《保障农民工工资支付条例》委托代发民工工资的规定相关涉税问题
《保障农民工工资支付条例》（自2020年5月1日起施行）
第三十一条规定，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。
分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押。
《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函发〔1996〕602号）中“三、关于扣缴义务人的认定”规定，扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。
为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为:凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
因此，根据即将实施的《保障农民工工资支付条例》关于农民工工资委托发放规定，总包方公司只是代为实施了发放工资的职责，但对于分包方公司的工资支付对象和支付数额并没有决定权，分包方公司才应是个税代扣代缴义务人。总包方根据分包方提供的工资表中的“实发数”代发工资，并将工资中属于个人应承担的社保和个税部分交给分包方公司，由分包方公司为职工缴纳社保和预缴个税。
1.农民工工资推行由分包单位委托施工总承包单位代发，但是分包单位是“所得的支付对象和支付数额有决定权”的，即为农民工工资个税的扣缴义务人。
【提醒】扣缴义务人没有扣缴个人所得税，怎么处罚？
税收征管法：第六十九条 扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
2.施工总承包单位如何证明分包单位是“所得的支付对象和支付数额有决定权”的？
（1）分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
特别提醒:编制工资支付表需要加盖分包单位的公章或者财务章。
（2）分包单位开具发票的金额包括代发工资部分，即工资性工程款部分。
3.合同中对委托代发农民工工资条款要约定明确，防止产生纠纷和支付风险（仅供参考）
（1）乙方工人工资实行 （按件计酬或按天计酬），工人工资标准约定如下： 。
（2）乙方与工人约定的工资标准须按备案程序报甲方（总承包单位，下同）审核。
（3）对于劳务费结算支付周期超过一个月的，甲方按月先行支付部分工人工资，每月实际发放数额不得低于当地最低工资标准，具体结算时间约定如下：*****。
（4）乙方负责将本队（班、组）工人工资汇总成表，由每个工人签字后按月报送甲方，由甲方汇总按月统一发放。（附表）
（5）结算周期期满（承包协议范围内的工程完工），甲方将工人工资按照国家规定及劳务内部承包协议约定予以结清，其它费用由甲方按照协议约定支付给乙方。
4.施工总承包单位分包款支付给“农民工”是否违反“三流一致”？
不违反。
所以相关政策文件规定支付给“第三方”，严格意义来说不属于第三方，有政策规定、有代发协议、有分包方编制的工资表。
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发〔1995〕192号）规定，购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
因此，分包方开具的发票对于总包来说，符合予以抵扣的规定。
提醒：仅农民工工资委托代发产生的所支付款项的单位与发票开具单位不一致的情况，有相关规定及表单资料为依据，符合“三流合一”予以抵扣的规定，但不能简单适用于其他情况。根据规定，总包单位与农民工工资委托代发相关档案资料要收集完整，建档立册，完善相关档案管理制度，减少或避免代发支付风险。包括不限于以下资料（仅供参考）：
（一）项目基本资料
1.施工许可证；
2.劳资专管员信息（任命文件，信息表）；
3.农民工工资专户（监管协议，开户证明印鉴）；
4.工资保证金凭证（减免审批手续）；
5.维权告示牌图片；
6.其他项目资料。
（二）工资支付材料
1.农民工实名制花名册（附身份证复印件）
2.劳动合同；
3.工资发放表（按月）
4.考勤表（按月）
5.银行发放流水（按月）
6.其他工资发放资料。
其中花名册、身份证复印件、劳动合同按花名册顺序归档。工资表、考勤表、银行流水按月整理归档附后。
劳动合同、工资表及考勤表需由农民工本人确认签字。
农民工工资检查，一般从工资发放表入手，倒查农民工是否在花名册内、是否签订劳动合同、是否按规定考勤、是否通过银行发放工资等。
花名册、劳动合同、工资发放表、考勤表及银行流水需对应一致。
（三）档案保管制度跟上
《保障农民工工资支付条例》
第十五条规定：用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年。书面工资支付台账应当包括用人单位名称，支付周期，支付日期，支付对象姓名、身份证号码、联系方式，工作时间，应发工资项目及数额，代扣、代缴、扣除项目和数额，实发工资数额，银行代发工资凭证或者农民工签字等内容。用人单位向农民工支付工资时，应当提供农民工本人的工资清单。
第二十六条 施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。
开设、使用农民工工资专用账户有关资料应当由施工总承包单位妥善保存备查。
第二十八条 施工总承包单位、分包单位应当建立用工管理台账，并保存至工程完工且工资全部结清后至少3年。
因此，根据规定各项目部需要完善各自的档案保管制度，应将农民工工资档案分类归档，项目基本资料单独整理成册，工资支付资料分班组整理归档成册,并妥善保管，工作常态化。