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附视频│联合诊断ROC曲线(猴哥meta基础)--第十四期线上沙龙

2017-11-27 freescience联盟 Freescience联盟


上一次,猴哥和大家操作演示了 EXCEL、Stata和R语言实现卡方检验,讲解了基础理论知识,并讨论、演示回答了群友们的提问。


经过小编编组周日的校对整理,今天给大家推送PPT+现场视频&录音。


(* 3)(ε*)感谢热心可爱的小编编~


问答版与现场答疑内容仅供参考,并非标准答案,欢迎大家深入思考,提出不同的见解。


发送沙龙到后台,复习前几期的沙龙内容,领录音和高清视频~


发送福利到后台,领取猴哥meta小礼包,循序渐进学meta。操作中有了具体问题,现场可以交流讨论~


注意:
1. 是发送后台,而非留言区或其它地方。
2. 请务必发对关键词,且不能有空格,否则是收不到的。


优质提问可获得专场解答。把问题写在有道云笔记里,进直播沙龙群(qq群463367325),把链接私信发给小觅0号,即可等待周末答疑。


课后有追问,可以组织语言在群里求助(提问前请仔细阅读这篇求助得回应秘诀),如果没有解答,周六统一直播回答。点这里查看优质提问的示例~


这里看欧阳同学整理的有道云使用心得


https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=n05103e42ui&width=500&height=375&auto=0


附腾讯视频地址,复制链接到浏览器,可观看1080P蓝光版

https://v.qq.com/x/page/n05103e42ui.html


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猴哥meta沙龙问答版



猴哥生存资料的能不能也做ROC啊

猴哥部分文字回答:可以的,survivalROC 包做生存roc


谁可以帮我翻译一下这两句话啊,不知道这样可不可以?

In general, one might look atall sorts of differences between the distributions of a gene’s expressionlevels under different conditions. Most often, the location (e.g., mean ormedian) parameter is considered.

                       

老师你好,我在用stata 软件做meta 分析,做出来的漏斗图的背景是黑色的,有办法变成白色的吗?

猴哥部分文字回答:复制到word中就可以了,另一种方法就是用代码实现

请教一个问题:做meta分析时,发现一篇文献的SMD值特别大,敏感性分析发现去除这个文献后,异质性没有改变,但是变成无统计学意义。请问我该以什么理由去除这个文献

猴哥部分文字回答:应该在文章的讨论中分析下  这篇文章 用的是什么方法,什么病人,为什么会得出那样的结果,为什么跟他人的不一样

 

 

请问miRNA的芯片也可以用metaOMICS合并吗?请问如何批量预测miRNA的靶基因?

猴哥部分文字回答:合并的方法有很多,metaomics只是其中一种方法。批量预测需要写代码实现。

 

: 这个图有同学知道怎么读吗 

答: 什么意思,这不是一个数理统计的问题吗

答: 一个卡方检验2乘2的表而已

问: 看不懂,里面的数是时间还是病人的人数?

答: 人数

问: 懂了


: 有一个研究剔除出去了,请问怎么办?有影响吗?

猴哥部分文字回答:统计描述下为什么剔除该研究。

问:发表偏倚怎么办?

答:发表偏倚,你可以用其他软件,计算一下。看有没有统计学意义。如果确认存在发表偏倚,是没有办法,通过统计学处理来纠正的。在讨论部分,解释一下就可以了。

: 这样行不行,这种情况我能不能就这样了,有影响吗?不想用其他方法计算,因为大部分很集中.

猴哥部分文字回答:用egger 和begg算下p值就知道有无偏倚。

 

:请问stata做ROC后,lsens命令求灵敏度及特异度cut point点是0~1,请问如何能换算成实际变量的值呢?因为看文献此点的值是阴阳性最佳诊断分界点。谢谢指教。

猴哥部分文字回答:只能有cutoff值,无法换算,或者请教一下其他高手

 

请问大家,casecontrol的最小样本量要用什么公式算呢?卡方检验两两比较可以用bonferroni校正吗?

猴哥部分文字回答:用pass软件。

 

各位老师,有没有遇到过4个单因素cox的HR值都大于1,而用这个4个做多因素cox却出现其中一个的HR小于1了,求解,谢谢

答:应该是存在共线性colinearity

:谢谢,那应该怎么处理呢

猴哥部分文字回答:两两联合,看哪些有共线性。

 

:请问T检验的怎么确定样本量?

猴哥部分文字回答:看看前期的讲解或者丁香园或者GCBI的样本量估算教程。

 

: 
rct的cochrane的质量评价中随访偏倚,一般失访人数占比多少认为高风险啊?下面红框标注的怎么设置呢 

答:我看的文献是10%-15%

 

: 
想问各位高手,用state进行单组率meta分析,遇到发生率为0或者1的时候怎么处理?

答: 这种情况一般都是直接滤过了,就是软件不显示这组数据。

问:对stata上是直接排除的. 但感觉很影响结果啊,实验组发生率100%,就被直接踢掉了,感觉合并出来的发生率下降了。

答: 其实本来单个率是不能用来做meta 的,不管怎样都要有实验组和对照组。这样缺乏了对照组异质性和发表偏倚都非常大。我觉得可以尝试下其他的软件
咨询下公卫的老师,他们经常要统计发病率,看看他们用什么软件

 

: 请教大家一个问题,做基因多态性分析时,statistical power calculation怎么计算的?

猴哥部分回答:

请问下各位大佬stata二分类的MH法和IV法有什么区别吗?就样本比较小用mh,比较大时选iv?

猴哥部分文字回答:我一般MH法

 

1.  请问怎么读懂这个数据录入的格式呢?

2.  R软件做连续性变量的数据录入 有大神可以教我一下吗

3.  请问这个图怎么做呢?连续性变量的网状meta

猴哥部分文字回答:直接用r语言生成,然后用excel排一下格式。

 

请问 怎么才能让STATA做的meta分析中也显示病例组和对照组的个数?

猴哥部分文字回答:在代码中增加  counts group1(experiment) group2(control)



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