【抗生素耐药基因检测专题】之香港大学张彤教授谈污水中的抗性基因

演讲嘉宾：

张彤现任香港大学土木工程系教授和香港大学公共卫生学院荣誉教授,2017年4月起任南方科技大学环境科学与工程学院长期访问杰出教授。主要研究方向为环境生物信息学、微生物组学技术、厌氧生物处理、污水生物处理、新兴污染物的生物降解、污水中抗生素抗性基因及致病菌检测等。在Microbiome, The ISME Journal， Environmental Science & Technology，Water Research，Bioinformatics 等学术期刊上发表相关学术论文230篇，其中ESI高被引论文15篇，H指数70 (Google Scholar)，总引用超过16000次（Google Scholar）。2018获选科睿唯安“全球高被引学者”。获得中国和美国专利各一项，合著书籍一部。2011到2014年受聘兼任“华大基因”环境微生物和环境生物技术的特邀顾问，2013到2016年受聘兼任南京大学讲座教授。曾获2016年国家自然科学二等奖（第二完成人），教育部2015年自然科学一等奖（第二完成人），香港大学2017年杰出研究生导师奖。

张彤 香港大学教授

内容简介：

抗生素耐药性是一个新兴的全球挑战性话题，且严重威胁到人类健康。联合国环境规划署在2017年强调了这个问题，尤其是环境污染引起的抗生素耐药性，是全球关注的六大新兴环境问题之一。

从污水处理厂到土壤，再到饮用水，甚至一些自然环境，抗生素抗性基因无处不在。污水处理厂中的抗生素抗性基因是研究热点之一，其生物量密度高达2-50g/L，相当于10¹³细胞/升。

抗生素抗性基因能够在多种移动元件(MGEs)的帮助下实现胞间和胞内的转移，其中质粒(Plasmids), 整合性结合元件(ICEs)以及噬菌体(Phages)能够介导抗性基因在细菌间的水平转移，转座子(Transposons)以及整合子(Integrons)的存在进一步增加了抗性基因转移的风险，近年来这些移动元件对抗性基因传播的贡献越来越引人注意。

宏基因组是研究微生物抗生素耐药基因及可移动遗传元件的有效方法，但由于染色体、质粒上的一些重复序列，基于短读长测序技术可能不是那么有效，而纳米孔长读长测序技术能够很好的解决这一问题。我们的研究证实了这一点：结合短读长与纳米孔技术，能够全面了解抗生素抗性基因的遗传环境并追踪其宿主，而与仅仅依靠短读长测序技术相比，利用纳米孔测序技术能够更有效的检测出相关抗性基因，并且其长度长的特点，大大提高了对含有大量重复序列多重耐药质粒的组装。

我们首先整合了CARD和ARDB两个抗性基因数据库，并在此基础上，通过分析NCBI nr 库以及对数据库结构化的处理，最终形成了SARG 2.0 数据库。针对宏基因组数据，我们配套开发了在线分析流程：ARGs-OAP v2.0，实现了在细胞水平对抗性基因的定量分析。结合纳米孔测序技术，使我们能够快速鉴定并追踪抗生素抗性基因的宿主，同时全面解析抗生素抗性基因的遗传背景。我们发现污水处理厂中抗生素抗性基因大部分由质粒携带，并且在污水处理过程中持续存在。

演讲视频：

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?width=500&height=375&auto=0&vid=d0890e2yzvx

 我们的目标：

使任何人，在任何地点，

能对任何生物进行分析。

相关阅读：

网上订购：请点击“阅读原文”或者浏览：https://store.nanoporetech.com/cn

NanoporeEvent服务号用于会议、讲座、资料下载，OxfordNanopore订阅号发布最新技术 、 科研、 资讯等。

媒体查询：[e-mail]

销售联系：微信号NanoporeMedia或tbray91ONT (Thomas)

如欲了解更多产品信息，请长按二维码关注我们