想要牙齿健康？先照顾好口腔菌群~ | 热心肠日报

今天是第900期日报。

Nature Reviews：龋齿及牙周炎中的口腔菌群（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]

① 牙齿表面的菌群互作受到宿主饮食、唾液功能、氟暴露及口腔卫生等环境因素的影响；② 饮食中的蔗糖为产酸菌提供底物，降低牙齿生物膜中的pH值，并促进厌氧微环境的形成，最终导致龋齿发生；③ 牙龈卟啉单胞菌等关键致病菌在格氏链球菌等其它致病菌的帮助下在口腔中定殖，引起先天性免疫反应及宿主炎症；④ 炎症通过增加龈沟液流量促进口腔菌群的失调，导致正常菌群的定殖受到抑制，同时，菌群失调也进一步恶化了炎症，最终发展出牙周炎。

The oral microbiota: dynamic communities and host interactions

10-09  DOI: 10.1038/s41579-018-0089-x

赵建元+赵世民：高脂饮食如何诱发大肠癌？

Cell Reports[IF:8.032]

① 高脂喂养的小鼠和大鼠结肠中，甲硫氨酰tRNA合成酶（MARS）表达上调，促使赖氨酸同型半胱氨酸化（K-Hcy）水平升高，致DNA损伤积累；② 结直肠癌（CRC）患者体内K-Hcy水平升高，MARS基因拷贝数增多是CRC风险因素；③ MARS可与ATR等DNA损伤修复相关蛋白结合，并对后者进行K-Hcy修饰，削弱了ATR与其互作蛋白的结合，从而抑制ATR及其下游CHK-1和p53等效应因子活性，阻碍DNA损伤修复；④ 抑制MARS可阻断K-Hcy，逆转上述效应，抑制CRC细胞生长。

Colonic Lysine Homocysteinylation Induced by High-Fat Diet Suppresses DNA Damage Repair

10-09  DOI: 10.1016/j.celrep.2018.09.022

MSI状态影响具核梭杆菌与大肠癌免疫应答的关系

Cancer Immunology Research[IF:9.188]

① 1041例结直肠癌患者的肿瘤样本中，135例检出具核梭杆菌DNA；② 校正多种混杂因素后发现，不同微卫星不稳定（MSI）状态下，具核梭杆菌与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和肿瘤内腺周反应有不同的相关关系；③ MSI高的肿瘤中，该菌的存在与TIL和瘤内腺周反应呈负相关，而在MSI不高的肿瘤内，则为正相关；④ 与瘤周淋巴细胞反应、克罗恩样淋巴反应或T细胞密度的无显著差异性关联；⑤ 提示具核梭杆菌与MSI状态互作，决定抗肿瘤免疫应答。

Fusobacterium nucleatum in Colorectal Cancer Relates to Immune Response Differentially by Tumor Microsatellite Instability Status

09-18  DOI: 10.1158/2326-6066.CIR-18-0174

Nature子刊：菌群定植如何影响斑马鱼肠道免疫和基因表达

Nature Communications[IF:12.353]

① 对比无菌和有菌斑马鱼幼鱼，发现菌群定植影响肠道免疫细胞组成，使巨噬细胞减少、中性粒细胞增多，该现象依赖于Toll样受体（TLR）衔接蛋白Myd88；② 菌群定植引起幼鱼转录组发生非炎症性变化，涉及257个基因，大部分基因表达下调，包括Myd88及其下游因子，而表达上调的基因多与肠道免疫调节有关，这些变化主要由Myd88介导；③ 定植单一菌株也可引起相似的幼鱼转录组改变，包括65个核心基因；④ 菌群对Myd88基因表达的抑制作用依赖于TLR2。

Intestinal microbiome adjusts the innate immune setpoint during colonization through negative regulation of MyD88

10-05  DOI: 10.1038/s41467-018-06658-4

Cell子刊：塑造肠道菌群，巨噬细胞很重要

Cell Reports[IF:8.032]

① irf8是干扰素调节因子，其基因突变（irf8-/-）的成年斑马鱼中，肠道巨噬细胞大幅减少，肠道中常见共生菌群减少，而罕见的劳森氏菌过度增殖；② 菌群的变化与免疫通路基因的转录失调相关，包括补体C1q基因表达显著降低；③ 正常情况下肠道巨噬细胞高表达irf8，在irf8-/-斑马鱼中恢复肠道巨噬细胞的irf8达可恢复巨噬细胞数量，逆转菌群和C1q基因表达的缺陷；④ 依赖于irf8的肠道巨噬细胞亚群，对肠道中正常的菌群定植和免疫调节起重要作用。

Critical Role for a Subset of Intestinal Macrophages in Shaping Gut Microbiota in Adult Zebrafish

10-09  DOI: 10.1016/j.celrep.2018.09.025

Nature子刊：肠道病原菌调节氧化还原反应适应环境pH

Nature Microbiology[IF:14.174]

① 低氧生长条件下，霍乱弧菌可利用硝酸盐作为氧化磷酸化电子受体，并根据环境pH调节硝酸盐/亚硝酸盐的氧化还原过程，影响自身的适应性；② 碱性条件下，霍乱弧菌通过还原硝酸盐支持群体增殖；③ 酸性条件下，硝酸盐还原产生的亚硝酸盐不断积累，通过降低发酵酸的产生来限制群体增长、保持细胞活性；④ 鼠伤寒沙门氏菌、肠出血性大肠杆菌和鼠柠檬酸杆菌等其他细菌中，也发现了类似的pH依赖性氧化还原调节机制。

Anaerobic nitrate reduction divergently governs population expansion of the enteropathogen Vibrio cholerae

10-01  DOI: 10.1038/s41564-018-0253-0

在肠道菌群中发现自由基依赖性酶的新方法

Current Opinion in Chemical Biology[IF:7.572]

① 以甘氨酰基酶（GRE）为代表的自由基依赖型酶，是肠道低氧环境中催化菌群代谢活动的重要酶，发现和鉴定这类酶的难度大；② 组学和数据分析技术有助于发现新GRE；③ 借助已知功能基团基因序列、特定基因位点的基因组解读，可鉴定新GRE，如胆碱三甲胺裂合酶和丙二醇脱水酶；④ 通过功能基团相似性和丰度分析，可在宏基因组数据中定位新的GRE酶家族；⑤ 将活性成分分离技术与测序、蛋白质组技术相结合，有助于发现新的GRE，如4-羟基苯乙酸脱羧酶。

Discovering radical-dependent enzymes in the human gut microbiota

09-27  DOI: 10.1016/j.cbpa.2018.09.011

IMG/M 5.0：下一代的基因组数据库

Nucleic Acids Research[IF:11.561]

① IMG/M 5.0中将数据归为古菌、细菌、真核生物、质粒、病毒、基因组片段、宏基因组等不同子集；② 数据来源有美国能源部联合基因研究所（JGI）、外部贡献者和公共数据库（如NCBI）业已收录的内容；③ 所有数据经过标准注释流程后整合到数据仓库，通过Web界面提供了众多分析和可视化工具；④ 除了公开数据，IMG/M还允许用户存储私有数据，并通过专家评审系统共享这部分数据；⑤ 新版本具有更强大的搜索、统计和宏基因组分箱功能等。

IMG/M v.5.0: an integrated data management and comparative analysis system for microbial genomes and microbiomes

10-05  DOI: 10.1093/nar/gky901

感谢本期日报的创作者：沈志勋，花开，罗本，奇奇，梁婷，离离原上草，gaoch

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