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GOSemSim又高被引了!

Y叔叔 YuLabSMU 2022-09-20

GOSemSim这个包我虽然写得少,但它却是我写过的第一个包,《匆匆那年,如一场不真实的梦。》,对我个人来说,意义比较大。这个包被我重写了几次,可以说记录了我写R包的成长历程,学C++,把基于信息含量的方法用C++重写,学面向对象,把功能都重写,变成面向对象的方法。

我在《功能蛋白质研究》一书中写过一章“生物信息学II”,里面就夹带私货地写了GOSemSim,不过书中写GOSemSim那部分已经过时了,因为当时写的就是面向对象的user interface。后来我觉得不好用,面向对象应该藏起来,对于用户来说,反正就是调用函数,这样简章易用一些,所以我后面又改回去。

这个包以前是高被引论文,但后来的引用跟不上,被踢出高被引,现在引用又上去了,最近发现又高被引了,现在我总共有5篇高被引论文了。

应用范围也是很广的,这可以从引用文献的学科分布看出来:

语义相似性度量在生信中的应用非常广,因为相似的东西会有相似的行为,我们通过计算相似性可以做出功能、定位、相互作用、相关性等的预测,从知识出发,又扩展了知识。

凡是有用到GO的软件,大家都要注意一下GO和基因注释的版本,GOSemSim的处理方法和大家熟知的clusterProfiler是一样的,保证了GO注释来源的多样性以及版本的更新。

GO花开两朵,大家不要只知道clusterProfiler,还要了解一下GOSemSim。而且GOSemSim还被抄袭了,请移步《虐狗节来看一下这个裤衩都不要的故事》。


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