扩增子分析QIIME2. 6数据导出Exporting data

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注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列第一篇QIIME2安装。

为什么要导出文件？

QIIME2采用统一qza文件格式，是为了保证文件格式统一和分析流程可追溯。但不可能要求每个人都用此需系统，需要导出其它软件兼容的格式，方便交流和其它用户更个性化的分析。

# 安装QIIME2 2017.7，最少的安装代码，详见QIIME2安装；己安装请跳过 conda update conda conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt # 激活工作环境 source activate qiime2-2017.7 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-exporting-tutorial cd qiime2-exporting-tutorial

导出Feature/OTU表

wget -O "feature-table.qza" "https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza" qiime tools export \  feature-table.qza \  --output-dir exported-feature-table ls -l exported-feature-table/feature-table.biom # 查看结果文件信息

导出的biom文件位于exported-feature-table文件夹中，名为feature-table.biom，可用biom程序对文件进行格式转换和分析

导出进化树

wget -O "unrooted-tree.qza" "https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza" qiime tools export \  unrooted-tree.qza \  --output-dir exported-tree less exported-tree/tree.nwk

导文件为exported-tree/tree.nwk，是标准树nwk文件

导出与提取

提取包括所有的信息文件，如下例中的feature表文件，结果即包括feature表，又包括生成此文件的相关软件版本信息，还有生成此文件所有步骤的文件说明。

mkdir extracted-feature-table qiime tools extract \  feature-table.qza \  --output-dir extracted-feature-table

Reference

1. https://docs.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/

科研经验

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