除了测基因表达水平，荧光定量PCR还能干很多事！！

之前给大家分别介绍了人类与小鼠和拟南芥的荧光定量PCR引物数据库，这两个数据库中的引物基本上都是应用于目的基因表达水平的测定，但是除了这一基本功能之外，荧光定量PCR还可以干很多其它事，比如检测目的基因的DNA拷贝数、检测SNP位点、检测突变等等，今天红皇后为大家介绍一个更为全面的荧光定量PCR引物和探针数据库！！

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RTPrimerDB

RTPrimerDB是专门针对实时荧光定量PCR的引物和探针序列数据库，该数据库建立的目的是为了节省实验过程中引物设计和实验方法优化所需的时间。

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数据库统计

目前，RTPrimerDB数据库共包括针对5656个基因的7963对实时荧光定量PCR引物和探针。

在Statistics页面中分别以3种分类方法对数据库包含的引物和探针进行了分类统计。

按照对应的物种进行分类

RTPrimerDB中的引物和探针虽然涵盖了21个物种，但主要为人类、水稻、拟南芥、小鼠和大鼠，针对其它物种的引物和探针较少。

按照实验的目的进行分类

数据库中的引物按照其实验目的不同分为7类：

• 基因表达定量/检测 (Gene Expression Quantification/Detection)

• DNA拷贝数定量/检测 (DNA Copy Number Quantification/Detection)

• SNP检测 (SNP Detection)

• 突变分析 (Mutation Analysis)

• 融合基因定量/检测 (Fusion Gene Quantification/Detection)

• 染色质免疫功沉淀 (Chromatin immunoprecipitaton, ChIP)

• 物种检测 (Organism Detection)

  按照实验的方法进行分类

RTPrimerDB数据库所包含的引物和探针涉及多种常见的实时荧光定量PCR方法，包括SYBR Green I、TaqMan、Hybridisation Probes和Molecular Beacon。

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数据查找

RTPrimerDB提供两种数据查找方式，在Browse页面中可以按照靶基因对应的物种或者相关的关键词进行查找。

在按照关键词查找的页面，首先要选择关键词的首字母，之后即会显示该首字母所包含的关键词以及不同关键词所对应的引物或探针数目。

在查找到目标基因的信息之后，点击进入会显示数据库中该基因所对应的引物与探针信息，在最右侧的两列分别对应该引物或探针或对应的实验目的和实验方法。

实验目的一栏中缩写对应的意义：

实验方法一栏中所缩写对应的意义：

在引物或探针的详细页面，介绍了其实验方法、实验目的、研究物种等基本信息，同时给出了引物和探针的序列以及最适的退火温度。

在该页面的下方还给出了这一引物或探针的提供者信息以及来源参考文献，用了人家的引物和探针别忘记引用一下啊！

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引物和探针搜索

可以在页面最上方的搜索栏直接进行搜索。

也可以在Search页面进行高级搜索。

RTPrimerDB可以应用官方的基因名称、Entrez或Ensembl基因识别号、SNP识别号和寡核苷酸序列进行搜索。

在搜索时可以根据实验目的、研究物种以及检测的方法对搜索结果进行筛选，以便快速找到适合自身实验的结果。

该数据库搜索体验并不是很好，建议直接在浏览页面中寻找目的基因对应的引物或探针。

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如使用该数据库中的引物或探针，请引用下方文献：

Lefever S ,  Vandesompele J ,  Speleman F , et al. RTPrimerDB: the portal for real-time PCR primers and probes[J]. Nucleic Acids Research, 2009, 37(Database):D942-D945.

喜欢的小伙伴可以扫描下方二维码，关注“红皇后学术”公众号，回复“RTPrimerDB”即可获得该数据库网址，祝大家实验顺利！！

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