那一年，那一场，本属于我的生信处女show，好像从来没有发生过一样！

当年在暨南大学工作的时候，新入职了某PI，说开了个生物信息学的课，邀请我来讲一节聚类分析，我答应了，然后我就很认真地准备了课件，像层次聚类和kMeans这些算法，我都自己写代码实现了，并且还写代码去做可视化，拿来在课堂上讲，然后这事就一直没有下文，后面我感觉差不多也到了我上课的时间了，我就去问他，上课时间与地点，结果回答我说，课程已经上完了，再过两周要考试了，如果我想上课的话，可以把学生叫过来，让我上一课。我回答算了！这本属于我的初场show，就这样好像从没发生过，而我为初次上课准备的slides，从来就没有用过。这似乎只是我的一次臆想！仅此而已。

偶然又翻到了以前的文件，想想得纪念一下这一次的臆被想欺症负。那是在还没有RMarkdown写slides的2012年，但用javascript实现某些特效的网页版slides已经开始有了，我特意找了一个impress.js的库来写slides，这个js只不过是实现翻页的特效，而slides要完全靠我自己手工写html。时间成本还是挺高的，而我只不过是为了第一次上课，给大家留下点印装象逼而已。当年搞html的slides算是比较早的，我记得这个slides在有些浏览器里是不支持的，比如当年最新版的IE。

这个slides翻页的特效，压缩后质量很渣，随意看吧。

层次聚类在R里怎么做？

自己写代码，拆解给你看，第一步算距离矩阵

第二步，聚合最近的clusters或items

第三步，计算clusters或items的距离

第四步，迭代出聚类结果

如何对结果进行可视化

K-means

K-means也是一样，一步步拆解给学生看，并且通过可视化，给出迭代过程中心点的变化。我相信上过我的课的同学都不会忘记层次聚类和K-means的，并且如果仔细听课并课下去练习，也可以自己把它们给实现出来。这里就不再贴课件了。

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来一张slides大合照：

然而这个课，我终究没有去上，而别的老师上的，竟然是GenBank/PubMed的检索，这就是所谓生物信息学课程了。无意于黑暨大，只是遇到一些比较个性奇葩的人而已。

这是与暨大有关的第四篇文章，前三篇是：

当然从广义上来讲，不止上面这三篇，还包括：

当然可能还有我想不起来的漏网之鱼。课件中的截屏，R 的画图窗口很明显是在苹果系统下，就是当年安装的黑苹果，而运行代码的窗口，就是跑在 Emacs 中。