大佬出品：易上手的菌群分析新工具，让新手不再发憷 | 热心肠日报
今天是第892期日报。
Nature子刊：菌群分析新手的可用工具
Nature Methods[IF:26.919]
① Qiita是一款开源、易用、快速的在线菌群对比分析平台；② 利用平台整合的QIIME2和GNPS等标准流程，可以分析自己的数据或结合数据库中的数据进行meta分析；③ Qiita对数据库收录采用严格的数据审核制，要求使用者上传最原始格式的数据，提供完整的研究及样品信息，确定数据分析时的参数，以保证能快速关联相似研究；④ Qiita能不断更新数据与注释结果，使之成为“活数据”；⑤ 截止目前，Qiita有来自世界各地超过46万份的样品、50TB的数据。
Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis
10-01 DOI: 10.1038/s41592-018-0141-9
Cell：又是单细胞水平！肠绒毛不同区域的细胞有不同功能
Cell[IF:31.398]
① 用激光捕获显微切割转录组测序，鉴定出小鼠肠绒毛不同区域的标志性基因，结合单个肠绒毛细胞的转录组数据，对单个肠细胞在绒毛轴上的定位进行空间重构；② 肠细胞功能沿绒毛轴存在多个分区，从绒毛底部向顶部移动的过程中，肠细胞经历一系列状态转变；③ 隐窝之上的绒毛底部是应答菌群的“抗微生物区”，之后肠细胞顺序性表达氨基酸、碳水化合物、多肽、脂肪的转运/吸收相关基因，绒毛顶端细胞表达以Cd73为特征的免疫调节基因。
Spatial Reconstruction of Single Enterocytes Uncovers Broad Zonation along the Intestinal Villus Axis
09-27 DOI: 10.1016/j.cell.2018.08.063
喂养方式及吸烟影响后代克罗恩病
American Journal of Gastroenterology[IF:10.231]
① 对来自队列研究的1119名儿童克罗恩病（CD）患者进行3年的随访；② 15%患者在3年内患有狭窄型（B2）或穿透型（B3）CD，35%和10.6%的患者分别进行了CD相关的住院和手术，74.5%患者为母乳喂养，31%患者暴露于吸烟环境（其中7%暴露于孕妇吸烟环境）；③ 在多变量分析中，母乳喂养与儿童CD疾病表型的复杂性（B2/B3型）呈负相关；④ 随访3年内，孕妇孕期吸烟与儿童CD住院风险增加相关；⑤ 怀孕或婴儿早期的环境暴露或可影响儿童CD的疾病表型和进程。
The Effect of Early-Life Environmental Exposures on Disease Phenotype and Clinical Course of Crohn’s Disease in Children
09-28 DOI: 10.1038/s41395-018-0239-9
高质量饮食有益心血管代谢健康
Clinical Nutrition[IF:5.496]
① 分析1493名成年人饮食质量（用终止高血压膳食疗法（DASH）分数评估）与心血管代谢性健康（使用脂肪、糖稳态、脂质代谢及炎症等生物标志物评估）之间的关系；② DASH高得分者有着较少的肥胖、促炎症、促血栓形成、促动脉粥样硬化和胰岛素抵抗等心血管代谢特征；③ 与DASH得分最低的1/4人群相比，得分最高的1/4人群患中心性肥胖和代谢综合征的可能性分别降低54%和48%；④ 在心血管疾病预防方面，遵循DASH饮食的潜在益处超出了已知的降压效果。
Relationship between dietary quality, determined by DASH score, and cardiometabolic health biomarkers: A cross-sectional analysis in adults
09-01 DOI: 10.1016/j.clnu.2018.08.028
中国药科大学：调节肠道菌群或有助于降血脂
European Journal of Nutrition[IF:4.423]
① 选取21项随机对照临床试验（1436名受试者），对用于调节肠道菌群的产品（包括益生菌、益生元、合生制剂等）对高脂血症的影响进行荟萃分析；② 与安慰剂相比，用于调节肠道菌群的产品对血清总胆固醇、LDL/HDL胆固醇的浓度有显著影响，而对甘油三酯浓度无显著性影响；③ 亚组分析显示，益生菌和长期干预对降低血脂水平有更好的效果；④ 用于调节肠道菌群的产品的持久性、安全性和副作用尚未确定，应进一步结合降脂药物的作用进行相关研究。
Effects of products designed to modulate the gut microbiota on hyperlipidaemia
09-20 DOI: 10.1007/s00394-018-1821-z
可用于改善腹部肥胖的益生菌
International Journal of Obesity[IF:5.151]
① 一项随机双盲对照试验中，受试者分别服用动物双歧杆菌乳亚种CECT 8145（Ba8145，42例）、热灭活Ba8145（44例）或安慰剂（40例），持续3个月；② Ba8145组腰围、腰围/身高比和锥削指数减小，体质指数下降，内脏脂肪面积减少；③ 热灭活Ba8145显著改善腹部肥胖指标、舒张压和胰岛素抵抗指数；④ 肠道菌群中AKK菌增加（尤其是活菌），可能是潜在机制；⑤ 腹部肥胖人群服用Ba8145，可改善脂肪标记物水平，女性效果更佳，可作为肥胖管理的补充策略。
Effects of daily consumption of the probiotic Bifidobacterium animalis subsp. lactis CECT 8145 on anthropometric adiposity biomarkers in abdominally obese subjects: a randomized controlled trial
09-27 DOI: 10.1038/s41366-018-0220-0
益生菌或能改善胰岛素抵抗肥胖儿童的炎症
European Journal of Nutrition[IF:4.423]
① 48名10-15岁胰岛素抵抗肥胖儿童，接受饮食建议并每天服用假小链双歧杆菌CECT 7765或安慰剂，共13周；② 饮食建议与体重变化有关，所有儿童体质指数均显著改善；③ 与对照组相比，益生菌组儿童中，循环高敏c-反应蛋白和单核细胞趋化蛋白-1降低，高密度脂蛋白胆固醇和网膜素-1升高；④ 肠道菌群中理研菌科成员（尤其别样杆菌属）比例增加；⑤ 摄入CECT 7765并结合饮食建议，能够改善肥胖和胰岛素抵抗儿童的炎症情况，并与特定细菌增加有关。
Bifidobacterium pseudocatenulatum CECT 7765 supplementation improves inflammatory status in insulin-resistant obese children
09-24 DOI: 10.1007/s00394-018-1828-5
浙江农林大学：枯草芽孢杆菌改善肉鸡的骨骼健康
Journal of Functional Foods[IF:3.47]
① 补充以枯草芽孢杆菌为基本成分的益生菌43天后，与对照组相比，肉鸡的骨矿化、壁厚、尺寸及胫骨和股骨的重量均有提升；② 益生菌饲养肉鸡第14天，血清钙水平提高；③ 喂食益生菌43天后，血清中I型骨胶原C-末端端肽（骨吸收指标）水平降低，中缝核中5羟色胺水平上升，下丘脑中去甲肾上腺素和多巴胺浓度降低；④ 肉鸡的饮食中添加益生菌可促进钙的肠吸收、降低骨吸收，改善骨骼性状。
Bacillus subtilis based probiotic improved bone mass and altered brain serotoninergic and dopaminergic systems in broiler chickens
09-22 DOI: 10.1016/j.jff.2018.09.017
感谢本期日报的创作者：米见对，小歪，this little piggy，吴芹，梁婷，MAY DAY
点击阅读过去10天的日报：
点击阅读原文，查看更多热心肠日报的内容