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诺禾致源启动“罕见病阴性样本三代测序全额资助计划”,助力罕见病精准诊断

诺禾科服 OxfordNanopore 2019-12-12
文章来源:诺禾科服
诺禾致源启动的“罕见病阴性样本三代测序全额资助计划”,将基于 Nanopore 三代测序平台,用于寻找这些疑难病例的致病遗传突变。诺禾致源计划将配备专业的遗传病研究团队,为入选项目免费提供全套的测序、分析等技术支持服务。请浏览诺禾致源(Novogene)Nanopore测序系列讲座参考更多的内容。



罕见病因其发病率低、病情严重、难以诊治而被贴上了“罕见怪病”、“疑难杂症”的标签,其中约80%是由基因缺陷引起的[1] ,且绝大部分缺乏有效的诊断和治疗手段。患者也往往因为极端表型和昂贵的治疗费用,承受着精神和经济的双重压力。


上月,小儿脊髓性肌肉萎缩基因疗法获得 FDA 批准在美国上市,一支药物标价210万美元(约1448万元),堪称史上最贵的药物。这种天价药物,对于罕见病患者来说几乎等于“无药可医”。而在中国,由于人群基数大,罕见病患者却并不罕见,帮助罕见病患者重拾生活的希望需要全社会的共同努力。诺禾致源作为全球领先的基因组产品和服务提供者,希望在探索罕见病发病机制和精准治疗新方法的进程中贡献一部分力量,帮助罕见病家庭找到致病根源。基于此初衷,诺禾致源即日起启动“罕见病阴性样本三代测序全额资助计划”(具体资助计划见文末),与科研人员或临床医生展开合作,对未找到致病基因的罕见病先证者进行免费的三代测序,以期通过新的测序技术揭示罕见病的致病机制。


第三代测序技术的发展有利于进一步提高人类对基因多样性和疾病基因组学的认识,推动生命科学领域的发展。作为第三代测序技术的代表,英国 Oxford Nanopore Technologies 公司开发的纳米孔测序技术已经被广泛用于科研测序。尤其在最近几年,应用三代测序进行人类基因组研究的文章更是呈“井喷”式爆发,多项研究成果在国际各大顶级杂志上发表。例如,Hiroyuki Ishiura[2] 等在 Nature Genetics 上发表的一篇文章,发现了内含子区的两个重复扩张(TTTTA 和 TTTCA)与良性成人家族性肌阵挛性癫痫有关;Rita Cacace [3] 等采用二代加三代的方法鉴定出DPP6 基因上的一个 4Mb 的倒位,该基因的缺失可导致神经元的过度兴奋和行为改变,并作为一种新型的痴呆基因,有望解释神经退行性疾病的遗传机制;沈璐教授、唐北沙教授团队[4] 对一个五代神经元核内包涵体病家系进行外显子测序未找到致病突变后,通过三代测序发现了NOTCH2NLC 基因上 GGC 异常重复扩增,为揭示神经退行性疾病的致病机制提供了重要线索。


如今,高通量纳米孔测序技术因其长读长且无需扩增等特点正越来越受到科学家们的青睐。该技术在基因的结构变异、重复序列、单体型等分析上的突出优势,有望为罕见病的研究开辟出一条新的道路。下面让诺禾致源通过一篇文献,来了解一下利用三代测序在二代全基因组阴性病例中成功鉴定出结构变异的案例。


经典案例分享


文章题目:Long-read genome sequencing identifies causal structural variation in a Mendelian disease[5]


患者的临床背景:1个男孩出生10天时发现有心脏和呼吸系统问题,16岁时怀疑时 Carney 综合征,但是临床测序未发现 PRKAR1A 基因突变。


分析方法与结果:


图1 Carney 综合征患者测序分析流程图


结论:利用长读长测序在 Carney 综合征患者中识别了 PRKAR1A 基因上2.2kb 的 deletion,从分子层面为该疾病提供了一个解释,提示长读长测序可以作为一种方法鉴定目前方法难以检测的致病的结构变异。


实际上,诸如此类临床被诊断为患有孟德尔遗病,二代测序却无法检出致病突变的案例有很多,主要原因之一是二代测序对串联重复序列及结构变异的检出能力不够。长读长测序则有望给未被诊断或误诊的患者,提供一种检测复杂结构变异的新手段。因此,本次诺禾致源启动的“罕见病阴性样本三代测序全额资助计划”,将基于 Nanopore 三代测序平台,用于寻找这些疑难病例的致病遗传突变。诺禾致源将配备专业的遗传病研究团队,为入选项目免费提供全套的测序、分析等技术支持服务


项目资助条件如下


1. 项目申请者为科研人员或临床医生;

2. 该病例有重大研究意义和价值,相关成果可以为临床提供相关指导;

3. 该病例为孟德尔遗传病,做过相关家系的二代测序,没有检测到遗传变异;

4. 诺禾致源将与客户展开深度合作,作为共同第一作者参与科研成果的发表。


为了保证每个资助项目的投入及质量,诺禾致源将在2019年9月30日前,先行启动第一期资助计划,经评估符合条件的即可执行


  申请方式:

扫描下方二维码,即可提交报名申请。本资助计划最终解释权归北京诺禾致源科技股份有限公司所有。

备注:该资助计划名额有限,先到先得,资助项目名单后续会在【诺禾科服】公众号公布,详情请咨询诺禾科服


参考文献

[1] 杨锐. 罕见病人群罕见?不罕见![J]. 癌症康复, 2013(3).

[2] Ishiura H , Doi K , Mitsui J , et al. Expansions of intronic TTTCA and TTTTA repeats in benign adult familial myoclonic epilepsy.[J]. Nature Genetics, 2018, 88(13):1296.

[3] Cacace R , Heeman B , Mossevelde S V , et al. Loss of DPP6 in neurodegenerative dementia: a genetic player in the dysfunction of neuronal excitability[J]. Acta Neuropathologica, 2019:1-18.

[4] Tian Y ,Wang JL ,Huang W, et al. Expansion of Human-Specific GGC Repeat in Neuronal Intranuclear Inclusion Disease-Related Disorders[J]. Am J Hum Genet, 2019 :1-11.

[5] Merker J D , Wenger A M , Sneddon T , et al. Long-read genome sequencing identifies causal structural variation in a Mendelian disease[J]. GENETICS in MEDICINE, 2017.



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