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祝贺思斐迩作品再登Nature子刊封面!

思斐迩 3D科研绘图 2022-07-21

7月23日,浙江大学化学系范杰教授课题组的研究工作在Nature Catalysis上正式发表,论文题为Unusual zymogen activation patterns in the protein corona of Ca-zeolites”。该文首次从分子层面揭示了钙基沸石表面的凝血过程,并提出钙基沸石颗粒作为“无机血小板”的概念,为凝血因子的瀑布式级联反应提供了“平台”。(详细内容介绍请点击https://mp.weixin.qq.com/s/jZnxsytMVJMaIgy6dvVIqQ

▲第一作者:尚小强、陈昊           
通讯作者:范杰、Kenneth A. Dawson         
通讯单位:浙江大学,都柏林大学
论文DOI:10.1038/s41929-021-00654-6


杭州思斐迩团队受邀为该成果设计了概念图,并有幸被选作2021年第7期的封面(https://www.nature.com/natcatal/volumes/4/issues/7)。下面是最终设计稿效果图——

封面设计师:AKang
工作室:Sphere Studio

Nature点评:
沸石在预防失血性休克引起的严重失血和死亡方面的应用越来越受到重视。Kenneth A. Dawson, 范杰教授等人在分子水平上揭示了沸石引发血液凝固的作用方式。该发现提供了沸石特异性凝血途径的模型,在该模型中,钙基沸石表面原位活化的凝血酶表现出超高的催化活性。



下面是论文作者提供的示意图。整篇文章的中心主旨为沸石表面的凝血机制。这个过程可以分为三步:(1)FVa和FXa在沸石表面的吸附;(2)FVa和FXa在沸石表面组装成Prothrombinase Complex;(3)凝血酶在沸石表面被激活并吸附。

整个反应是在沸石表面进行,所以以沸石结构作为基底部分。关键的步骤涉及到三种蛋白质,凝血因子FX、FV以及凝血酶表现出表面吸附和被激活的特性。这里的蛋白质我们采用的是网格模型(surface model),使用专业插件mMaya(Maya Molecular Toolkit)制作。下面是未添加材质的模型图。

使用专业分子工具插件制作的好处是,可以根据需要来选择分子的表现形式。对于蛋白质而言,就有surface/mesh model、cartoon model、ball & sticks等多种选择。必要时还可以将不同形式的模型结合起来,突出重点将使得最终呈现的效果更富有表现力。


初步渲染结果如下,该图中只表现出了酶的吸附,激活过程缺乏体现。

于是在进一步的修改中,我们对酶的活化做了重点突出。凝血酶中的赖氨酸残基是与钙基沸石的结合位点,这一点也在修改稿中做了高亮显示,见下图中被灯光照亮处。调整了蛋白和沸石结构的相对尺寸后,让模型比例更加符合实际情况。整体的视角压得更平,加强了纵深感的同时,也让主次更加分明。

至于材质和配色方面,整体背景选用的是深邃的暗黑色系。远处的沸石表面做了虚化处理,因而能与背景有比较好的融合。所有蛋白质模型都采用菲涅尔类型的材质,边缘的白边使得蛋白结构更加清晰。这也是蛋白质模型的常用材质类型。



以上就是本期Nature Catalysis期刊封面的设计过程,欢迎更多有需要的课题组联系我们。

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