生信技能树论坛-生信基础版块介绍-测序基础
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方；
如果你是一直关注我们，你肯定对这个地方不陌生；
那就是我们的生信技能树论坛（http://www.biotrainee.com）。
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
首先是测序基础。
关于我们论坛的介绍，创始人jimmy最近已经给大家做了很详细的说明，详情请看末尾的大写的真诚。让我们使用论坛的搜索，看看这个版块有些什么吧，这里对本版块的帖子简单分了类，所以可以试试在本版搜索以下关键词（如图）...看看有没有你想要的(#^.^#)
点击【阅读原文】，下面的内容，全部可以超链接至原帖。
关键词：生信人
1.生信人必须了解的公共数据库API-持续收集~~~
2.生信人必须了解的常见ftp资源中心
3.生信人必会数据格式持续收集
4.生信人的浏览器网页收藏夹交流
5.生信人必会软件之genome brower
6.生信人必须会的软件之bedtools
7.生信人必须会的软件之samtools
8.一个生信人拿到自己的服务器必须做的十件事
9.生信人必会经典数据库NCBI-UCSC-ENSEMBL~~~
10.生信人必须了解的各种ID表示方式
关键词：数据库
1.基因表达数据库
2.生物信息公共数据ftp链接大全
3.教你提交Affymetrix芯片数据到GEO数据库
4.HPO数据库下载并且解析
5.clinvar数据库详解
6.GTEx数据库应用之尼安德特人基因仍影响现代人
7.想深度了解一个数据库或者project需要读文献
8.想深度了解一个数据库或project可以看FAQ
9.Pfam数据库蛋白编码能力预测
10.genecard数据库里面涵盖的数据库
11.常用数据库ID表示方式
12.代谢通路数据库汇总
13.NCBI的SRA数据库里面所有样本的描述信息
14.TCIA数据库介绍
15.给生信工程师的cosmic数据库教程
16.遗传资源变异数据库持续收集
17.人类细胞应答生物学网络数据库
关键词：测序
1.一二三代测序原理解读+视频
2.要充分了解你的测序数据--论QC的重要性
3.illumina测序接头的获取
4.一个详细探究测序质量为什么失败的网站
5.sanger测序作为测序界的金标准，还是需要会的
6.测序仪比较之Miseq Vs PGM
7.测序基本名词解释
8.hi-C 测序数据的分析，看这几篇文章吧
9.上传高通量测序原始文件
10.Cutadapt对测序数据质控
11.新一代测序技术综述
12.测序中的insert size
13.Hiseq 4000 recipe (测序原理）
关键词：基因
1.你的基因名称写对了吗
2.不同基因组版本坐标转换大全~biostar经典帖子
3.gene symbol 中的奇怪开头基因
4.千人基因组计划
5.IGB和IGV的区别-关于基因组起始坐标
6.NCBI的参考基因组计划
7.BodyMap和GTEx可以用来搜索一个基因在正常组织的表达量数值
8.千人基因组计划使用的参考基因组
9.全球基因组学与卫生联盟（GA4GH）
10.谷歌宣布加入世界基因组学与卫生联盟
11.全球蚂蚁基因组学联盟（The Global Ant Genomics Alliance, GAGA
12.基因表达谱矩阵中筛选全部的LncRNA
13.你真正了解小鼠基因组吗？Mus musculus GRCm38.p5
14.用bedtools对基因组片段区域进行基因注释
15.三维基因组学简史
16.生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释
关键词：格式
1.Pileup 格式
2.Edit Distance编辑距离（NM tag）- sam/bam格式解读进阶
3.生物信息学格式学习笔记
4.ucsc收集整理的常见生物信息学文件 格式
5.《SAM文件格式说明（中文翻译）》
关键词：NGS
1.NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
2.NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
3.NGS数据的Duplication问题
其他（未分类）
1.sam文件的tag多如牛毛，几人真心搞懂了？
2.你真的了解AAchange的注释信息吗？
3.你永远无法知道你的傻X用户会给什么样的input给你的程序。
4.怎么获取unique mapping read？
5.怎样从Bam文件中取出某特定位点所匹配上的read名称或序列？
6.怎么用TCGA的数据做ROC曲线
7.如何利用seqtk模拟降低测序深度
8.GATK的re-alignment 步骤需要吗？
9.GATK的测试数据
10.IPA软件介绍-Ingenuity Pathway Analysis详细对比介绍
11.IPA软件的pathway跟kegg的有什么区别呢？
12.这个数据集大家可能用得着-RNA-seq of 675 commonly used human cancer cell lines
13.ontonoly的概念及大全
14.ID转换大全
15.refseq简介
16.使用ASPERA更高效地下载SRA-fastq数据
17.miRBase小史
18.把fasta序列读入到R里面去~
19.ICGC介绍-International Cancer Genome Consortium
20.ENCODE计划知识集
21.GTEx项目检测遗传学效应
22.一些分子标记可以直接对应植物的性状
23.NCBI的SRA数据结构
24.区间注释神器bedtools
25.deeptools的用法
26.VCF文件里面比较重要的头 tag-欢迎补充
27.mac装wget
28.Genomic region black lists 这个概念很重要
29.网络的细胞特性图书馆-LINCS
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