宏基因组公众号文章目录
“宏基因组”文章目录
软件和数据库使用
SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析
antiSMASH: 微生物次生代谢物基因簇查询和预测
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
测序分析常用图表解读
1箱线图：Alpha多样性，老板再也不操心我的文献阅读
2散点图：Beta多样性，组间整体差异分析
3热图：差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图：差异OTU或Taxonomy
5火山图：差异OTU数量及变化规律
6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分
8网络图：节点OTU或类Venn比较
科研经验
1云笔记积累个人知识体系
2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台
3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口
宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验
如何注册一个名字好记的公众号
文献笔记
Nature Review：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Nature：功能微生物组—甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 植物微生物组开山—拟南芥根微生物组的结构和组成
Microbiome: 简单套路发高分文章—白杨内生和根际微生物组结构
QIIME2教程
1简介和安装
2人体微生物组分析实战Moving Pictures
3粪便菌群移植分析实战FMT
4沙漠土微生物组分析实战Atacama soil
5数据导入 6数据导出 7实验设计编写
8数据筛选 9训练物种分类器
QIIME
生信宝典精选文章
软件使用
经验心得
Linux Shell
命令运行监测和软件安装
管道、标准输入输出
常见错误和快捷操作
文件排序和FASTA文件操作
文件列太多，很难识别
服务器数据定期同步和备份方式
Python学习极简教程
1 2 3 4 5 6 Pandas像R一样处理数据 ETE绘制进化树
R统计绘图
入门环境Rstudio
基础概念和矩阵操作
一文看懂PCA主成分分析
热图绘制 (heatmap) 热图美化 热图简化
线图绘制 线图一步法
箱线图,小提琴图,区域散点图 箱线图一步法
散点图绘制 富集分析泡泡图 火山图
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