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琼脂糖,低熔点琼脂糖,高分辨率琼脂糖都有什么用途?

Coolaber 2023-03-29

关于琼脂糖:
     琼脂糖是由1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖相间联结而成。琼脂糖具有亲水性,并几乎完全不存在带电基团,极少吸附生物大分子也极少引起其变性,是理想的惰性载体。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解,温度下降到35-40℃形成良好的半固体状的凝胶。琼脂糖凝胶是最常用的分离介质,用作电泳和层析载体,分离生物大分子(核酸、蛋白、多糖等)。


琼脂糖凝胶的优点:
1、样品无需预处理,电泳操作简单,电泳速度快。
2、凝胶结构均匀,电泳图谱清晰,分辨率高,重复性好。
3、凝胶透明无紫外吸收,电泳结果可直接用紫外光灯下监测。
4、易染色,样品易洗脱,便于定量测定。制成干膜可长期保存。


琼脂糖凝胶的制备方法
1、根据电泳需要,配制电泳缓冲液。

2、准确称量的琼脂糖加入三角瓶,加入电泳液(1%琼脂糖凝胶,即为1g琼脂糖,加入100 ml 1×TAE)。总液体量不宜超过三角瓶的50%容积
3、微波炉高火加热至沸腾,保持30秒,戴上防热手套,小心摇动三角瓶,重悬未溶解颗粒,再次高火加热1-2分钟,直至琼脂糖完全溶解。
注:加热时如胶液剧烈沸腾发泡,停止加热。微波炉中加热时间不宜过长。
4、溶液冷却至60℃左右,可加入EB溶液(终浓度为0.5 ug/ml,其它核酸染料也可),并充分混匀。
5、将琼脂糖溶液倒入制胶模中,在适当位置插上梳子。凝胶厚度一般在3-5 mm之间。
6、室温下自然凝固(约30-60分钟),然后放置于电泳槽中进行电泳。
注: 凝胶不立即使用,用保鲜膜将凝胶包好后在4℃保存,可保存2-5天。


琼脂糖浓度与 DNA 分离范围


琼脂糖浓度(%)线状 DNA(kb)
0.325-5
0.620-1
0.710-0.8
0.97-0.5
1.26-0.4
1.54-0.2
2.03-0.1

常见问题及解决办法

微波炉溶解琼脂糖时,胶液剧烈沸腾冲溢出三角锥瓶怎么办?
1、总液体量不宜超过三角锥瓶的50%容量。
2、胶液浓度为2%以上的请设置中火加热。
3、胶液剧烈沸腾时,停止加热,戴上防热手套小心摇动三角瓶,然后再次加热至沸腾,直至琼脂糖完全溶解胶液清澈。


琼脂糖电泳图像背景模糊的原因及解决办法
琼脂糖没有完全溶解会造成电泳图像背景模糊不清。完全溶解的琼脂糖,三角瓶内壁应没有粘附琼脂糖颗粒。


DNA条带模糊,拖尾的原因及解决办法

1、DNA降解。样品应避免放置时间过长,避免核酸酶污染。

2、上样量过多。减少上样量。

3、电泳缓冲液失效。多次使用的电泳缓冲液,离子强度降低,pH值上升,缓冲能力减弱,影响电泳效果。建议更换电泳缓冲液。

4、电泳条件不合适。电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃,超长DNA链,温度应<15℃。

5、DNA含盐过高。电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

6、蛋白污染。电泳前抽提去除蛋白。

7、DNA变性。电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。


DNA条带淡弱或无条带的原因及解决办法

1、上样量不够。增加上样量。

2、DNA降解。避免DNA的核酸酶污染。

3、DNA跑出凝胶。缩短电泳时间,降低电压,增强凝胶浓度。

4、分子大小相近的DNA条带不易分辨。增加电泳时间,使用正确的凝胶浓度。

5、DNA 变性。电泳前请勿高温加热DNA链,用20mM NaCl Buffer 稀释DNA。

6、DNA链超长,常规凝胶电泳不合适。在脉冲凝胶电泳上分析。


DNA Marker条带扭曲的原因及解决办法

1、配制凝胶的缓冲液和电泳的缓冲液,不是同时配制的。使用同时配制的缓冲液,缓冲液高过凝胶1-2mm。

2、电泳时电压过高。可以在电泳前15分钟用较低电压(3V/cm),等条带出孔后,再调高电压。

3、尽量慢慢加样,等样品自然沉降后再加电压。




Coolaber琼脂糖(CAT:CA1341)的质检报告


外观

白色粉末

EEO

≤ 0.13

凝胶温度

36℃±1.5℃ (1.5% gel)

mp

88℃±1.5℃ (1.5% gel)

溶解性

无色清澈胶液

水分

≤10%

凝胶强度

≥1200 g/cm2 (1% gel)

硫化物(SO 42-

≤ 0.15%

灰分

≤ 0.5%

DNA酶& RNA酶

未检出

蛋白酶

未检出

核酸内切酶

未检出


关于低熔点琼脂糖
     低熔点琼脂糖即在多糖链上经过羟乙基、甲氧基等基团修饰后的琼脂糖。其能在30℃左右成胶,约65℃熔化,熔化温度低于大多数双链DNA解旋温度。利用低熔点琼脂糖的这种性质可以从凝胶中回收天然形式的DNA。该产品易于溶解,可以配制高至4%凝胶,胶液清澈,有着极高的分辨率。其所制凝胶具有更高的筛过特性,更透明,是理想的小片段DNA(小于1kb)和RNA电泳产品,适宜胶回收;也适合凝胶内酶促反应,组织培养,细胞的克隆和病毒空斑分析。



Coolaber低熔点琼脂糖(CAT:CA1351)的质检报告:


检测项目

检测结果

外观

白色粉末

EEO

≤ 0.10

凝胶温度

26℃ -30℃ (1.5% gel)

Mp

≤65℃ (1.5% gel)

溶解性

无色清澈胶液

水分

≤ 10%

凝胶强度

≥200g/cm2(1.0% gel)

硫化物(SO42-

≤ 0.10%

灰分

≤ 0.5%

DNA酶 & RNA酶

未检出

蛋白酶

未检出


关于高分辨率琼脂糖:
   PCR级高分辨率琼脂糖(High Resolution Agarose)对PCR 产物,小片段DNA具有极高的分辨率,适合1000bp以下DNA电泳,分辨能力约为DNA片段大小的2%。胶液更清澈,可以配制高至5%凝胶。高分辨率琼脂糖凝胶(2%-4%)与聚丙烯酰胺凝胶(4%-8%)的分辨率接近,适宜分离 20 bp - 800 bp DNA片段。适于STR分析,RT-PCR分析。





Coolaber高分辨率琼脂糖(CAT:CA1352)质检报告:

外观

白色粉末

EEO

≤ 0.10

凝胶温度

≤33℃ (1.5% gel)

mp

≤70℃ (1.5% gel)

溶解性

无色清澈胶液

水分

≤10%

凝胶强度

≥750 g/cm2 (1.5% gel)

硫化物(SO 42-

≤ 0.10%

灰分

≤ 0.5%

DNA酶& RNA酶

未检出

蛋白酶

未检出

核酸内切酶

未检出


    

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