Molecular cell|傅向东开发R-ChIP方法，解决R-loops形成机制

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iNature：三链RNA / DNA结构相关的R环与基因组不稳定性和基因表达调控相关。为了在体内对R-环进行精确分析，傅向东研究组开发了基于RNase-H的方法;这揭示了R环主要在基因启动子附近形成，同时也提供了R-环的所有生物化学建立的性质。转录干扰实验进一步表明R环的诱导与转录暂停相关。有趣的是，傅向东研究组注意到大多数定位到基因组上的R-环都连接到一个附近的游离的RNA末端;通过使用核酶共转录切割新生RNA，傅向东等人证明这样一个自由的RNA末端加上一个G / C-富含的序列是必要和足以诱导R环的形成。这些研究结果提供了一个拓扑的解决方案RNA侵入到双链DNA。

Abstract：

R-loop, a three-stranded RNA/DNA structure, has been linked to induced genome instability and regulated gene expression. To enable precision analysis of R-loops in vivo, we develop an RNase-H-based approach; this reveals predominant R-loop formation near gene promoters with strong G/C skew and propensity to form G-quadruplex in non-template DNA, corroborating with all biochemically established properties of R-loops. Transcription perturbation experiments further indicate that R-loop induction correlates to transcriptional pausing. Interestingly, we note that most mapped R-loops are each linked to a nearby free RNA end; by using a ribozyme to co-transcriptionally cleave nascent RNA, we demonstrate that such a free RNA end coupled with a G/C-skewed sequence is necessary and sufficient to induce R-loop. These findings provide a topological solution for RNA invasion into duplex DNA and suggest an order for R-loop initiation and elongation in an opposite direction to that previously proposed.

原文下载：

https://pan.baidu.com/s/1i55XkkX（可直接下载，仅用于教育，不得商用）

原文链接

http://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(17)30757-8

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