【微生物病原菌检测专题一：5分钟NTT 2019闪电演讲】：伤寒副伤寒病原菌/人乳头瘤病毒和微生物群分析

原创：中国市场部 OxfordNanopore 2019-12-11

新一代测序技术应用于援非的跨地域病原菌联合检测

中国疾病预防控制中心传染病预防控制所卢昕副研究员

塞拉利昂为伤寒副伤寒疾病高发地区，中国疾病预防控制中心（CCDC）与塞拉利昂卫生部合作，支持塞拉利昂国家公共卫生体系建设，加强临床就诊发热病例的伤寒副伤寒监测是一项重要的工作。

项目组通过开展标准的血液培养，获得了一株沙门菌，但当地医疗条件非常有限，如无法保证冷链运输物资、电脑资源有限等。他们启动了纳米孔长读长测序系统，利用可以在30℃储存一个月的野外测序试剂盒，获得了全基因组序列，并将数据传回CCDC进行分析。得到的数据量为1Gb，最长读长190kb，拼接后显示该菌基因组大小为4.8Mb，并通过致病菌识别网确定为伤寒沙门菌。与GeneBank中伤寒沙门菌完成图相比，多了39.4Kb的一个前噬菌体结构，多了8.54Kb的一段Tn3型耐药转座子，其上含有三个耐药基因。

使用纳米孔测序技术同时检测宫颈细胞学样本中的人乳头瘤病毒和微生物群及其全面分析

元码基因科技（北京）股份有限公司王伟伟博士

人乳头瘤病毒与宫颈癌的发生高度相关，宫颈阴道微生物群在相关HPV病毒感染和癌症的发生中也扮演着重要的角色。王伟伟博士及团队对E6和E7基因进行多次PCR扩增，利用纳米孔全长16s rRNA测序分析并同时鉴定HPV菌株和微生物群，得到的结果与短读长测序一致。他们还利用纳米孔测序前对病毒进行捕获和富集，获得了病毒序列和HPV整合，结果显示人类基因组中不同基因型的HPV整合程度也不同，且HPV整合在人体内富集的区域有重复性规律，在LINE，SINE和LTR区域的富集最显著。

王伟伟博士表示，纳米孔测序更具优势：在不到15分钟的时间里鉴定出菌株，生成数据的同时实时分析数据，且长读长数据能够获得重复区域和侧翼序列信息来进行定位，而短读长则无法正确鉴定重复区域的整合情况。

*Oxford Nanopore Technologies产品仅限研究使用，不用于诊断程序。

纳米孔测序微生物研究案例：

Nature Biotechnology 封面 | 6小时识别病原菌的纳米孔宏基因组学方案

Nanopore 2019《Science》首发 | 在拉沙热疫情爆发的中心测序病毒基因组

塞拉利昂-中国友好生物安全实验室完成病原感染的新一代基因组测序识别与分析

【精彩回顾】纳米孔测序实现对人体肠道微生物组中抗性决定因子和移动元件的高分辨率分析

【应用案例】肠道微生物群的病原菌鉴定和种属鉴定

实例解读 | 纳米孔长读长在16S测序的优势和应用

实时的微生物鉴定和抗微生物药物耐药性分析

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