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2017-08-13 freescience联盟 Freescience联盟

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昨天猴哥在线上沙龙讲了怎样做一篇基因多态性meta文章,内容包括SNP Meta分析和数据库找idea,说明了怎样在数据库找靶基因、解决选题障碍,并操练演示了PD1 SNP meta+stata代码。


好多读者因为工作太忙的缘故,不能在线参与。没关系,课程的ppt和录音正在整理中,明天就从公众号里发给大家。虽然和现场听讲相比,看不见演示、少了互动性,毕竟可以反复学习,有具体问题可以再讨论。


今天没有新视频,这里给大家整理了猴哥之前的讲课视频,点文字直达

猴哥meta系统学习视频合集(1)


猴哥meta系统学习视频合集(2)


沙龙课程中,猴哥回答了一些当堂提出的问题,这部分问答在明天将以文字+录音的形式呈现。还有很多来不及回答的问题,已由AI小觅自助搜集整理,将另找时间做答。

 

从这一年多举办线上沙龙的经验来看,讲课是个单向输出的过程,缺乏互动,并不能完全满足大家学习的需要;如果改变讲课模式,变为提问主导的全堂互动,由于人数众多,提问五花八门,又不能保证内容输出的完整性。

 

微信公众号是一种很适合接收碎片化信息的平台,一个公众号就像一本杂志,订阅后每日推送,省去了读者上论坛检索的麻烦。

 

为了促进学习,共同进步,我们愿意提供这样的信息输出。但我们很快发现,这不是一种适合与读者互动交流的平台,所以,我们开设了很多微信群,希望改善单向输出信息的局面。

 

可是,很快又有了问题:微信群使用虽然方便,但对于科研讨论来说,碎片化的资讯无法打捞,是很可惜的事情。群里的问答,往往是非常好的学习资料。

 

所以,现在我们又开始了新的尝试——试图打捞散落在群聊中的有用资讯

 

也许最理想的状态,是我们最终有一个与知乎类似的理工专门讨论社群,有自动匹配功能。

 

目前参与科研学习讨论的人员散布在各交流群中,很难做到同时聚拢。不过,目前可以做到的是,用AI连接各类交流群,

 

这是需要大家一起配合的试验:我们可以提供搜集问题的AI,联通各交流群,实现资讯同步;提问者需要完整提出问题,精练描述,尽可能一次性发送,以降低AI的搜集筛选成本。

 

我们会用AI整理各类问答,不定期用公众号推文+群内问答发布的形式展现,直到建成更好的展示平台为止。

 

这是一些学术公众号主聚集的的学术讨论群,力求做到有问必答(虽然不一定是即时的)。有学术讨论需求的读者可以申请加群。

(QQ群:463367325, 291901204,162170652,659556739,6287665)

 

那么问题来了:我是菜鸟,在群里提问会遭白眼吗?任何问题都可以提吗?我的问题没人回答怎么办呢?

 

别担心,我们愿意与所有热爱学术、乐于讨论的读者共同成长。可以先阅读以下几篇关于提问与求助的文章,再看问答展示板。


1. 如何优雅的提问--生信宝典


2. 如果你希望我回答你的问题--生信技能树


3. how to bug author --biobabble


4. 怀疑人生!我不欠你们钱,好吗?--biobabble


都有哪些方向的原创作者在群里呢?点以下文字直达了解:


1. 宏基因组公众号文章目录


2. 生信宝典文章集锦


3. 为什么画出来的点比指定的数目要多?-biobabble


4. 学姐说实验:PCR回收产物-实验小白


5. 干货 | 社科类论文写作技巧—关于选题-学术咖


6. 实验技术:Real time PCR


7.【重磅】GeneSpring GX 中文教程(一)


8. 视频|生物标记物(基因)联合诊断模型的R实现ROC(AUC) 


问:小白问一个很简单的问题,转录组里go富集有一个是single-organism process是什么意思啊?

答:就是问你时候选择一个特定的物种背景数据集进行富集分析

 

问:请问cytoscape怎么更改label的字体?

答:Label font face


问:请问,在cytoscape如何把label在圈外显示呢?一般默认都是显示在圈内。

答:google一下,就会有。

 

问:请教一个问题:生存分析中根据基因表达量分为高低组,这个界限值用什么方法算出来的

答:一般会用中位值,也有四分位值。如果有配对的数据,就更好分组了。

答:roc曲线。


问:

meanp<-mean(rt$value1)

value<-ifelse(rt$value1<meanp, "low", "high") 

rt$value<-value

head(rt)

用这个mean函数区分low和high可以吗?

答:你这个是把比平均值好的作为一组,低的作为一组, 也是可以的。


问:如果是TCGA上RNAseq-count那应该不适合用平均值吧?

答:我一般用中位值, TCGA的数据。

 

问:我想买一个可以做chip的抗体,各种网站和抗体公司都没有搜索到。可否找一些什么公司定制或是其他什么解决办法呢?

答:可以, 问一下CST.


问:找他们定制吗?

答:可以试试质粒构建融合标签蛋白 flag或者myc 用chip级别的flag_tag或myc_tag抗体去拉。 订制chip单抗一般要几万。ELISA,WB的抗体定制基本没问题,CHIP级的不好说,即使钱花了,不一定能拿到好用的。


问:请问你知道哪里可以花钱做这些吗?

答:包慢病毒的公司都可以帮忙构建载体。目的蛋白核酸序列C端或者N端加上flag或者myc的序列。具体方法可以看一些中文文献标签蛋白构建。也可以慢慢学自己弄。一般做些生物分子学外包服务的公司也能做。


看到这里,如果想参与讨论学习的话,发送SL002到后台,获取入群验证码,和学术公众号大咖一起进步。


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