LncRNA研究之：LncRNA数据库及预测软件汇总

工欲善其事必先利其器，BioWorld整理了LncRNA研究常用数据库资源供大家参考。

近几年LncRNA研究的国自然立项数连年增长，2016年261项，2017年更是达到了345项。LncRNA的相关研究也逐渐成为了当今生命科学最热门的研究领域之一。

1

ChIPBase

提供LncRNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

2

LNCipedia

LNCipedia：对人类LncRNA的序列和结构全面的注释。网站：http://www.lncipedia.org

3

lncRNABase

lncRNABase：提供miRNA调控LncRNA、假基因(pseudogene)和circRNA的互作信息和ceRNA调控网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站：http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php

4

lncRNAdb

lncRNAdb：提供有生物学功能的LncRNA的全面注释。这是LncRNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站：http://www.lncrnadb.org/

5

LncRNADisease

LncRNADisease：提供了文献报道的疾病相关的LncRNA的注释。网站：http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease

6

NONCODE

NONCODE：提供对LncRNA的全面注释，数据库收录多达16个物种信息，网站：http://www.noncode.org

7

NRED

NRED：提供人和小鼠的LncRNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站：http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/

8

Arraystar

Arraystar：miRNA-lncRNA互作的数据库。网站：www.arraystar.com

9

starBase

starBase：提供miRNA调控LncRNA、假基因和circRNA的互作信息。网站：http://starbase.sysu.edu.cn

10

DIANA-LncBase

DIANA-LncBase：提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控LncRNA的信息。网站：http://www.microrna.gr/LncBase

11

miRcode

miRcode：一个LncRNA转录组中推断的microRNA靶点图，当前版本中包括了10,419个LncRNA基因。网站：http://www.mircode.org

下期预告

1.LncRNA研究方法及典型文章分析

2.近两年生物/医学领域国人发文最多的6-10分期刊盘点