拟

3. 不同粗糙表面，带有表面活性剂的液滴的润湿过程

4. 拉伸过程模拟

6

报名方式

扫描下方二维码添加小波师弟微信

获取更多活动详情

=科研很苦，坚持很酷=

---

往期推荐

关注我们长按识别下方二维码领取首样免单优惠券