7月，最值得看的30篇肠道健康文献！

今天是第1180期日报。

一图读懂最新权威综述：益生菌和益生元（Nature子刊出品）

Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:23.57]

① 一些益生菌和益生元可通过调节肠道菌群及其功能，来防治肠道相关疾病；② 益生菌的作用方式：调节免疫功能、生成有机酸和抗微生物产物、与宿主及其菌群互作、改善肠道屏障、产生酶和具有系统性影响的小分子；③ 益生元是被宿主微生物选择性利用以促进健康的物质，发挥抵抗病原体、调节免疫、增加矿物质吸收、改善肠道功能、影响代谢和饱腹感等作用；④ 特定益生菌株和益生元的健康功效需经过充分验证，应在询证基础上由专业医务者指导使用。

Probiotics and prebiotics in intestinal health and disease: from biology to the clinic
07-11, doi: 10.1038/s41575-019-0173-3

【主编评语】随着肠道菌群研究的开展，对益生菌和益生元的研究也在不断深入。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期发表的综述，详细阐述了益生菌和益生元发挥促健康功效的生物学机制，并对该领域的转化研究进展和发展方向进行了探讨，值得关注。（@李丹宜）

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Science：促进肠道菌群成熟的辅食或可治疗营养不良儿童

Science[IF:41.037]

① 严重急性营养不良患儿接受标准治疗后转为持续中度急性营养不良（MAM），伴随持续的肠道菌群发育滞后（不成熟），血浆蛋白、代谢物、生理指标和年龄相关的肠道菌群成员间有显著关联；② 在人源化悉生动物中筛选旨在促进菌群成熟的辅食（MDCF）成分，并在定植MAM菌群的悉生动物模型中验证其功效；③ 在临床试验中，含鹰嘴豆粉、香蕉、大豆粉和花生粉的MDCF，明显改善了MAM患儿的菌群以及与生长、发育和免疫功能等相关的血浆蛋白质组标志物。

Effects of microbiota-directed foods in gnotobiotic animals and undernourished children
07-12, doi: 10.1126/science.aau4732

【主编评语】儿童营养不良导致生长迟缓和不成熟的肠道菌群，现有的治疗干预措施结果不尽如人意。最新一期《Science》背靠背发表了来自菌群领域大牛Jeffrey Gordon团队的两项研究，揭示了健康儿童肠道菌群的发育特征，以及营养不良儿童的菌群发育滞后及其与血液标志物的关联，以限菌动物为模型筛选出可促进菌群成熟的辅食成分，并在一项初步临床试验中显示出该策略治疗儿童营养不良的潜力。这两项研究为菌群导向的饮食干预提供了一个很好的范例，鉴定反映菌群发育程度的共变“生态群”的方法，也值得微生态领域的研究者参考借鉴。（@李丹宜）

Science：含15个共变细菌的菌群“框架”，可反映肠道菌群发育程度

Science[IF:41.037]

① 分析孟加拉健康婴儿1月龄至5岁的肠道菌群，鉴定出含15个共变OTU的“生态群”；② 对印度和秘鲁儿童的分析显示，该生态群是发育中的肠道菌群的一个保守的结构特征，其变化可反映肠道菌群的发育程度；③ 该生态群可区分不同程度的营养不良婴儿，并可衡量患儿治疗后的肠道菌群修复情况；④ 在定植了含该生态群细菌的限菌仔猪中，随着断奶并喂养孟加拉婴儿辅食，仔猪肠道菌群复现了健康婴儿同阶段的变化情况，并分析了菌群代谢通路的改变。

A sparse covarying unit that describes healthy and impaired human gut microbiota development
07-12, doi: 10.1126/science.aau4735

【主编评语】儿童营养不良导致生长迟缓和不成熟的肠道菌群，现有的治疗干预措施结果不尽如人意。最新一期《Science》背靠背发表了来自菌群领域大牛Jeffery Gordon团队的两项研究，揭示了健康儿童肠道菌群的发育特征，以及营养不良儿童的菌群发育滞后及其与血液标志物的关联，以限菌动物为模型筛选出可促进菌群成熟的辅食成分，并在一项初步临床试验中显示出该策略治疗儿童营养不良的潜力。这两项研究为菌群导向的饮食干预提供了一个很好的范例，鉴定反映菌群发育程度的共变“生态群”的方法，也值得微生态领域的研究者参考借鉴。（@李丹宜）

Science：胖还是不胖？宿主免疫塑造的肠道菌群有话说

Science[IF:41.037]

① 在T细胞中敲除Myd88的模型小鼠从中年开始迅速发胖，发展出代谢综合征；② 该现象由肠道菌群介导，主要特征为梭菌纲细菌减少、功能减弱，与脱硫弧菌属过度生长有关，长期补充梭菌可改善其肥胖表型；③ 这些小鼠存在滤泡辅助性T细胞应答缺陷，IgA抗体异常靶向梭菌纲细菌，也是导致菌群中梭菌减少的潜在原因；④ 梭菌纲与脱硫弧菌属细菌的分泌物，分别抑制和促进参与脂质吸收的受体CD36的表达，从而调节宿主的脂质吸收能力来影响肥胖。

T cell–mediated regulation of the microbiota protects against obesity
07-26, doi: 10.1126/science.aat9351

【主编评语】肠道菌群是代谢调控的重要因素，宿主免疫系统可通过IgA抗体等方式来塑造菌群。《Science》上发表的最新研究表明，滤泡辅助性T细胞应答缺陷可使小鼠的肠道菌群变得促肥胖，其中梭菌纲细菌的减少是关键，与脱硫弧菌属细菌过度生长和IgA抗体靶向异常有关。进一步研究显示，梭菌纲细菌可通过其分泌的物质来抑制脂质吸收相关基因的表达，而脱硫弧菌则有相反作用。这些发现阐释了宿主免疫-肠道菌群-代谢表型三者间的互作关系，揭示了抑制肥胖和促进肥胖的菌群成员及其生物学机制，表明调节脂质吸收的菌群产物或能用于治疗肥胖和代谢综合征。（@李丹宜）

Nature：渐冻症与肠道菌群有啥关系？

Nature[IF:43.07]

① 易感ALS（肌萎缩侧索硬化症）的模型小鼠在运动神经障碍出现前，已存在肠道菌群失调，抗生素处理可加剧病症；② 鉴定出11种细菌与ALS相关，给抗生素处理的模型小鼠进行单菌补充，可减轻（Akk菌）或恶化（迪氏副拟杆菌、扭链瘤胃球菌等）症状；③ 补充Akk菌使模型小鼠大脑中的烟酰胺（NAM）增加，持续系统性补充NAM可改善模型小鼠的运动症状、改变脊髓基因表达；④ ALS患者肠道菌群中，参与色氨酸和NAM代谢的基因减少，血液和脑脊液NAM降低。

Potential roles of gut microbiome and metabolites in modulating ALS in mice
07-22, doi: 10.1038/s41586-019-1443-5

【主编评语】以色列魏茨曼研究所的两位Eran又发《Nature》了，这次是关于肌萎缩侧索硬化症（即渐冻症，ALS）中肠道菌群及其相关代谢物的潜在作用。ALS是一种与遗传有关的神经退行性疾病，其临床进展可能受未知环境因素的影响。这项研究以易感ALS的SOD1-Tg小鼠为模型，鉴定出与动物房有关的肠道菌群失调特征，其中，Akk菌可能通过促进生成烟酰胺来改善症状。与此一致的，在ALS患者中也存在烟酰胺水平降低的现象。这些发现为后续更大规模的临床样本验证打下基础，并为防治ALS提供了新的微生态干预策略和潜在治疗靶点。（@李丹宜）

Nature子刊：补充Akk菌可改善胖人代谢，死菌效果好

Nature Medicine[IF:30.641]

① 一项随机双盲安慰剂对照试验，40名超重/肥胖的胰岛素抵抗者分为3组，2个干预组每天口服10^10的Akk菌活菌或死菌，持续3个月；② 安全性和耐受性良好，且未影响肠道菌群整体结构；③ 与安慰剂组相比，补充死菌显著降低了胰岛素水平、胰岛素抵抗和血浆总胆固醇，减少了白细胞计数和血液脂多糖，还略微降低了体重、脂肪量和臀围；④ 与干预前相比，补充死菌显著降低了肝脏疾病以及组织和肌肉损伤的血液标志物水平；⑤ 补充活菌的益处总体上不显著。

Supplementation with Akkermansia muciniphila in overweight and obese human volunteers: a proof-of-concept exploratory study
07-01, doi: 10.1038/s41591-019-0495-2

【主编评语】Akk菌（嗜黏蛋白阿克曼菌）的丰度与肥胖、2型糖尿病和高血压负相关，《Nature Medicine》最新发表了来自比利时鲁汶大学Patrice D Cani团队的Akk菌干预的首次临床试验结果。继该团队之前的动物研究，这项最新的人体研究同样表明，补充灭活的Akk菌可显著改善超重/肥胖的胰岛素抵抗者的多项代谢指标，且安全性良好，而补充Akk菌活菌则没有太明显的益处。这些发现为后续的大规模临床试验奠定了良好的基础，而死菌优于活菌背后的生物学机制也很值得深挖，或能为益生菌等干预研究带来新启示。（@李丹宜）

Nature子刊：粪菌移植和Akk菌延缓早衰小鼠衰老

Nature Medicine[IF:30.641]

① 两种早衰小鼠模型中，存在肠道菌群失调，如变形菌门和蓝细菌增加、疣微菌门（包括Akk菌）减少；② 在人类中，早衰患者也存在肠道失调，而百岁老人中潜在的有益（如Akk菌）和致病菌均增加；③ 移植野生型小鼠的粪菌，可改善早衰小鼠的健康并延长其寿命，Akk菌有关键作用，而给野生型小鼠移植早衰小鼠的粪菌则对代谢有影响；④ 恢复次级胆汁酸是粪菌移植改善早衰小鼠表型的潜在机制；⑤ 修正加速衰老相关的肠道失调，或有助于防治衰老相关疾病。

Healthspan and lifespan extension by fecal microbiota transplantation into progeroid mice
07-22, doi: 10.1038/s41591-019-0504-5

【主编评语】肠道菌群与衰老存在关联，《Nature Medicine》发表的一项最新研究，分析了两种早衰小鼠模型以及早衰患者和百岁老人的肠道菌群特征，并通过粪菌移植证实了肠道菌群失调在早衰小鼠衰老和过早死亡中的重要作用，这种缺陷可通过移植正常小鼠粪菌或补充Akk菌得到显著改善。这些发现对于揭示肠道菌群在衰老中的作用和机制，以及用靶向菌群的方法来防治衰老相关疾病，都很有参考意义。（@李丹宜）

Nature：肠道感染是帕金森的潜在诱因？

Nature[IF:43.07]

① 革兰氏阴性菌的脂多糖可触发宿主细胞的线粒体抗原呈递（MitAP）；② 感染肠道致病菌，可在Pink1敲除小鼠（而非野生型小鼠）中引发MitAP，诱导线粒体抗原特异性的自身免疫CD8+ T细胞，后者可在体外杀死神经细胞；③ 小鼠中，这些T细胞可进入大脑攻击多巴胺能神经元，使纹状体中多巴胺能轴突膨体的密度急剧下降，导致小鼠发生类似帕金森病的运动障碍，可用左旋多巴改善；④ 遗传易感个体中，肠道感染可通过引起自身免疫反应，促进帕金森发病。

Intestinal infection triggers Parkinson’s disease-like symptoms in Pink1−/− mice
07-17, doi: 10.1038/s41586-019-1405-y

【主编评语】帕金森病患者中，早期发病与PINK1激酶和PRKN泛素连接酶基因突变有关，但敲除这两个基因的小鼠却很健康，说明还有其它诱因存在。《Nature》发表的一项最新研究显示，Pink1敲除小鼠感染肠道致病菌后，可触发自身细胞的线粒体抗原呈递，从而诱导攻击大脑多巴胺能神经元的自身免疫T细胞，引起帕金森病样的运动障碍。这些结果提示，肠道感染或许是遗传易感个体发生帕金森病的重要诱因，可能是α-突触核蛋白以外的另一种帕金森病肠脑轴发病机制，为防治帕金森提供了一个新视角。（@李丹宜）

Cell子刊：帕金森病起源于肠道的新证据

Neuron[IF:14.403]

① 将致病性α-突触核蛋白注射于小鼠的十二指肠及幽门的肌层，可造成类似帕金森病（PD）的动作症状及非动作症状；② 通过分析α-突触核蛋白的129位丝氨酸磷酸化，可先后在迷走神经背侧运动核、后脑尾部、基底外侧杏仁核、中缝背核及黑质致密部发现致病性α-突触核蛋白，提示致病性α-突触核蛋白通过迷走神经完成从肠道到脑的传递；③ 在PD模型中，多巴胺神经元发生降解；④ 破坏迷走神经或缺失α-突触核蛋白，可抑制α-突触核蛋白的肠-脑传递。

Transneuronal Propagation of Pathologic α-Synuclein from the Gut to the Brain Models Parkinson’s Disease
06-26, doi: 10.1016/j.neuron.2019.05.035

【主编评语】α-突触核蛋白与帕金森病的发病机制密切相关。来自Neuron上发表的一项最新研究，发现在小鼠胃肠道中注射致病性α-突触核蛋白，α-突触核蛋白可通过迷走神经传递至脑部，并诱导产生类似帕金森病的症状，提示肠-脑轴在帕金森病发病中起到重要作用。（@沈志勋）

乔杰+姜长涛+庞艳莉：肠道菌群如何影响多囊卵巢综合征

Nature Medicine[IF:30.641]

① 多囊卵巢综合征（PCOS）患者肠道菌群中普通拟杆菌（BV）增多，与甘氨脱氧胆酸（GDCA）和牛磺熊去氧胆酸（TUDCA）水平降低相关；② 移植PCOS患者粪菌或定植BV，促进受体小鼠卵巢功能障碍、胰岛素抵抗、胆汁酸代谢改变、白介素（IL）-22分泌减少和不孕；③ GDCA和TUDCA通过增加GATA3表达诱导肠道3型天然淋巴细胞分泌IL-22；④ IL-22可能促进脂肪褐化、抑制卵巢颗粒细胞炎症，从而改善PCOS胰岛素抵抗和卵巢功能障碍；⑤ PCOS患者中IL-22水平降低。

Gut microbiota–bile acid–interleukin-22 axis orchestrates polycystic ovary syndrome
07-22, doi: 10.1038/s41591-019-0509-0

【主编评语】多囊卵巢综合征（PCOS）以雄激素过多、排卵机能障碍和多囊卵巢为特征，常伴有胰岛素抵抗，具体发病机制仍不清晰。北京大学第三医院乔杰、姜长涛和庞艳莉与团队的最新研究，揭示了肠道菌群以及相关的胆汁酸代谢物，对PCOS相关的卵巢功能障碍和胰岛素抵抗的影响，表明调节肠道菌群、改变胆汁酸代谢和/或提高IL-22水平，或能用于防治PCOS。相关成果在《Nature Medicine》发表，值得专业人士关注。（@李丹宜）

武汉大学张先正：巧用噬菌体，一石三鸟治疗大肠癌！

Nature Biomedical Engineering[IF:17.135]

① 结直肠癌（CRC）患者粪便中具核梭杆菌（Fn）增多、丁酸梭菌等（Cb）产丁酸菌减少，Fn富集于肿瘤处；② Fn经TLR4-Myd88通路诱导CRC细胞自噬来抵抗化疗，而Cb分泌的丁酸可抑制CRC细胞；③ 将从人唾液中分离出的Fn特异性噬菌体，与装载了CRC化疗药物的右旋糖酐纳米颗粒相连，组成噬菌体引导的纳米药物，在仔猪中安全性良好；④ 这种药物在CRC肿瘤处富集，显著延长CRC小鼠生存期、减少Apc小鼠的肠道腺瘤，并减少Fn、增加Cb和结肠丁酸水平。

Phage-guided modulation of the gut microbiota of mouse models of colorectal cancer augments their responses to chemotherapy
07-22, doi: 10.1038/s41551-019-0423-2

【主编评语】肠道菌群与结直肠癌（CRC）的进展和治疗效果存在很强的关联，不少证据表明，具核梭杆菌有促癌作用，可在结直肠癌肿瘤处富集。武汉大学张先正与团队本周在《Nature Biomedical Engineering》发表了一项很“酷”的研究，巧妙的构建了噬菌体“制导”的纳米药物，用来治疗CRC可谓是“一石三鸟”。一方面，通过噬菌体引导，瞄准具核梭杆菌富集的肿瘤组织，可实现靶向给药，进而增强化疗药物疗效、减少药物对正常组织的误伤；其次，用噬菌体特异性地清除具核梭杆菌，可减少CRC肿瘤对化疗药物的抗性；另外，给药系统中含有能促进产丁酸菌生长的右旋糖酐，可增加肠道中能杀伤CRC细胞的丁酸。在体外和小鼠实验中，与仅进行化疗相比，这种噬菌体“制导”且能调节肠道菌群的纳米药物，显著延长了CRC小鼠的生存期，并减少了易发肠道腺瘤的Apc小鼠的腺瘤数量，在仔猪中也展现了良好的安全性，且易于保存。期待开展临床试验来检验这种药物在CRC患者中的效果，这种用噬菌体引导的靶向给药策略或许也能应用于其它疾病。（@李丹宜）

刘良+贾慧珏等：干酪乳杆菌可改善大鼠关节炎

Microbiome[IF:10.465]

① 关节炎模型（AIA）大鼠中，从疾病诱导前开始口服干酪乳杆菌ATCC334，可显著改善症状，抑制关节肿胀、降低关节炎严重性评分，具有骨保护作用；② 这些大鼠失调的肠道菌群也得到改善，AIA中丰度减少的乳杆菌（罗伊氏乳杆菌、阴道乳杆菌等）恢复至正常水平、嗜酸乳杆菌丰度上升；③ 干酪乳杆菌治疗的AIA大鼠中，血液中多种促炎细胞因子表达降低，与肠道菌群中特定菌种的变化相关；④ 干酪乳杆菌的疗效与氧化应激的氧化还原平衡维持有关。

A single bacterium restores the microbiome dysbiosis to protect bones from destruction in a rat model of rheumatoid arthritis
07-18, doi: 10.1186/s40168-019-0719-1

【主编评语】《Microbiome》发表了来自澳门科技大学刘良和华大基因贾慧珏与团队的最新研究，在关节炎大鼠模型中揭示了干酪乳杆菌促进肠道菌群恢复从而改善疾病症状的作用，表明这种益生菌或能用于防治类风湿性关节炎。（@李丹宜）

三大营养物质如何被肠道菌群代谢（综述）

Microbiome[IF:10.465]

① 人类自身不能完全消化的饮食中的碳水化合物、蛋白质和脂肪会作为微生物的底物，产生发酵副产品影响宿主健康；② 丙酮酸经肠道菌群产生短链脂肪酸（SCFA）和醇被宿主利用供能；③ 氨基酸经肠道菌群发酵产生SCFA、支链脂肪酸和可能对健康有害的胺、酚类/吲哚和含硫化合物；④ 脂质的分解代谢、CO2与H2代谢、粘蛋白与胆汁酸等内源性物质也受到肠道菌群影响；⑤ 目前研究主要关注来自复合碳水化合物的SCFA，而蛋白质和脂肪的降解研究相对较少。

Macronutrient metabolism by the human gut microbiome: major fermentation by-products and their impact on host health
06-13, doi: 10.1186/s40168-019-0704-8

【主编评语】肠道菌群具有强大的代谢能力，其种类繁多的代谢产物对人体健康有复杂的影响。Microbiome近期发表的一篇重要综述，详细总结了肠道菌群如何代谢三大营养物质（碳水化合物、蛋白质和脂肪），及其代谢物对宿主健康的作用。由于信息量庞大，此处仅做简单导读，有兴趣的读者不妨仔细阅读原文，必有收获。（@李丹宜）

Cell子刊：高脂饮食如何影响肠道菌群结构

Cell Host and Microbe[IF:15.753]

① 通过一种无偏倚的个体水平的荟萃分析框架，对27项动物和人的饮食与菌群研究的测序数据进行再分析；② 高脂饮食（HFD）对肠道菌群结构的影响具有可重复性，如增加厚壁菌门/拟杆菌门比值，改变特定细菌类群的丰度；③ 其中乳球菌信号的增加是常见的HFD饲料污染造成的；④ HFD影响的3个主要类群为毛螺菌科、瘤胃球菌科和S24-7菌科；⑤ 构建4种机器学习模型，可从小鼠菌群变化判断高脂饮食摄入，根据菌群系统发生和功能信息的模型可转化用于人体。

Meta-Analysis Reveals Reproducible Gut Microbiome Alterations in Response to a High-Fat Diet
07-16, doi: 10.1016/j.chom.2019.06.013

【主编评语】饮食可影响肠道菌群，但由于不同研究之间在实验设计和分析方面存在差异，很难从不同研究中提取共性信息评估某种饮食对菌群的影响。《Cell Host and Microbe》发表的一项最新研究，对此前发表的关于高脂饮食对肠道菌群影响的研究进行荟萃分析，鉴定出不同研究间的可重复性结果，揭示出高脂饮食导致的乳球菌属富集，其实是源于饲料中的细菌DNA污染。这些发现对于研究饮食-菌群互作，以及微生物组研究的荟萃分析，都具有参考意义。（@李丹宜）

高脂饮食如何破坏肠道屏障（综述）

Advances in Nutrition[IF:7.24]

① 肠道屏障系统由粘液层、肠道上皮细胞（IEC）、紧密连接（TJ）、免疫细胞和肠道菌群构成；② 摄入过量脂肪会增加肠道通透性，影响TJ的表达和分布，使胆汁酸向破坏性疏水性转换，诱导IEC氧化应激和凋亡；③ 高脂饮食（HFD）可刺激促炎信号级联反应，增加破坏屏障的细胞因子（TNFα、IL1B、IL6和IFNγ），减少形成屏障的细胞因子（IL10、IL17和IL22），从而增强肠道通透性；④ HFD对肠黏膜组成有负调节作用，并使菌群中破坏屏障的种属增多。

Negative Effects of a High-Fat Diet on Intestinal Permeability: A Review
07-03, doi: 10.1093/advances/nmz061

【主编评语】《Advances in Nutrition》近期发表综述，详述了过量膳食脂肪对肠道屏障的破坏作用及其生物学机制，对理解与肠道屏障失调相关的疾病（如炎症性肠病等）以及膳食成分与肠道菌群和宿主的互作，很有参考意义。（@李丹宜）

粪菌移植治疗肠道菌群相关疾病（综述）

Gastroenterology[IF:19.233]

① 粪菌移植（FMT）成功治疗抗生素无效的复发性艰难梭菌感染；② 其他胃肠道疾病如IBD、IBS等，FMT似乎对某些患者有益；③ FMT或能治疗多发性硬化、帕金森病、自闭症等中枢神经系统疾病；④ 肠道菌群可影响肠道、肝脏和胰腺肿瘤/癌的发生，FMT或可改善结直肠癌和癌症治疗效果；⑤ 肠道菌群变化与代谢综合征、2型糖尿病等有关，FMT能改善患者胰岛素敏感性；⑥ FMT可能通过特定微生物或其活性产物来调整肠道菌群治疗疾病，还需探明作用机制，完善疗法。

Fecal Microbial Transplantation For Diseases Beyond Recurrent Clostridium Difficile Infection
06-17, doi: 10.1053/j.gastro.2019.04.053

【主编评语】《Gastroenterology》近期发表的一篇关于粪菌移植的综述，探讨了用粪菌移植调节肠道菌群治疗疾病的潜力，以及相关基础研究和初步临床研究的结果证据，干货很多，此处仅做概述导读，有兴趣的读者不妨去原文深挖。（@李丹宜）

Cell子刊：短链脂肪酸增强活化CD8+ T细胞的记忆潜能

Immunity[IF:21.522]

① 将抗原活化后的CD8+ T细胞过继转移至无菌小鼠体内，无法分化为长寿命的记忆性CD8+ T细胞，且其氧化磷酸化途径中的关键基因表达降低；② 菌群产生的短链脂肪酸——丁酸盐可通过作用于GPR41及GPR43，促进活化CD8+ T细胞的代谢，增强其记忆潜能，缺失GPR41及GPR43的记忆性CD8+ T细胞的recall应答受损；③ 机制上，丁酸盐抑制了活化CD8+ T细胞通过糖酵解进入三羧酸循环，并促进活化CD8+ T细胞对脂肪酸的摄取及氧化。

Microbiota-Derived Short-Chain Fatty Acids Promote the Memory Potential of Antigen-Activated CD8+ T Cells
07-01, doi: 10.1016/j.immuni.2019.06.002

【主编评语】来自Immunity上发表的一项最新研究，发现在无菌小鼠中，抗原活化后的CD8+ T细胞无法分化成为记忆性T细胞，而菌群产生的短链脂肪酸通过调节活化CD8+ T细胞的代谢，增强其记忆潜能。（@沈志勋）

Cell子刊：肠道中两种功能不同的Th17细胞

Immunity[IF:21.522]

① Th17细胞在许多炎症性疾病中起到致病作用，但也可以非炎症性方式维持肠道屏障完整性；② 鼠柠檬酸杆菌诱导产生的Th17细胞是炎症性的，而分节丝状菌（SFB）诱导产生的组织驻留Th17细胞是非炎症性的；③ SFB Th17细胞起到稳态维持作用，在刺激下不分泌IFN-γ，且无法清除鼠柠檬酸杆菌感染；④ SFB Th17细胞与静息态下的记忆T细胞在代谢上是相似的，而鼠柠檬酸杆菌Th17细胞则与炎症性效应细胞相似，倾向于利用有氧糖酵解进行代谢。

The Intestine Harbors Functionally Distinct Homeostatic Tissue-Resident and Inflammatory Th17 Cells
06-19, doi: 10.1016/j.immuni.2019.05.004

【主编评语】Th17细胞可能以非炎症性方式维持肠道屏障功能，但这些稳态性Th17细胞与炎症性Th17细胞的差异尚未明确。Immunity上发表的一项最新研究发现，与致病菌诱导产生的炎症性Th17细胞不同，共生细菌诱导产生的Th17细胞有维持肠道免疫稳态的功能，并有着不同的代谢特征。（@沈志勋）

Nature Reviews：IBD中的菌群因素（综述）

Nature Reviews Microbiology[IF:34.648]

① IBD患者的肠道菌群多样性降低，肠道硝化应激及氧化应激的增强导致兼性厌氧菌增加；② 多项研究鉴定出许多与IBD相关的肠道细菌物种，但不同研究的结果并不一致；③ 放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门及变形菌门中的一些特定菌种在不止一项研究中被发现与IBD相关；④ 菌群可能通过其代谢产物在IBD中起到免疫调节作用，包括短链脂肪酸、吲哚衍生物、次级胆汁酸、琥珀酸盐、鞘脂类等；⑤ 一些研究发现肠道真菌及病毒也在IBD的发生发展中起到重要作用。

Microbial genes and pathways in inflammatory bowel disease
06-27, doi: 10.1038/s41579-019-0213-6

【主编评语】Nature Reviews Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了菌群（包括细菌、真菌、病毒）在IBD的发生发展中起到的调节作用及调节机制，并讨论了靶向菌群以治疗IBD的潜在可能。（@沈志勋）

过敏儿童的早期肠道菌群缺乏丁酸发酵功能

Journal of Allergy and Clinical Immunology[IF:14.11]

① 纳入105名儿童，根据1和3岁时的变应性致敏情况分为过敏组（A）和对照组，分析3月龄和1岁时的粪便菌群代谢潜能；② 两组的菌群多样性和整体组成无明显差异，但一些产丁酸和降解母乳寡糖（HMO）的细菌在A组3月龄菌群中丰度较低；③ A组中，3月龄菌群中产丁酸及降解HMO的碳水化合物活性酶（CAZyme）的基因丰度低，1岁菌群中降解抗性淀粉的CAZyme基因丰度低；④ 发展出过敏的儿童，其早期菌群缺乏编码分解碳水化合物和产丁酸的关键酶基因。

Reduced genetic potential for butyrate fermentation in the gut microbiome of infants who develop allergic sensitization
07-03, doi: 10.1016/j.jaci.2019.06.029

【主编评语】过敏性疾病是儿童最常见的慢性健康问题，与早期肠道菌群失调有关，有研究显示，菌群产生的丁酸可促进免疫耐受。《Journal of Allergy and Clinical Immunology》近期发表的一项巢式病例对照研究，用宏基因组学方法分析了过敏儿童在生命早期的肠道菌群代谢潜能，表明在发展出过敏之前，这些儿童的菌群就有丁酸发酵能力不足的问题，提示产丁酸功能或可作为鉴定易过敏儿童的早期菌群标志物，此外早期菌群代谢物干预（比如补充丁酸）或许是减少儿童过敏的防治策略。（@李丹宜）

胆汁酸在黏膜免疫中的调节作用（综述）

Mucosal Immunology[IF:7.352]

① 肝细胞通过代谢胆固醇产生初级胆汁酸；② 多数胆汁酸于餐后进入小肠，并在末端回肠被重吸收，再循环进入肝脏；③ 回肠中，较高的初级胆汁酸浓度抑制了细菌生长，积累于粘膜处的胆汁酸可通过活化树突细胞与巨噬细胞的法尼醇X受体（FXR），以抑制TLR4依赖性炎症因子表达及NLRP3炎症小体活化；④ 少数胆汁酸进入结肠，低浓度的胆汁酸促进细菌定殖并被代谢为次级胆汁酸，通过活化上皮细胞的孕烷X受体（PXR），以抑制TLR4依赖性炎症因子产生。

Emerging roles of bile acids in mucosal immunity and inflammation
04-05, doi: 10.1038/s41385-019-0162-4

【主编评语】胆汁酸循环于肝脏与回肠之间，可促进膳食脂质的吸收。Mucosal Immunology上发表的一篇综述文章，详细介绍了胆汁酸在消化之外的其它功能，包括与宿主受体及菌群互作，以调节多种代谢及炎症通路。（@沈志勋）

QIIME 2: 全新微生物组分析平台在Nature Biotechnology正式发表

Nature Biotechnology[IF:31.864]

① 发表于2010年的QIIME是基于Python2开发的微生物组领域高引分析流程，但在可重复、大数据方面无法满足当今需求；② 为解决以上问题，由QIIME一作Gregory Caporaso发起的QIIIME2基于Python3编写了可重复、可扩展的全新微生物分析平台，79家单位112人参与；③ 目前平台支持扩增子、宏基因组和代谢组数据分析，未来将支持宏转录组、蛋白组；④ 平台分析过程可追溯、图表可交互、结果查看和分享方便，满足未来可重复分析和多人合作的要求。

Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science using QIIME 2
07-24, doi: 10.1038/s41587-019-0209-9

【主编评语】引用1.5万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。（@刘永鑫）

香港大学：幽门螺杆菌根除治疗后，2型糖尿病与胃癌风险增加相关

Diabetes Care[IF:15.27]

① 纳入46460例接受过以克拉霉素为基础的治疗幽门螺杆菌（HP）感染三联疗法的患者，中位随访7.1年；② 统计分析表明，153例发展成胃癌（GC），其中6900例2型糖尿病患者中有36例诊断为GC；③ 在接受单疗程HP治疗和需要再治疗的患者中，2型糖尿病与GC风险增加相关；④ 亚组分析表明，2型糖尿病与GC风险增加的关联仅在贲门癌、血糖控制不佳或未使用二甲双胍的患者中存在。

Diabetes Mellitus Increases Risk of Gastric Cancer After Eradication: A Territory-wide Study With Propensity Score Analysis
07-11, doi: 10.2337/dc19-0437

【主编评语】Diabetes Care上发表的一项来自香港大学Wai K Leung与团队的队列分析结果，在近5万名接受过幽门螺杆菌根除治疗的患者中，2型糖尿病与胃癌风险增加显著相关。（@沈志勋）

BMJ：2型糖尿病与哪些饮食因素有关？

British Medical Journal[IF:27.604]

① 纳入53项基于前瞻性观察研究的荟萃分析，对多种饮食因素与2型糖尿病（T2D）的关联进行伞状回顾分析；② 全谷和谷类纤维的摄入量分别增加30克/天和10克/天，则T2D风险分别降低13%和25%；③ 与不饮酒相比，适度酒精摄入（每天12-24克）与T2D风险降低24%相关；④ 增加100克/天的红肉、50克/天的加工肉、2片/天的培根、1份/天的含糖饮料，则T2D风险分别显著上升17%、37%、107%、26%；⑤ 上述关联性的证据质量高。

Role of diet in type 2 diabetes incidence: umbrella review of meta-analyses of prospective observational studies
07-03, doi: 10.1136/bmj.l2368

【主编评语】关于2型糖尿病（T2D）的饮食风险因素，已有不少前瞻性研究和荟萃分析。《BMJ》最新发表的一项伞状回顾（umbrella review）研究，纳入了53项荟萃分析研究，对涉及的153个相关性因素进行综合分析后发现，全谷和谷类纤维摄入量以及适度饮酒，与T2D发病率降低显著相关，而红肉、加工肉和培根以及含糖饮料，与T2D风险上升显著相关，另外还有大量饮食因素与T2D的关联性需要更多高质量证据来检验。这些发现对于T2D的预防和管理很有参考价值。（@李丹宜）

JAMA子刊：30万人数据表明，多吃健康素食有助于降低糖尿病风险

JAMA Internal Medicine[IF:20.768]

① 纳入9项前瞻性队列研究，共307099名受试者（含23544例2型糖尿病），进行荟萃分析；② 植物性膳食模式依从性与2型糖尿病风险呈显著负相关，这种相关性不受地域、膳食分类方式（膳食模式或膳食指数）、年龄和性别影响；③ 仅对采用了健康植物性膳食指数（而非总植物性膳食指数）的4项队列研究进行荟萃分析，发现上述负相关性进一步增强；④ 剂量-反应荟萃分析显示，植物性膳食指数与2型糖尿病风险存在显著线性负相关关联。

Association Between Plant-Based Dietary Patterns and Risk of Type 2 Diabetes: A Systematic Review and Meta-analysis
07-22, doi: 10.1001/jamainternmed.2019.2195

【主编评语】JAMA Internal Medicine本周发表的一项荟萃分析研究，对30多万人随访2-28年的数据分析显示，素食（植物性膳食模式）吃得越多，2型糖尿病风险越低，特别是水果、蔬菜、全谷、豆类和坚果等健康的植物性食物。（@李丹宜）

BMJ：喝含糖饮料或增加癌症风险

British Medical Journal[IF:27.604]

① 纳入法国NutriNet-Santé队列中10.1万人进行前瞻性研究，中位随访5.1年，评估喝含糖饮料（包括果汁）和人工甜味剂饮料与癌症风险的关联；② 含糖饮料与癌症总体风险和乳腺癌风险的上升显著相关，纯果汁与癌症总体风险的上升显著相关，二者与结直肠癌和前列腺癌风险无显著关联；③ 甜味剂饮料与癌症风险无显著关联；④ 含糖饮料或是可预防的癌症风险因素，需在其他大型前瞻性队列中验证相关发现。

Sugary drink consumption and risk of cancer: results from NutriNet-Santé prospective cohort
07-10, doi: 10.1136/bmj.l2408

【主编评语】《British Medical Journal》发表的一项来自法国前瞻性队列研究，对超过10万人的5年随访显示，喝含糖饮料（包括纯果汁）与癌症总风险和乳腺癌风险的上升显著相关。如果进一步研究能确认二者间的因果性，那么少喝或不喝含糖饮料，或将成为降低癌症风险的有效方法。（@李丹宜）

Lancet子刊：坚持只吃九成饱，有效改善代谢健康

The Lancet Diabetes and Endocrinology[IF:24.54]

① 218名健康非肥胖年轻和中年人（21-50岁）随机分为2组，进行轻度热量限制或正常饮食（对照），持续2年，两组的平均热量摄入分别平均减少11.9%和0.8%；② 热量限制组体重平均持续减少7.5kg（其中71%是脂肪），对照组则增加0.1kg；③ 热量限制显著持续降低了心血管代谢风险因素水平，包括LDL-C、总胆固醇/HDL-C比值、收缩压和舒张压等；④ 与对照组相比，热量限制还显著改善了C反应蛋白（炎症标志物）水平、胰岛素敏感性和代谢综合征分数。

2 years of calorie restriction and cardiometabolic risk (CALERIE): exploratory outcomes of a multicentre, phase 2, randomised controlled trial
07-11, doi: 10.1016/S2213-8587(19)30151-2

【主编评语】适当的热量限制在很多动物模型中都能有效改善代谢，甚至延长寿命。短期人体试验中，热量限制也有改善心血管代谢的作用，但其中长期效果尚不明确。《The Lancet Diabetes and Endocrinology》发表了美国一项2期多中心随机对照试验CALERIE的最新结果，首次在中青年健康人群中检测了轻度热量限制的中期效果，表明持续2年的九成饱饮食，显著减少了受试者的体重和脂肪量，改善了心血管代谢。要减少心血管、肥胖和糖尿病等慢性代谢疾病的风险，坚持少吃一点或许是简单有效的方法。（@李丹宜）

JAMA子刊：警惕体重正常的腹部肥胖

JAMA Network Open[IF:N/A]

① 纳入>15.6万名绝经后女性，从1993年随访至2017年，分析体重正常的腹部肥胖（腰围超过88cm）与全因和特因死亡率的关联；② 与腰围和体重都正常相比，全因死亡风险在体重正常但腰围大的女性中升高31%，在超重且腰围大的女性中升高16%，在肥胖且腰围大的女性中升高30%；③ 腰围正常的超重和肥胖女性，全因死亡风险反而略有降低；④ 体重正常但腰围大的女性，心血管疾病死亡风险上升25%，癌症死亡风险上升20%；⑤ 体重正常者需预防腹部肥胖。

Association of Normal-Weight Central Obesity With All-Cause and Cause-Specific Mortality Among Postmenopausal Women
07-24, doi: 10.1001/jamanetworkopen.2019.7337

【主编评语】向心性肥胖（腹部肥胖）以腰围大为特征，《JAMA Network Open》发表的一项最新研究，对美国“女性健康倡议”队列研究中15万多名女性进行长期随访，发现体重正常的向心性肥胖者，在20多年的随访期间有更高的全因、心血管疾病和癌症死亡风险，提示体重正常的人应注意预防腹部肥胖。（@李丹宜）

Lancet：个性化营养支持有益于住院患者

Lancet[IF:59.102]

① 纳入2088名营养风险较高且住院4天以上的住院患者，1050名为干预组（进行基于蛋白质与热量的营养干预），1038名为对照组（标准医院餐食）；② 干预30天后，干预组中的79%达到热量设定目标，76%达到蛋白质设定目标；③ 干预组中232名（23%）患者发展出不良临床结果，显著低于对照组中的272名（27%）；④ 干预组中73名（7%）患者死亡，显著低于对照组中的100名（10%）；⑤ 两组间在因营养干预造成的副作用上无显著差异。

Individualised nutritional support in medical inpatients at nutritional risk: a randomised clinical trial
04-25, doi: 10.1016/S0140-6736(18)32776-4

【主编评语】来自Lancet上发表的一项RCT结果，在超过2000名住院患者中，发现个性化营养干预可显著改善患者的重要临床结果并降低死亡率。（@沈志勋）

JAMA子刊：医疗不可无营养（观点）

JAMA Internal Medicine[IF:20.768]

① 饮食与糖尿病、心血管疾病、肥胖、高血压、脂代谢紊乱、癌症等疾病的发病密切相关；② 合理调整饮食可减少肌肉和肝脏细胞内脂质堆积，减轻胰岛素抵抗，降低血糖，改善糖尿病症状，减少并发症；③ 以往饮食干预在疾病诊治中的作用多被忽视，医疗工作者很少与患者讨论营养相关问题，也缺少相关知识和实践；④ 政府应制定恰当的食品政策，医生需接受必要的营养学培训并付之行动，与注册营养师密切合作，并在电子病历服务中包含营养相关内容。

Ignorance of Nutrition Is No Longer Defensible
07-01, doi: 10.1001/jamainternmed.2019.2273

【主编评语】《JAMA Internal Medicine》近期发表的一篇观点短文，作者认为在目前的医疗体系中，营养学和相关干预的作用仍被忽视，很多临床研究的结果并没有转化到临床应用上造福患者，并提出需对医疗工作者加强营养学方面的培训等5点建议，值得参考。（@李丹宜）

感谢本期日报的创作者：李丹宜，沈志勋，Echo，赵文芝，方芳，this little piggy，刘永鑫，吴芹，flying dutchman

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