rRNA特异性探针和引物数据库帮你快速测定特定微生物的含量

之前介绍了代表性动物和植物的real-time PCR引物数据库，有的人就留言说，作微生物研究的怎么这么惨啊，环境中的微生物种类千千万，能得到纯培养的还不到1%，老板想让我测我样品中某个特定功能微生物的含量，我要怎么做啊？？？

用高通量测序做？好像没什么必要，因为只想要特定微生物的含量，而且高通量测序也未必能达到理想的分辨率！

用FISH或者Real-time PCR？微生物的种类这么多，想设计一个只能与目标微生物特异性匹配的引物或探针可不是一件容易的事，而且设计出来的引物还需要通过大量实验验证其特异性和优化实验方法条件！

别担心，接下来就给大家带来一个神奇的网站，分分钟解决特定微生物定量的难题！！

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ProbeBase

ProbeBase是一个专门针对能够与不同rRNA特异性结合的寡核苷酸探针和引物的数据库。

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Search

ProbeBase数据库支持多种搜索模式。
根据目标物种的名称进行搜索。

根据引物或探针的名称以及其来源文献的相关信息进行搜索。

根据引物或探针的序列进行搜索，提交的序列方向为5'-3'。

以引物或探针的靶标位点进行搜索。

以“Pseudomonas”为例进行搜索，结果中分别标出了引物或探针的名称，其所针对的微生物靶标，并用颜色表示引物或FISH用探针。

点击一个引物或探针，进入详细信息页面，给出了该引物或探针的序列、GC含量、长度、靶标物种、靶标基因、结合位点等基本信息。

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Match

Match页面通过提交目的rRNA的全长序列，通过与ProbeBase比对，搜索得到与目标rRNA序列匹配的引物和探针结果。

搜索结果给出了与目的rRNA序列匹配的探针名称、所针对的物种、探针序列以及探针与提交序列的匹配区域。

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Proxy

Proxy页面，通过提交目的微生物rRNA的部分序列，通过比对从ProbeBase中搜索得到与其匹配的探针，同时给出所分析部分序列在SILVA数据库中所对应的16S rRNA全长序列。

搜索结果中给出对应的探针名称、序列以及所分析序列的物种分类学位置。

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Lists

LIsts页面给出了按照不同分类所得的数据库中探针、引物、芯片和参考文献列表。

在列表页面，可以先根据研究目的，选择特定的功能微生物分类，之后打开只涉及该功能分类的引物或探针列表。

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如使用了ProbeBase数据库中所提供的引物或探针，请在文章发表时引用如下参考文献：
Greuter D, Loy A, Horn M, Rattei T. 2016. probeBase—an online resource for rRNA-targeted oligonucleotide probes and primers: new features 2016. Nucleic Acids Res. 10.1093/nar/gkv1232.

感兴趣的朋友可以扫描下方二维码，关注“红皇后学术”公众号，回复“ProbeBase”，即可获得ProbeBase的网址。

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