【领高清视频】线上沙龙第七期 计量资料的统计与stata实战&猴哥答疑
上周六，猴哥和大家聊了 meta循证统计学基础--计量资料的统计与stata实战 ，并讨论解答了很多群友们的问题。
周日经过小编编组同学们的辛苦整理，今天给大家推送现场 ppt+现场问答图文。
(* ￣3)(ε￣ *)感谢热心可爱的小编编~
发送 GSNX 到后台，领高清直播课程视频，开始小白的历练之路吧~
发送沙龙到后台，复习前几期的沙龙内容，领录音和高清视频~
发送福利到后台，领取猴哥meta小礼包，循序渐进学meta。操作中有了具体问题，现场可以交流讨论~
注意：
1. 是发送后台，而非留言区或其它地方。
2. 请务必发对关键词，且不能有空格，否则是收不到的。
发送到有道云笔记的优质提问会有专场解答，把问题写在有道云笔记里，进直播沙龙群（qq群463367325），把链接私信发给小觅0号，即可等待周末答疑。
这是一个有问必答的沙龙群，本群长期免费开放，作为大家交流学习的场所。
课后有追问，可以组织语言在群里求助（提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀），如果没有解答，周六统一直播回答。点这里查看什么是优质的提问~
点这里看欧阳同学整理的有道云使用心得
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猴哥的meta沙龙问答版
问（留言板）:请问有哪些软件或R包可以做混合协变量分类模型（Compound Covariate Predictor）呢？
猴哥的部分文字回答：没办法回答您的问题。首先要清楚具体的数据类型，混合协变量分类模型可以用R包做的。
问:我最近几周要被meta回归逼疯了，跟我主题相关的文章都是使用slope，不用coefficient，我在stata做meta回归的结果coef跟slope完全不对应，用cma做的回归结果slope也和文章的对不上
猴哥的部分文字回答：：要和别人的文章完全对应是不可能的，图形是用STATA做的。
问：大家做分组是用均数还是中位数分出高表达低表达，发现二种分组的差别很大？
猴哥的部分文字回答：：对于非正态分布的数据，我们建议用中位数作为截断值。
问：我提取那种曲线型可以算出HR，但是这种梯型不能连续取点，间断取点的HR也不对。HR还是1.00，每次出现这种情况都是H、M栏的值都是0。不知道怎么回事，我也看过视频操作，也看过丁香园的帖子，很无奈。
猴哥的部分文字回答：猴哥一般是间断取点，HR在1左右是正常的。生存曲线交叉，在统计学上讲，本来就没有任何差异。请按真实情况提取数据。
问：这种HR等于1能有吗？没意义的吧
猴哥的部分文字回答：是没有意义，这是真实情况。HR Ul ll 应用到meta分析是用lnhrlnul lnll这几个数据.
问：这种HR用不到文章里，那能用生存率计算HR吗？或者用远期生存例数作为结局指标？
猴哥的部分文字回答：可以将二分类数据转化为HR生存率数据，但是需要用到贝叶斯拟合数据，最后算出中位生存率。
问：oncomine中，想分析两个基因在乳腺癌和癌旁组织中是否具有相关性，可以同时分析吗？上面那个图片中的两个基因分析是同时进行的吗？还是单个分析然后整合在一张图上？请赐教，谢谢了！
猴哥的部分文字回答：（赵老师已经回答过，点这里查看）
问:有什么软件可以评价RCT的质量不?高，低，中等。
猴哥的部分文字回答：freescience有相关推文进行偏倚风险评估。制作量表用revman。参考Freescience的 图说meta八：质量评价暨偏倚风险评估工具简介（点文字直达）。
问:请问，在计算HR和95%CI的时候，CI出现了负值，这是怎么回事啊？
猴哥的部分文字回答：正常，原文算出来多少就是多少，最好有个截图。也有可能你理解错了，原文可能是 loghr 或者lnhr值，这样出现负值，才合情合理。
问：请教大家一个问题 做spearman等级分析的时候 对每组的样本量n的最小值有要求么？ 比如n必须＞30例之类的？
猴哥的部分文字回答：我们freescience的逍遥君在gcbi有讲这方面的视频，地址如下
http://college.gcbi.com.cn/archives/video-category/医咖会
问：请教HWE中p＜0.05，审稿人要求校正，求如何校正？谢谢各位了
猴哥的部分文字回答：你是原始研究还是meta分析。HWE是针对对照组的。丁香园上有教程，对原始研究矫正。校正的话，可以用分层校正。采用分层卡方检验。具体见 分层卡方检验（点文字直达）
问：求助：观察性研究的Meta分析可以用PRISMA表单么
猴哥的部分文字回答：一般都是要用PRISMA。
问：请教一个问题，数据类型为SIR应该用哪种评分表呢？
猴哥的部分文字回答：sir是什么。是不是总的发生率的数据呢，如果是的话，你可以用横断面的评分表
问：大家好，我有个问题想要请教你们。我用stata在做剂量meta分析的时候（mvmeta命令），在在估计单个研究效应的时候，出现错误“estimates post: matrix has missing values”。检查过后发现并没有缺失的值。然后百度后发现结果都是基本都用GLST命令，于是就又改用了GLST，但是又有一个错误“beta coefficient (log relative risk) at the referent exposure levelshould be zero, log(1)=0”求大神解答
猴哥的部分文字回答：：重新安装这个包。findit glst，多试下，可以看视频演示。
丁香园：Mike305 周权老师的系列教程。
http://ebm.dxy.cn/bbs/thread/37208194#37208194
问：
1.我现在做的snp的meta分析，虽然还没人做过这个位点的meta分析，但已经有人用gwas做过研究了，请问还有做meta分析的必要吗
猴哥的部分文字回答：：可以做一个1分左右的snp META分析，有没有必要自己决定。猴哥是不做已经做过gwas的。
2.有个问题呀，直接做合并ES就行了吧，里面有zval和fdr，我们直接通过合并ES的结果里面的zval和FDR来判断吗？还是合并ES中只看zval，然后用MetaDE.rawdata中的Fisher法，只看p值，联合判定方向和差异呢？？？
猴哥的部分文字回答：：一般看ES，根据 z值和p值综合判断方向和大小。Normal vs Cancer
问:问一个网状meta分析中矩阵问题，四个治疗措施的矩阵是mat=I(3)+J(3，3，1),9个治疗措施的矩阵是mat=I(8)+J(8，8，1),是不是干预措施-1就是矩阵里面的数字？
猴哥的部分文字回答：：是的，这里是自由度。自由度=NARM-1
问：这种没有闭合能发表不？文章收完了
猴哥的部分文字回答：可以,节点劈裂法做。
问：这种基线和3个月后的人数不一样，以哪个人数为准啊？
猴哥的部分文字回答：：如果按照ITT法，就按原始纳入人群算。如果按pp法，就按实际人数算。我（猴哥）一般用pp法。可能其他的大牛用ITT。主流是ITT法。
问：
请教一下，文献检索策略中比如这个图片的第二条，diabetes mellitus/，并没有标注是检索题目，摘要，还是自由词，这个/ 是不是特指某个限定呢？
因为下面很多的检索词后面都加了一个tw,特指自由词检索，不知道 / 是什么意思，跪求大神解释
猴哥的部分文字回答：diabetesmellitus/ 指的是扩展检索式，包括主题词和自由词。详细检索式"diabetes mellitus"[MeSH Terms] OR("diabetes"[All Fields] AND "mellitus"[All Fields]) OR"diabetes mellitus"[All Fields]
问:有什么图表同时评估两个变量与一个指标之间的关系吗？
猴哥的部分文字回答：没有，不懂您的问题。
问:弱弱的问一下，从pdb数据库里面的蛋白id怎样可以得到对应的基因id了？
猴哥的部分文字回答：（赵老师已经回答过，点这里查看）
问:大家有用过prometa3软件的吗？
猴哥的部分文字回答：（猴哥不懂）
问:求助，用RMA处理数据，要求载入hgu133puls2cdf 包。求教大神，为什么错啊？hgu133puls2cdf包我下载了也bioclite了也library了，就是用不了。
猴哥的部分文字回答：（赵老师已经回答过，点这里查看）
问：
我想请问一下大家一个剂量反应meta分析的问题，为什么在stata中输入glst logrr dose，se（se）cov（peryears cases）pfirst（study type） eform会出现错误如图？
猴哥的部分文字回答：可能需要重新加载glst或者数据格式不对。
问:请问下这是哪里出问题了啊？
猴哥的部分文字回答：（赵老师已经回答过，点这里查看）
问: 你们有谁会这个不,贡献图的条形图做法?
猴哥的部分文字回答：用netweight OR logOR t1 t2 命令作图
问:这种表格怎么建立的？
猴哥的部分文字回答：条形图，用r语言或者graphpad6.0 7.0都可以做。
追加问题：
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问:请问孙老师在cox模型中，提取HR做meta分析时，如果HR是经过校正的，但所控制的混杂因素不一样，这样的HR值可以合并吗？
猴哥的部分文字回答：HR一般是经过了校正的，需要经过性别、年龄、种族等校正，我们一般是用校正后的 HR。只要是校正了的HR，我们一般都纳入进来。不要未校正的HR，一般要校正后的。
问:风险因素meta分析提取数据时是校正后的OR与CI，但时文献没有这数据，作者又不提供原始数据咋办？
猴哥的部分文字回答：这个真不好办。你可以尝试一下原始crude OR，但是不建议这么做，不行就剔除这个研究。
问:用stata做网状meta的预测区间图时的命令能不能给分享下
猴哥的部分文字回答：预测区间图：预测区间图，一般要先拟合数据，算出协方差矩阵，才能得到。
How to produce the predictive interval plot
To produce the predictive interval plot,the first step is to perform network meta-analysis using the mvmeta command.
To open the dataset of the rheumatoidarthritis network suitable to run the mvmeta command, type:
. use "rheumatoid arthritismvmeta.dta", replace
and perform network meta-analysis: 建立矩阵
. mat P = I(6) + J(6,6,1)
. mvmeta y S, bscov(prop P)
Note that we assume a commonheterogeneity estimate for all comparisons (with the bscov()option).
Then, the predictive interval plot canbe produced by typing:
. intervalplot,mvmeta pred eform lab(PLAABA ADA ANA ETA INF RIT) null(1) sep marg(10 40 2 2)
The option predictions specifies theinclusion of the predictive intervals (along with the confidence intervals) inthe plot and the option eform specifies that odds ratios are plotted instead oflog-odds ratios.
With the option null()and labels() weadd the line of no effect and we specify the names of the treatment (innumerical order).
Finally, with the options separate andmargin() we plot the treatment effects in subgroups according to the comparatortreatment and we handle the margins for the region of the plot.
问:危险因素的meta分析中：纳入前瞻性队列研究的结局指标不一致，有报道校正后OR、RR、HR，可否直接当成OR，将所有数据进行合并？
猴哥的部分文字回答：丁香园也有过一段时间的争论。参看帖子：“前瞻性队列研究or值转换rr值傻瓜式excel表”和 “【思撷】meta分析中OR、HR、SIR、SMR等近似作为RR进行合并的可行性探讨”和这个帖子里面的公式，但是要先算出 对照组或者说非疾病组的发病率P0,具体见如下博客：
http://blog.sina.com.cn/s/blog_44befaf60102uza6.html
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猴哥：Freescience公众号meta分析栏目现任主编。讲师，副主任医师，武汉大学肿瘤学博士，专注于胃肠道肿瘤分子生物学机制、系统评价/Meta分析、数据挖掘、临床统计研究。