高分子刊2文聚焦：肠菌酶如何助力抗肠炎？ | 热心肠日报
今天是第2558期日报。
Cell子刊：Akk分泌丝苏氨酸tRNA合成酶助攻宿主免疫稳态
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 肠道相关细菌Akk菌可分泌苏氨酸tRNA合成酶(AmTARS)，并发挥监测和调节免疫稳态的作用；② 分泌的AmTARS触发M2巨噬细胞极化，并通过其进化获得的结构域与TLR2特异性结合，协调抗炎IL-10的产生；③ 这种相互作用激活MAPK和PI3K/AKT信号通路，并汇聚到CREB，导致产生IL-10和抑制核心炎症介质NF-κB；④ AmTARS可恢复IL-10阳性巨噬细胞，提高血清中IL-10水平，并减轻结肠炎小鼠结肠炎。
Secreted Akkermansia muciniphila threonyl-tRNA synthetase functions to monitor and modulate immune homeostasis
06-02, doi: 10.1016/j.chom.2023.05.007
【主编评语】肠道菌群影响与多种代谢和炎症性疾病相关的宿主生理学，生物体都会产生氨酰-tRNA合成酶 (ARS)，且目前对ARS非翻译作用的研究主要集中在真核生物上，而共生菌ARS在调节宿主稳态中的作用尚不清楚。近日，发表在Cell Host and Microbe上的这篇文章，发现分泌的阿克曼菌粘蛋白丝苏氨酸tRNA合成酶具有监测和调节免疫稳态的功能。（@圆圈儿）
周宏伟等Nature子刊：益生菌分泌的一种酶帮助雌鼠抗结肠炎
Nature Communications[IF:17.694]
① 鉴定出一种未表征的分泌蛋白（LPH），为大多数益生菌菌株（8/10）共有，且在多种结肠炎模型中可保护雌鼠免受结肠炎侵害；② 功能研究表明，LPH为双功能肽聚糖水解酶，具有N-乙酰-β-D-胞壁质酶和DL-内肽酶活性，可产生胞壁酰二肽（MDP，一种NOD2配体）；③ 通过LPH的不同活性（DL-内肽酶和N-乙酰-β-D-胞壁质酶）位点突变体与NOD2敲除雌鼠组合，证实LPH通过MDP-NOD2信号传导发挥抗结肠炎作用；④ LPH对雌鼠结肠炎相关结直肠癌具有保护作用。
A probiotic bi-functional peptidoglycan hydrolase sheds NOD2 ligands to regulate gut homeostasis in female mice
06-07, doi: 10.1038/s41467-023-38950-3
【主编评语】分泌蛋白是微生物群影响宿主的直接分子机制之一，因此构成了药物发现的一个有前途的领域。近日，南方医科大学何肖龙、孙凯、周宏伟及团队在Nature Communications发表研究，基于生信指导建立了益生菌分泌组的筛选，鉴定出一种未表征的分泌蛋白，该蛋白由大多数益生菌菌株共享，多项试验证明它可以在多个模型中保护雌性小鼠免受结肠炎，值得关注。（@九卿臣）
肠道微生物信号对单核细胞的调节作用（综述）
Trends in Microbiology[IF:18.23]
① 单核细胞是感知环境变化的先天免疫细胞，在血液和组织中有不同的发育模式和命运；② 肠道微生物信号可调节单核细胞稳态，影响其产生、存活及分化为巨噬细胞、树突状细胞和非经典单核细胞；③ 特定的微生物信号可塑造单核细胞的功能，如吞噬作用、抗原呈递、细胞因子产生、抗菌能力和运输，从而产生多效性、局部或全身效应；④ 微生物信号对结肠炎、癌症和中枢神经系统疾病中单核细胞的调节，可支持其作为单核细胞生物学调节剂的治疗潜力。
Monocyte regulation by gut microbial signals
06-02, doi: 10.1016/j.tim.2023.05.006
【主编评语】单核细胞是感知环境变化并参与自身免疫、神经、心血管、代谢疾病以及癌症的免疫调节的先天免疫细胞。新近研究表明，肠道微生物组通过肠外部位的微生物信号塑造单核细胞的生物学特性。在慢性疾病中，微生物信号和单核细胞之间的交流可以促进或抑制疾病进程，Trends in Microbiology最新综述文章，归纳讨论了在稳态和炎症期间通过肠道微生物信号对单核细胞稳态和功能的调节作用。（@RZN）
朱立新+刘占举+朱瑞新等：基于肠菌基因的炎症性肠病AI诊断模型
Gut Microbes[IF:9.434]
① 纳入8个队列粪便宏基因组数据集（含870名CD患者和548名健康对照），基于多维度（物种、微生物基因和SNV水平）评估CD患者菌群变化；② 两组间识别到227个物种、1047个基因和21877个SNVs有差异；③ 基于AI构建CD诊断模型，物种、基因和SNV模型平均AUC为0.97、0.95和0.77，且基因模型内外部验证平均AUC为0.89和0.91，对CD和其他微生物相关疾病有特异性；④ 磷酸转移酶系统对基因模型贡献最大，celB和manY具有高预测性，且在独立队列得到验证。
Microbial genes outperform species and SNVs as diagnostic markers for Crohn’s disease on multicohort fecal metagenomes empowered by artificial intelligence
06-06, doi: 10.1080/19490976.2023.2221428
【主编评语】炎症性肠病与肠道菌群关系非常密切，可作为一种有前途的非侵入性诊断工具。近日，同济大学朱瑞新、中山大学六院朱立新、上海市第十人民医院刘占举、中山大学附属第六医院贺青及团队在Gut Microbes发表最新研究，整合了来源于多中心的CD和健康对照共1418例样本的粪便微生物测序数据，全面描绘了CD患者中微生物多维度特征的变化模式，利用AI构建了微生物多维度诊断模型，评估了各个维度特征诊断潜能的优劣，以鉴定最优诊断模型，并验证其疾病特异性，值得关注。（@九卿臣）
陶诗煜+魏泓+刘向东：黏膜粘液乳杆菌的胞外囊泡调节巨噬细胞表型并维持肠道稳态
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:8.462]
① 健康和腹泻仔猪肠道菌群存在显著差异，共31个菌种在两组之间显著变化，如Limosilactobacillus mucosae（黏膜粘液乳杆菌）和罗伊氏乳杆菌等；② 通过粪菌移植，腹泻仔猪菌群导致无菌小鼠生长迟缓、肠道炎症损伤、肠道菌群及代谢紊乱；③ 喂养黏膜粘液乳杆菌而非罗伊氏乳杆菌可改善小鼠腹泻症状；④ 黏膜粘液乳杆菌的外膜囊泡依赖于巨噬细胞，调节巨噬细胞表型从而减轻ETEC K88引起的腹泻症状。
Limosilactobacillus mucosae-derived extracellular vesicles modulates macrophage phenotype and orchestrates gut homeostasis in a diarrheal piglet model
06-06, doi: 10.1038/s41522-023-00403-6
【主编评语】腹泻病具有高死亡率，尤其是儿童和幼小动物。肠道菌群与腹泻病密切相关，值得关注的是一些特定的细菌菌株已显示出止泻作用，然而有益菌株的止泻机制尚未阐明。华中农业大学陶诗煜、魏泓、刘向东及团队在NPJ Biofilms and Microbiomes发表最新研究性文章，该团队使用新生仔猪作为转化模型，在腹泻仔猪中观察到的肠道菌群失衡，主要特征是乳杆菌减少、大肠杆菌增加和脂多糖生物合成通路增加，其中Limosilactobacillus mucosae（黏膜粘液乳杆菌）变化显著，且其胞外囊泡能通过调节巨噬细胞表型缓解腹泻症状。（@RZN）
Nature子刊：胆汁淤积性肝病患者有结肠炎或是好事！
Nature Communications[IF:17.694]
① Mdr2 KO小鼠是一种炎症性肠病-原发性硬化性胆管炎（IBD-PSC）模型，急性结肠炎改善Mdr2 KO小鼠的肝细胞损伤和胆汁淤积；② 慢性结肠炎模型中，结肠炎和肠屏障损伤改善急性胆汁淤积性肝损伤并导致肝纤维化减少；③ 这是由于结肠炎和肠屏障损伤引发细菌成分移位和肝脏炎症，通过脂多糖激活肝细胞的NF-κB，抑制胆汁酸代谢，而与结肠炎诱导的微生物胆汁酸代谢改变无关；④ PSC患者的肠道炎症与较长的无肝移植生存期相关。
Colitis ameliorates cholestatic liver disease via suppression of bile acid synthesis
06-06, doi: 10.1038/s41467-023-38840-8
【主编评语】原发性硬化性胆管炎（PSC）是一种以胆汁树慢性炎症和进行性纤维化为特征的慢性胆汁淤积性肝病。大多数PSC患者患有合并炎症性肠病（IBD），这被认为会促进疾病的发展和进展。Nature Communications近期发表的文章，发现了结肠炎触发的保护环路，抑制胆汁酸代谢，改善胆汁淤积性肝病。这提示我们，PSC可考虑多器官治疗策略。（@章台柳）
新诊断炎症性肠病患者的疲劳评估
Journal of Crohn's and Colitis[IF:10.02]
① 纳入IBSEN III队列中具有完整疲劳数据患者983名（≥18岁），其中68.2%为UC，31.8%为CD，评估总疲劳（TF）和严重疲劳（SF）与社会人口学、临床、内窥镜、实验室及相关患者的关联；② 与UC相比，CD的SF患病率更高，且与普通人群相比，两种诊断SF患病率都更高；③ 抑郁症状、疼痛强度和睡眠障碍与两种诊断的TF增加相关，且临床疾病活动和Mayo内窥镜评分增加与UC的TF显著相关，但以上变量在CD中不显著；④ 除Mayo内窥镜评分外，对SF有类似发现。
Fatigue in patients with newly diagnosed inflammatory bowel disease: Results from a prospective inception cohort, the IBSEN III study
06-05, doi: 10.1093/ecco-jcc/jjad094
【主编评语】炎症性肠病（IBD）患者疲劳症状非常普遍，但是病理并不完全清楚。本文基于近1000名新诊断炎症性肠病患者数据，发现约2/3的IBD患者出现严重疲劳症状，且与抑郁、睡眠障碍、疼痛程度增加与溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）都有关，而临床和内镜活动只与UC有关。（@Bingbing）
NEJM：经皮免疫疗法可治疗儿童的花生过敏
New England Journal of Medicine[IF:176.079]
① 362名1-3岁的花生过敏儿童按2:1分组，分别接受经皮免疫疗法（含有花生蛋白的贴片）或安慰剂治疗，持续一年；② 应答标准为：干预后的花生蛋白的诱发剂量达到1000mg（初始诱发计量＞10mg）或达到300mg（初始诱发计量≤10mg）；③ 干预组的应答率为67.0%，显著高于安慰剂组的33.5%；④ 干预组及安慰剂组的严重不良事件发生率分别为7.8%及3.4%，治疗相关的严重不良事件发生率分别为0.4%及0%。
Phase 3 Trial of Epicutaneous Immunotherapy in Toddlers with Peanut Allergy
05-11, doi: 10.1056/NEJMoa2212895
【主编评语】New England Journal of Medicine上发表的一项3期临床试验结果，在362名1-3岁的花生过敏儿童中，经皮免疫疗法（含有花生蛋白的贴片）相比于安慰剂，可更有效地使患儿脱敏。（@aluba）
HIV感染下肠道菌群及其代谢物与颈动脉粥样硬化的关联
Microbiome[IF:16.837]
① 对患有HIV感染或有感染风险的女性开展一项多中心队列研究，其中320名女性进行颈动脉成像；② 具核梭杆菌与颈动脉斑块正相关，而人罗斯氏菌、Roseburia inulinivorans、Odoribacter splanchnicus、糖解梭菌和Johnsonella ignava菌与斑块负相关，该结果在感染和未感染HIV的女性之间一致；③ 具核梭杆菌与血清蛋白质组炎症标志物正相关；④ 微生物代谢物丙酸咪唑ImP与血清炎症标志物和颈动脉粥样硬化正相关，或与宿主免疫炎症激活有关。
Gut microbiota, circulating inflammatory markers and metabolites, and carotid artery atherosclerosis in HIV infection
05-27, doi: 10.1186/s40168-023-01566-2
【主编评语】新近研究揭示在HIV感染者中观察到肠道菌群的变化。肠道菌群在人类动脉粥样硬化和心血管疾病中起着重要作用，其可能通过调节宿主代谢来部分促进动脉粥样硬化和心血管疾病。然而在HIV感染的背景下，肠道菌群改变如何影响宿主炎症和代谢物，以及它们与动脉粥样硬化的关系尚未得到充分研究。Microbiome最新研究性文章将肠道菌群与宿主循环炎症标志物和代谢物相关联，以探索HIV感染背景下肠道菌群与动脉粥样硬化之间关系的潜在机制。（@RZN）
益生菌可促进乳糜泻患儿的BMI增加
Digestive and Liver Disease[IF:5.165]
① 96名新诊断为乳糜泻患儿随机分为两组，在摄入无谷蛋白饮食的基础上，47名患儿补充益生菌制剂（含5种乳杆菌属及双歧杆菌属的菌株），49名患儿补充安慰剂；② 持续干预12周，随访3个月和6个月，记录生长、实验室和临床指标；③ 治疗3个月和6个月后，两组的BMI-Z评分均显著增加，但益生菌组的BMI-Z评分增加显著高于并快于安慰剂组；④ 治疗后，两组的临床和实验室指标均显著改善，且无显著差异。
Effects of the supplementation with a multispecies probiotic on clinical and laboratory recovery of children with newly diagnosed celiac disease: A randomized, placebo-controlled trial
05-08, doi: 10.1016/j.dld.2023.04.021
【主编评语】Digestive and Liver Disease上发表的一项随机安慰剂对照试验结果，在96名乳糜泻患儿中，在无谷蛋白饮食的基础上，补充包含乳杆菌属及双歧杆菌属的益生菌，可显著促进BMI的增加。（@aluba）
感谢本期日报的创作者：Sunflower，accepted，Jack Chen，RZN，章台柳，aluba