新技术 | Pore-C：研究染色质构象的完整解决方案

纳米孔测序技术现可用于研究染色质接触，无需扩增，可直接识别全基因组范围的染色质接触。

Pore-C由常青藤名校威尔康奈尔医学院（Weill Cornell Medicine）与Oxford Nanopore Technologies联合发表在bioRxiv上(DOI:https://doi.org/10.1101/833590)。目前，Pore-C端到端工作流程及分析工具分别可从纳米孔社区和GitHub上（下载链接请见文末）获得。

研究基因组结构

染色质结构取决于众多基因组位点之间的物理相互作用。研究基因组结构对于理解基因组元件如何相互作用，从而调控基因表达具有重要意义。

大部分传统的染色质构象捕获和测序的方法只能发现两个基因组位点之间的成对相互作用。结合纳米孔长读长和染色质构象捕获，意味着单个纳米孔长读长可以跨越多个接触点，从而获取更高阶的多重信息。 

更深入的研究

在染色质区室、拓扑相关结构域(Topologically associated domains, TADs)和染色质环结构上，Pore-C技术与金标准的成对接触图谱结果一致，并且比现有的多重方法更有效。Pore-C序列编码的长片段信息可用于搭建和校正基因组组装，且有助于重新构建染色体间和长达Mb的复杂重排。

Pore-C不仅能够更深入的了解3D基因组及其对基因表达的影响，而且还能够了解重复区域以及结构变异的相互作用。无需PCR，可最大限度地减少测序偏好性，从而能更好地了解GC含量偏高或偏低的区域。

最后，与短读长相比，每个纳米孔长读长序列包含了更多的相互作用信息，因此只需要较少的测序读长就能构建出一幅完整的接触图。

Oxford Nanopore基因组应用总监Sissel Juul表示：

 “我们的结果说明Pore-C是在全基因组水平上评估染色质相互作用的最简单且可扩展的方法。我们期待更多的纳米孔用户能够利用这项技术在多种研究应用中获得新见解。” 

Sissel Juul在今年9月中国首次纳米孔测序大会NTT 2019上给中国的科学家们分享了这项技术，视频请查看【NTT 2019 演讲视频】纳米孔测序：从基本原理到应用。

纳米孔社区：

https://community.nanoporetech.com/posts/pore-c-application-release

Pore-C：https://github.com/nanoporetech/pore-c

查看文献全文：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/833590v1

我们的目标：

使任何人，在任何地点，

能对任何生物进行分析。

相关阅读

网上订购：请点击“阅读原文”或者浏览：https://store.nanoporetech.com/cn

NanoporeEvent服务号用于会议、讲座、资料下载，OxfordNanopore订阅号发布最新技术 、 科研、 资讯等。

媒体查询：[e-mail]

如欲了解更多产品信息，请长按二维码关注我们