circRNA研究汇总 | 20201026-20201101

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目，本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计53篇，下面我们一起来看看，circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式：(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

1、CircECE1通过稳定c-Myc激活骨肉瘤中的能量代谢。

标题：CircECE1 activates energy metabolism in osteosarcoma by stabilizing c-Myc.

杂志：Mol Cancer

影响因子：15.302

通讯作者：范顺武和马建军（浙江大学邵逸夫医院）

骨肉瘤（OS）是最常见的恶性骨肿瘤，预后较差。环状RNA（circRNA）可能参与OS进展尚待探索。该研究报道了CircECE1----一种源自人类ECE1的环状RNA，在OS的能量代谢中起关键作用。研究者通过过表达和敲低CircECE1，进行RIP-seq分析来确认CircECE1，以验证其在143B和U2OS细胞中的功能。RNA免疫沉淀实验用于验证CircECE1对c-Myc蛋白的调控，免疫共沉淀实验用于验证CircECE1与SPOP之间的竞争结合关系。通过Seahorse线粒体能量代谢实验，WB和免疫组化评估了CircECE1对能量代谢的影响。研究结果发现CircECE1在OS组织和细胞中高表达，并且敲低CircECE1抑制了体内外的肿瘤增殖和转移。此外，CircECE1在体内和体外显著促进OS细胞中的葡萄糖代谢。从机理上讲，CircECE1与c-Myc相互作用以防止斑点型锌指结构蛋白（SPOP）介导的c-Myc泛素化和降解。C-Myc抑制硫氧还蛋白结合蛋白（TXNIP）转录，并随后激活Warburg效应。该研究结论表明：CircECE1通过c-Myc / TXNIP轴调节Warburg效应。CircECE1介导的信号转导在OS进程和能量代谢中起重要作用，可能是OS分子治疗的新目标。

图注：RIP-seq实验分析circECE1及其在骨肉瘤中的表达分析

2、iCircRBP-DHN：使用深层次网络识别circRNA-RBP相互作用位点。

标题：iCircRBP-DHN: identification of circRNA-RBP interaction sites using deep hierarchical network.

杂志：Brief Bioinform

影响因子：8.99

通讯作者：李向涛（吉林大学人工智能学院）；黄嘉骏（香港城市大学）

环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛表达。circRNA和RNA结合蛋白（RBP）之间的全基因组相互作用可以通过交联免疫沉淀的测序数据来探测，目前已开发了用于鉴定circRNA上的RBP结合位点的计算方法。不幸的是，这些计算方法通常表现为特征判别能力低，数值不稳定和可伸缩性差。为了解决这些限制，我们提出了一种新的计算方法，称为iCircRBP-DHN，该方法使用深度层次网络来区分circRNA-RBP结合位点。网络体系结构可以看作是深度多尺度残差网络，其后是具有自注意力机制的双向门控循环单元（BiGRU），可以同时提取局部和全局上下文信息。同时，我们通过整合CircRNA2Vec和K-tuple核苷酸频率模式来提出新颖的编码方案，以代表不同程度的核苷酸依赖性。为了验证我们提出的iCircRBP-DHN的有效性，我们分别在37个circRNAs数据集和31个线性RNAs数据集上验证其性能并与其他计算方法进行了比较。实验结果表明，iCircRBP-DHN的算法性能优于其他最新算法。此外，我们对由那些不同的RBP结合的circRNA进行了基序分析，表明我们提出的CircRNA2Vec编码方案可能很有希望。

图注：使用深层次网络识别circRNA-RBP相互作用位点的iCircRBP-DHN 算法概述

3、环状RNA circPDE4D通过与miR-103a-3p结合并调节FGF18来预防骨关节炎。

标题：Circular RNA circPDE4D Protects against Osteoarthritis by Binding to miR-103a-3p and Regulating FGF18.

杂志：Mol Ther

影响因子：8.986

通讯作者：沈舒滢和范顺武（浙江大学邵逸夫医院）

骨关节炎（OA）是一种常见的，与年龄有关的疼痛性疾病，其特征是软骨破坏，骨赘形成和滑膜增生。这项研究表明，circPDE4D（一种衍生自人类线性基因PDE4D的环状RNA）在OA进展期间在维持细胞外细胞基质（ECM）中起着关键作用。在OA软骨组织和炎性细胞因子刺激过程中，circPDE4D显著下调。敲低circPDE4D主要是导致Aggrecan丢失和基质分解代谢酶（包括MMP3，MMP13，ADAMTS4和ADAMTS5）的上调，但没有导致增殖或凋亡。在内侧半月板（DMM）失稳的小鼠模型中，关节内注射circPDE4D减轻了DMM诱导的软骨损伤。从机理上讲，我们发现circPDE4D通过充当miR-103a-3p的海绵发挥其作用，从而调节FGF18表达（而FGF18是miR-103a-3p的直接靶标）。总之，我们的发现突出了circPDE4D在OA发病机理中的新型保护作用，并表明以circPDE4D-miR-103a-3p-FGF18轴为靶点可能为OA治疗提供了一种潜在且有希望的方法。

图注：circPDE4D在OA软骨组织和细胞中的表达分析

参考文献列表

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