METAGENassist帮你搞定宏基因分析的所有图形需求
本文转载自“锐翌基因”，已获授权。
物种组成柱状图，饼图，fold-change分析，组间差异检验，火山图，物种相关性热图，pca，PLSDA，进化树，随机森林，SVM，这么多的分析，你肯定觉得做起来很费时间吧。
今天要跟大家介绍一款在线的分析神器——METAGENassist。用了这款软件，即使你是分析小白，也能迅速搞定上面的所有分析。
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软件简介
METAGENassist——statistical tools for comprehensive metagenomics是一款专门用于测序数据统计的在线网页服务。
网址如下：
http://www.metagenassist.ca/METAGENassist/faces/Home.jsp
此软件2012年发表于NAR，截止2017年12月29日，Google Scholar统计引用105次。
David Arndt, Jianguo Xia, Yifeng Liu, You Zhou, An Chi Guo, Joseph A. Cruz, Igor Sinelnikov, Karen Budwill, Camilla L. Nesbø and David S. Wishart METAGENassist: A comprehensive web server for comparative metagenomics Nucleic Acids Research 2012 Jul;40(Web Server issue):W88-95. Epub 2012 May 29.
进入主页有软件的整体介绍，包括项目介绍、数据输入格式、数据处理流程、统计分析类型、数据输出几个部分。
该软件需要两个输入文件：丰度表文件（taxonomic profile）和分组文件（metadata file）。丰度表文件接受的格式众多，包括mothur、QIIME、MG-RAST、MEGAN、STAMP等软件的输出文件及biom、csv、spf等为后缀的文件。点击Data Formats后可以显示接受的所有文件格式及详细介绍，download可以直接查看参考示例。
Metadata file输入格式为逗号分隔的csv文件，让我们进入实操教程部分。
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操作流程
简单介绍之后，我们接下来将通过一个示例操作，告诉大家如何使用METAGENassist。
首先，上传数据，以16S分析中biom格式的OTU丰度表作为示例。
Biom文件格式如下：
Metadata文件格式如下：
输入文件后submit提交，出现文件基本信息，确定是用OTU ID作为标签，还是选择将归于同一物种的OTU合并，将OTU丰度表转换为物种丰度表。
选择将OTUs归类为物种后点击提交，进入下一步，数据筛选Data filtering，数据筛选遵循以下标准：
根据实验需要确定变量筛选标准后，点击提交，出现筛选结果总结。
点击继续continue，进行数据标准化，从而使得样品之间，同一样品中的物种之间具有可比性。
点击process继续，出现经过标准化的数据分布，由于图片大小限制，最多只能展示50个变量的分布变化情况。
继续点击next，将会出现所有可以展示的结果，根据需要点击分析项目，同时可以个性化修改图形展示结果。
接下来就是结果的展示了：
物种组成饼图
柱状图
热图
PCA
3D-PLSDA
T检验差异物种
T检验p值分布图
火山图
Fold-change分析
spearman相关性热图
进化树
随机森林
特征重要性排序图
SVM
错误率
最后，所有的结果均可一键下载。
好啦，就是这么简单。有了METAGENassist，再也不用抱学霸的大腿了~~快去试试吧！
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