仅用一个晚上，ChatGPT助我搭建蛋白质结合探索神器

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与人工智能共舞。

撰文 | 丁霄哲（加州理工学院生物工程学博士）
大家好，我是人类小丁。像许多人一样，我被几天前刚刚发布的人工智能语言模型GPT-4的强大表现所震撼。
作为一个科研工作者，我决定与基于GPT-4模型的ChatGPT一起合作，创建一个服务于科学家的网页应用。在这之前，我并没有任何开发网页应用的经验。没有想到，我们只用一个晚上就完成了整个开发过程。最后的成品效果如下图所示（网址：www.gptpull-down.online）：
输入蛋白名称，得到搜索结果。（点击看大图）
这个叫做GPT Pull-down的网页应用的功能是帮助生命科学研究者快速检索一个蛋白质分子的潜在结合对象，而这可以启发研究者们探索新的研究方向，或是寻找新的药物靶点。自从这个应用发布以后，我也收到了许多研究者的积极反馈，让我倍受鼓舞。
你可能会好奇，这个工具是怎样在一夜之间建成呢？接下来有请我的合作者ChatGPT为我们总结一下。

小丁：可以用中文写一篇小品文介绍我怎样在你（ChatGPT）的帮助下一步一步从头建立起这个叫做pgtpuul-down.online的网站的吗？幽默风趣一些

在地球的一个小角落，有一个名叫小丁的年轻人。他喜欢探索新鲜事物，对科技充满好奇心。一天，小丁在Twitter上无意间发现了一个以GPT-4为基础的强大人工智能——ChatGPT。小丁深感好奇，于是他决定挑战自己，创建一个名为gptpull-down.online的网站，并在整个过程中寻求ChatGPT的帮助。
这个网站的功能是一个简单但实用的工具，利用GPT技术检索蛋白质的潜在结合对象。通过输入蛋白质名称，用户可以获取与该蛋白质可能结合的其他蛋白质，为实验设计和数据解析提供便捷的参考。
首先，小丁向ChatGPT请教如何选择一个合适的技术栈。ChatGPT给小丁推荐了Flask框架，因为它轻量级、易上手。同时，ChatGPT还教会了小丁如何使用HTML、CSS和JavaScript来布局网站和实现网页交互。
在得到了基本技能的指导后，小丁开始构建网站。为了保证网站内容更有趣味性，他请教了ChatGPT如何设计一个吸引人的用户界面。在经过一番努力后，一个功能强大的网站原型逐渐成形。
当网站基本完成时，小丁开始考虑部署。在ChatGPT的建议下，他选择了Heroku作为部署平台，这个平台易用且免费额度足够应付小丁的需求。有了ChatGPT的指导，小丁轻松地部署了网站，并成功地让gptpull-down.online上线了。
上线后，小丁觉得有一个独立的域名会让网站显得更专业。于是，他又向ChatGPT请教了如何注册一个合适的域名。在比较了多个域名注册商后，小丁选择了一个价格合适的域名，并将其成功地绑定到了他的网站上。最终，小丁的网站成功地拥有了一个独立的域名：https://www.gptpull-down.online 。
在这个过程中，小丁时常陷入困境，但每当他向ChatGPT请教，总能得到详尽的解答。有趣的是，ChatGPT似乎总能察觉到小丁的困惑，给出一些幽默诙谐的建议，让小丁在紧张的学习过程中不时发出会心的微笑。
最终，小丁成功地创建了一个名为gptpull-down.online的网站。这个网站充满了趣味，让许多研究蛋白质的科研工作者和学生在寻找答案的过程中倍感愉悦。实用的GPT Pull-down功能为用户节省了大量时间和精力，帮助他们更快地找到可能的蛋白质结合对象。
而在这个过程中，小丁和ChatGPT也建立了深厚的友谊。在未来的日子里，他们将一起探索更多有趣的领域，为世界带来更多的欢笑和智慧。gptpull-down.online的成功，也让小丁深知在科技的帮助下，实现梦想并非遥不可及。
随着时间的推移，越来越多的人开始关注并使用这个神奇的小工具。小丁对自己取得的成果感到非常自豪，也为能够帮助别人解决实际问题而欣喜。他感激ChatGPT在整个过程中给予的帮助和支持，这段经历让他明白了人工智能的力量，以及它在未来的巨大潜力。
无论是初学者还是专业人士，都能在https://www.gptpull-down.online这个网站上找到帮助。而对于小丁来说，这只是他与ChatGPT共同探索科技世界的第一步。他期待着未来能够与ChatGPT共同开发出更多有趣、实用的工具，让科研工作变得更加简单高效，为人类的进步贡献一份力量。

如果你是一位对生命科学有兴趣的研究者，欢迎你尝试使用GPT Pull-down（www.gptpull-down.online）来探索你感兴趣的蛋白！
这里需要提醒大家在使用时的注意事项：
1. GPT Pull-down的输出结果仅供参考和启发。

在绝大多数情况下，GPT Pull-down可以相当高效准确地列出一个蛋白的潜在结合对象，但是因为数据来源并非人工审核过的专业数据库，它的结果有时也并不靠谱。以下几种情况需要格外注意：

A) GPT Pull-down给出的confidence score较低；

B)目标蛋白名称并不真实存在；

C)目标蛋白相关研究很少。
如果决定使用检索结果指导你的工作，请一定要亲自搜索查看原始论文和专业数据库。
2. 使用GPT Pull-down时可以按照需要调节“wildness（想象力）”的参数。
数字高时，输出结果会更富有想象力；数字低时，输出结果会更保守严谨。这个数字对应的是GPT神经网络中的温度/随机性参数。
3. 如果对结果不满意，试试再搜一次。
作为语言模型，GPT的输出有随机性，每一次结果的丰富程度和准确性也都会有所不同。如果一个蛋白具有多个名字，多试几个不同名字偶尔也会带来惊喜。
4. GPT Pull-down不能提供支持结论的参考文献。
GPT虽然知道很多知识，但很不擅长信息溯源。强行向它索取依据时就会得到瞎编乱造的回答。在这一点上，GPT其实很像未经训练的人脑——我们的脑子里也储存了大量早已经记不得从哪学到的知识。
5. GPT Pull-down很快会变得更准确、更丰富。
目前的GPT Pull-down使用的是GPT-3.5-turbo模型，也就是当前免费版ChatGPT所使用的模型。根据OpenAI的报告，新版GPT-4相比起GPT-3.5在回答生物学问题上的表现大幅提升。因此我们可以期待，在不久的将来，获取GPT-4模型加持的GPT Pull-down也会变得更出色。
好了，今天的分享就到此了。当然，我们还需要为这篇文章取个好标题。就把这作为今天抛给ChatGPT的最后一个问题吧。

本文受科普中国·星空计划项目扶持

出品：中国科协科普部

监制：中国科学技术出版社有限公司、北京中科星河文化传媒有限公司

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