HealthX Talk｜ 上海交大褚晏伊博士分享人工智能TransMut框架

人类白细胞抗原(HLA)和肽(pHLA)之间相互作用的计算预测可以加快表位筛选和疫苗设计。因此，上海交通大学魏冬青教授和熊毅副研究员的博士生褚晏伊和香港大学深圳医院的张艳博士合作开发了TransMut框架。该文章于2022年3月23日发表于《Nature Machine Intelligence》。该框架包含了用于pHLA结合预测的TransPHLA和用于突变肽优化的AOMP程序，它可以推广到生物分子的任何结合和突变任务。

TransPHLA设计了Transformer衍生模型来预测pHLA的结合。在pHLA结合预测、新抗原鉴定和HPV疫苗鉴定方面，TransPHLA均优于现有的14种方法。基于TransPHLA开发的AOMP程序可用于疫苗设计，它可以自动优化突变肽，以搜索对目标HLA具有更高亲和力并与源肽具有高度同源性的突变肽。在3660个非结合pHLA中，有3630个源肽被成功突变。其中，94%通过IEDB的推荐方法得到验证，88%与源肽的同源性高于80%。

研究详情

6月5日14:00，褚晏伊博士将做客HealthX club，分享发表于《Nature Machine Intelligence》的工作：基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计。

HealthX Talk

《基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计》

HealthX Talk主讲嘉宾

褚晏伊，上海交通大学生科院17级致远博士生，师从生信生统系魏冬青教授和加拿大卡尔加里大学Dennis Salahub院士，研究方向为应用人工智能方法在生物医药上的研究，在Briefingsin Bioinformatics和Nature Machine Intelligence等期刊发表论论文十余篇，连续两年获博士生国家奖学金。

主持人

李心灵，佐治亚理工生物信息在读博士，研究领域是用统计学和机器学习的方法分析单细胞测序数据。本科毕业于加州大学圣地亚哥分校生物信息专业，硕士毕业于卡内基梅隆大学计算生物专业。在工业界积累了深厚的生物信息研发经验，曾在飞利浦北美研发中心担任研发实习生，在西达赛奈医学中心担任生物信息研发科学家，在碳云智能担任生物信息实习生，在星药科技担任算法实习生。研究成果发表于European Heart Journal 和 Cancer Management and Research 等国际一流期刊。

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HealthX医疗科技俱乐部是上海交大的学生组织，成立于2021年。俱乐部志在探索人工智能、基因工程等前沿科技对医疗行业的颠覆性革命。从生物医学和工程技术两个角度出发，跨界探索未来医疗的无限可能，推动医疗与前沿科技的深度交叉。HealthX俱乐部成员有来自上海交通大学、复旦大学、卡内基梅隆大学、斯坦福大学、麻省理工大学、北京大学、清华大学等顶尖高校的博士研究生、本科生，上海交大附属医院如新华医院、瑞金医院、仁济医院、上海市第一人民医院、上海市第六人民医院、上海市第九人民医院、上海市儿童医院等医院的医生。同时，HealthX俱乐部也吸引汇聚了一批医疗科技行业的研究专家、创业者和投资人。欢迎志同道合的你加入我们！

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