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干货 | 代谢组样本采集方法集萃(一)

上海天昊生物 上海天昊生物 2023-02-16

样本的收集是代谢组学研究的关键一环,为了保证实验结果的准确可靠,需要严格执行相应的样本采集原则和标准。今天小编就给大家介绍一下不同类型样本的采集方法与注意事项。

代谢组样本采集原则

1、一致:所有组别样本需要在取材部位、取材时间、取材过程、取材器具需要完全相同。2、低温:因为代谢物在常温条件呈动态变化,为了最大限度反映样本最原始的代谢谱及浓度,建议样本离体采样过程需要在冰上操作,同时需要将离体样本立即液氮速冻,尽快放于-80℃保存,同时运输过程需要足量干冰运输,并保证运输过程中干冰不能完全挥发掉。3、备份:因为同一个体样本可能同时用于多个组学研究,因此建议采样时将同一个体样本分装多份进行备份,这样不仅防止样本不够,还避免了因解冻分装造成的反复冻融对代谢组检测准确度的影响。4、洁净:为防止对仪器的损害以及保证实验结果的准确可靠,需要保证所有取材器具的洁净度(例如无去垢剂、强酸强碱等污染),建议使用进口离心管,避免塑化剂污染。



血浆样本

采集步骤1、使用肝素钠抗凝管采集全血(2-4 mL),采血后,轻轻颠倒8-10次(动作要轻柔,免避红细胞破裂,产生溶血),使抗凝剂与血液均匀混合。2、4℃或冰上静置10min,先低速离心(3000rpm,10min,4℃),取上层血浆,再高速离心(12000rpm,10min,4℃)。3、离心完取上层血浆,移至1.5mL离心管(建议用进口离心管,避免塑化剂污染),200μL等量分装,做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。4、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。注意事项1、LC-MS推荐使用肝素钠管(绿头管)和EDTA抗凝管(紫头管),NMR 平台推荐使用肝素钠管(绿头管),请勿使用柠檬酸钠抗凝管(因为柠檬酸是TCA 循环中的物质,使用柠檬酸钠抗凝管会引入外源污染)、PAXgene 管和添加促凝剂管。2、检测样本是否有溶血,如果发现样本中是红色,说明样本出现了溶血,需要重新采样。3、如果是室温放置,30min之内尽快离心分离血浆,若不能尽快离心,采集的血液需放在4°C冰箱或者冰上保存,并必须在1h内完成离心,避免出现溶血现象。4、取血时如用酒精消毒,需等酒精完全挥发后再采样。5、同一个体血清和血浆中所包含的代谢物种类类似,但是某些代谢物含量则有所差异:血浆中柠檬酸、尿酸、丙酮酸更高。



血清样本

采集步骤1、使用无任何添加剂(不能含有任何抗凝剂或促凝剂)的管子采集全血(2-4 mL)。2、4℃或冰上(不建议室温放置)静置(注意不能震摇采血管)约1h,待血液凝固后,先低速离心(3000rpm,10min,4℃),取上层血清,再高速离心(12000rpm,10min,4℃)。3、离心完取上层血清,移至1.5mL离心管(建议用进口离心管,避免塑化剂污染),200μL等量分装,做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。4、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。注意事项1、血清样品采样必须使用无任何添加剂(不能含有任何抗凝剂或促凝剂)的采血管(红头管)。2、检测样本是否有溶血,如果发现样本中是红色,说明样本出现了溶血,需要重新采样。3、取血时如用酒精消毒,需等酒精完全挥发后再采样。4、同一个体血清和血浆中所包含的代谢物种类类似,但是某些代谢物则有所差异:血清中氨基酸、葡萄糖更高。



粪便样本

采集步骤1、人体粪便样本:将粪便排泄到架在马桶上的一次性粪便收集盒中(采样前先排尿,尽量避免尿液对样本的污染),然后用无菌勺或无菌牙签取新鲜粪便中段内部(不要取粪便表面,表面有肠粘膜脱落细胞),迅速分装样本250mg/管(建议用进口离心管,避免塑化剂污染),每个样本取多管备份,做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。2、鼠粪便样本:将个体小鼠/大鼠放进干净的铺有无菌滤纸的笼子里(不同鼠取样时需垫铺新的无菌滤纸),等待鼠自然排便(除了自然排便也可以采用应激排便:固定住小鼠,提起尾巴,轻轻按压小鼠腹部直肠末端让其排便),排便后立即用无菌镊子粪便采集到无菌离心管中(小鼠需要采集大于3-6粒粪便样本,大鼠需要采集2-3粒粪便样本),保证每管250mg。做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。3、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。注意事项1、由于粪便中的微生物非常丰富,而且代谢速度较快,为了检测样本粪便原始的代谢谱和浓度,取样后需要尽快放在-80度冰箱保存(如果取样地点距离-80度冰箱较远,需要将样本管放在冰上,干冰上或液氮中运送到实验室保存)。



唾液样本

采集步骤

1、收集新鲜样本至1.5mL或2mL无菌离心管, 4°C离心(12000rpm)10min,取上清液移至1.5mL无菌离心管,250μL等量分装(非靶向代谢组要求250μL;靶向代谢组要求500μL;脂质组学要求1mL),做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。

2、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。

注意事项

1、唾液取样建议清晨起床漱口前取样,采样前1小时内没有进食、饮水、抽烟或嚼口香糖。




尿液样本

采集步骤1、取晨起中段尿5mL置10mL离心管,低温离心(12000rpm,10min,4℃),吸取上层澄清尿液,500μL等量分装(非靶向代谢组要求500μL;靶向代谢组要求1mL;脂质组学要求2mL),做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。2、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。注意事项1、动物则取晨间 1h 尿,若尿量不足,可分多次收集尿液,若采集24h尿液,请使用带有低温装置的代谢笼采集样本并及时冻存,并添加防腐剂叠氮化钠(0.05-0.1%w/v)(叠氮化有剧毒,请务必注意安全,请做好相应的防护措施)。



组织样本

采集步骤1、根据实验目的取特定组织,然后立即用预冷的生理盐水或去离子水清洗组织上的血液残留,将每250mg组织样本分装入无菌管中,每个样本取多管备份,做好标记,封口膜密封,液氮速冻15min,尽快在-80℃冻存。2、需干冰运输,干冰建议用量 5kg/天,根据预计运输需要时间计算,夏天干冰挥发快,需多放置干冰。注意事项1、不同组别的生物学重复取样部位、组织块大小必须完全相同一致2、尽可能不要取不相关的周边组织样本。3、取样过程中避免使用麻醉剂,以及注意相关器械的洁净度。


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