全球食品巨头玛氏（Mars）使用纳米孔测序一天内完成沙门氏菌血清型预测

对食品供应链中的病原菌进行管控，能够最大程度上减少食物污染造成的浪费，对人类健康有着重要的意义。玛氏全球食品安全中心（Mars Global Food Safety Center）致力于通过新技术和方法将微生物风险管理从应对转变为预测和预防，并使用纳米孔测序技术建立了沙门氏菌血清型预测方案。

Mars的目标：保障每个人与宠物的食品安全

可行性研究的关键信息：

• 结合新一代Oxford Nanopore Technology（ONT）测序平台与公开可用的生物信息学工具，建立了沙门氏菌(Salmonella)血清型预测方案

• 在一天内完成从纯菌株培养到血清型预测的整个过程

• 对所有24种测试的沙门氏菌菌株进行ONT和Illumina全基因组测序，获得血清型分型预测的一致性，表明ONT测序平台与广泛使用的Illumina测序平台的沙门氏菌血清型预测相当。

玛氏全球食品安全中心（Mars GFSC）微生物风险管理高级研究经理葛崇涛博士表示：

“在玛氏全球食品安全中心，微生物风险管理是我们所关注的领域之一。具体而言，我们正在探索创新的方法，通过新技术和方法来将微生物风险管理从应对转变为预测和预防。我们很自豪能够在ASM 2019，与微生物组社区来分享我们题为“评估Oxford Nanopore测序技术用于沙门氏菌血清型预测的可行性研究”。

“由于这是一项可行性研究，因此我们提供的是非常早期的数据。然而，新一代Oxford Nanopore测序技术展示的结果非常具有前景，并可能在未来助力改变我们自己的实验室网络、以及更广泛的食品行业的微生物食品安全管理方式。”

想了解更多关于海报的内容？欢迎点击文末的“阅读原文”，查看或下载Mars 全球食品安全中心团队在ASM Microbe 2019大会的海报。

评估纳米孔测序技术用于沙门氏菌血清型预测的可行性研究

摘要：与其他测序技术相比，使用Oxford Nanopore Technologies（ONT）研发的长读长单分子纳米孔测序技术具有便携性、可负担性、实时碱基识别和简易性方面的优势。它提供了一种潜在的全基因组测序（WGS）方法，来满足食品工业对有效和高效鉴定沙门氏菌（Salmonella）的需求。这项可行性研究对24种肠道沙门氏菌菌株（17种血清型）进行了测序，以探索ONT测序系统产生的WGS数据是否能够准确预测沙门氏菌的血清型。使用Illumina Hiseq测序相同分离株（200X），产生的WGS数据用于作为预测血清型准确性的基准。我们发现读长的质量得分和高质量数据百分比随测序时间下降，然而在测序头两个小时内产生的数据足以用于血清型预测。在测序前两个小时内生成的数据量范围为201到1072 MB（42-203X），平均读长长度范围为3589到11721 bp。使用ONT测序数据进行SeqSero2和SISTR组装所有24个分离株后获得血清型预测的一致性结果，所有预测均与Illumina Hiseq生成的相对应的结果相同。该初步研究表明，ONT测序系统产生的WGS数据有可能在测序时间的两小时内用于预测沙门氏菌血清型，其准确性与Illumina测序系统的准确度相当。

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