玲珑“魔剪”新发现是基因治疗的“理想型”
来源：科技日报
在CRISPR/Cas9基因编辑治疗中，小型基因编辑工具可以搭载AAV病毒进入体内，是基因治疗的理想工具。不同型号的基因编辑工具是否适合用于基因治疗，取决于这把“魔剪”基因大小是否能搭载AAV病毒载体。
日前，复旦大学王永明课题组联合王红艳课题组从耳氏葡萄球菌中发现了一把小型的基因编辑工具，这把玲珑“剪刀”在基因组中可编辑的位点数量和经典的SpCas9一样多，而比另一种小型基因编辑工具SaCas9可编辑位点多。
该研究成果添补了我国在鉴定小型CRISPR/Cas9工具的空白。新的小型基因编辑工具的发现，弥补了现有基因编辑工具的不足。科学家将新发现的小型基因编辑工具命名为SauriCas9 ，同时将SauriCas9的部分序列和SaCas9互换后，得到了精准度高、编辑范围广的嵌合体Cas9。该研究从2019年1月开始启动，研究成果已于近期在PLOS Biology在线发表。
记者了解到，第三代基因编辑技术CRISPR技术让基因治疗的研究上了一个新台阶。在自然界中，CRISPR/Cas9系统是细菌的免疫系统，首先将入侵噬菌体和质粒DNA的片段整合到CRISPR中，然后表达出相应的CRISPR RNA（crRNA）来指导同源序列的降解，从而提供免疫性。王永明教授表示，CRISPR/Cas9技术主要面临两个核心问题，一个是如何避免脱靶，另外一个是如何扩展编辑范围。新的小型基因编辑工具的发现主要针对后者展开的研究。
SauriCas9兼具活性和编辑范围优势
与其他小型基因编辑工具相比，SauriCas9相当于一把灵活而锋利的小型“剪刀”，能够包装在AAV病毒内，且活性高，同时能够实现比以往发现的小型基因编辑工具更大的编辑范围。SauriCas9通过AAV病毒包装后，在多种细胞类型中实现了基因编辑，说明SauriCas9具有用于基因治疗的潜力。
新发现的小型基因编辑工具SauriCas9兼具活性和编辑范围优势 图片由复旦大学王永明课题组提供
“新发现的SauriCas9基因大小为3100个碱基对，与另一种小型基因编辑工具SaCas9大小差不多，同时比经典的SpCas9要小1000个碱基对。SaCas9为小型编辑工具，但是编辑范围不如SpCas9大，”王永明告诉记者。据悉，SaCas9来源于金黄色葡萄球菌，是第一个被用于基因治疗研究的小型CRISPR/Cas9，但是编辑范围小。另外还有3个小型CRISPR/Cas9（NmCas9、Nme2Cas9、CjCas9），但是编辑效率偏低。SpCas9来源于化脓性链球菌，虽然编辑范围大，但是不能被包装在AAV病毒中用于基因治疗。
基因编辑工具的来源不同，基因编辑范围和效率也不同。SpCas9是所有基因编辑工具中效率最高的，同时编辑范围也大。“SauriCas9与SpCas9编辑范围一样大，出现两个连续的G序列就可以进行编辑，而SaCas9需要四个碱基组合才能编辑，这样出现的频率低，编辑范围就不如SauriCas9与SpCas9大。”王永明说。
王永明课题组对公共数据库中的30个不同种类CRISPR/Cas9进行一一测试验证，发现其他29个Cas9均不适合用于基因编辑，只有SauriCas9具有编辑活性，很适合作为基因编辑治疗的工具。
基因编辑工具可应用于高通量筛选
CRISPR/Cas9系统包括两个元件，分别是Cas9内切酶和guide RNA(gRNA),gRNA引导Cas9蛋白在靶位点进行切割，形成 DNA双链断裂(DSB)。细胞的修复系统修复双链断裂的DNA时，会定点产生突变，这就是基因编辑。以往SpCas9通过与氨基酸融合实现碱基转换。在发现了SauriCas9之后，研究者将其与氨基酸融合制作了两种新的碱基编辑器——SauriCas9BE4max和SauriCas9ABEmax，分别可以实现C-T或A-G两种碱基转换。“由于SauriCas9可以识别更多的位点，其编辑器的修复范围也相应比SaCas9更大。” 王永明说。
CRISPR/Cas9技术的安全性也是科学家研究的关注点，通常与基因编辑工具的精准度相关。据王永明介绍，基因治疗方式可以分为两种，一种是将细胞从体内分离出来，在体外进行突变纠正，然后再输回体内。另外一种治疗方式是将CRISPR/Cas9系统直接导入体内治疗疾病。但是CRISPR/Cas9技术可能会造成脱靶修饰，带来难以预料的风险。
SauriCas9的精准度介于SpCas9与SaCas9之间。SaCas9的精准度更好，意味着更具安全性。研究组将SauriCas9部分序列和SaCas9基因序列互换，得到了嵌合体Cas9，保证了精准度同时保障编辑的范围，使基因编辑工具得到了进一步优化。
后续的研究中，王永明课题组还将对新的基因编辑工具进行测试验证，对已开发的基因编辑工具将扩展其应用，例如应用于高通量筛选。“人类大约有2万个基因，利用CRISPR/Cas9可以分别敲除这2万个基因，敲除过程可以用高通量实现，这样就可以快速的研究这些基因的功能，为药物研发提供靶点。”王永明介绍。