国庆去哪玩？办公室里写课件！！！

大四最后有一门《生物信息学科研训练》的课，这是一门超长的课，148学时，这课很水，而且大四了，学生也没心思。但我觉得不行，学生没心思部分原因也是课太水，我们应该给学生上好这最后一门课。我本来提议大家把自己擅长的东西都拿出来讲一讲，一起来上这个课，但基本没人响应。于是我和另外一老师合计，两人把这课给分了，她讲python，我讲R。我们的专业课中没有数据库，主任是个非常有责任心的人，觉得没上这个核心课程对不住学生，于是主任也来讲这门课，讲数据库。这课还会有一些专业英语的训练，所以基本上就是下面这四大块：

• 专业英语

• python

• 数据库

• R

我讲R的部分，大概这样设置，编程训练，批量下载genbank文件，解析genbank文件，转存fasta，解析fasta，序列比对。写完代码之后，介绍make，让学生把这些步骤串起来，写流程。介绍Rmarkdown，让学生写报告。然后是R包开发，把写过的这几个函数，打包成一个R包。再介绍git和github，把R包传到github上去。当然R语言嘛，还要穿插一下可视化。这一块是基础性的训练。

基础性训练之后，还需要介绍并练习一下一些可能学生读研或者工作，马上就能用到的实用性技能。多重序列比对后，衔接构建进化树，教大家如何去解读进化树。教大家Biostrings, GenomicRanges等Bioconductor包，操作序列和基因区间。从BAM文件开始，定量，差异基因分析，GSEA分析等。

上面课程设置里还有一块SQLite的，主要是我看到数据库的设置上没有提到，所以也拿出来介绍一下，基本上sqlite我们可以认为是一种文件格式，我们的程序需要打包数据的时候，可以使用这样一种文件格式，跨平台，支持SQL语句进行操作，然后内部是B-Tree实现的存储，速度快。有诸多的优点，而这些优点就在于它并不是一个真正的数据库。

编程训练这块基本上代码都是我以前写过的，我整理了一下，也打了个R包，做为课程上的演示，我期望学生实现什么样的功能，什么样的输入，返回什么样的输出。我想好好听课的人，最终都可以写出来这样一个R包。

分享一下上课的内容，对大家也是有用的，很多人想学生信，但不知从何入手，我想我这里提到的，做为入门，都可以着手去练一下。不说了，我赶紧写课件去，轮到我上课的时候，可是一周三次课，持续近两个月。

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