产品动态 | 时空转录组FFPE产品方案，敲开病理神秘之门
华大时空组学即将发布的时空转录组FFPE产品方案，基于随机探针进行原位捕获，能在同一张切片上实现H&E染色和基因表达分析。与利用polyT进行靶向捕获的技术相比，该方案可以捕获存在降解的RNA，也能实现编码及非编码RNA的共捕获，以及宿主与微生物的共检测，且没有物种限制。
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技术背景
福尔马林固定的石蜡包埋（Formalin-Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本作为长期保存病理样本的金标准，因其保存方便，易于成片，且能较好地保存样本组织形态的特点，在医学与科研领域被广泛应用。据估计，目前全世界范围内已积累了数以亿计的FFPE样本[1]。然而，由于FFPE样本制备过程会导致RNA降解，利用Poly-T探针捕获mRNA Poly-A尾的传统转录组分析方法已不再适用，因此研究者亟需新的技术方法探究FFPE样本的组学奥秘。
新鲜冰冻样本与FFPE样本的RNA情况比较
时空转录组FFPE产品方案，利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，可实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。
产品亮点
01
实现同张切片H&E染色
在同一张FFPE切片上兼容时空转录组分析和H&E染色，可进行多模态数据分析及探索。
02
编码及非编码RNA共捕获
基于随机探针的技术原理，可同时实现mRNA和non-coding RNA的原位捕获。
03
无物种限制
不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种进行时空组学信息挖掘。
04
宿主和微生物共检测
可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系。
05
细胞级分辨率
检测分辨率达到500 nm，可实现空间单细胞水平分析。
应用方向
应用场景示例
01
准确刻画多类细胞的空间分布
基于FFPE样本中的基因表达空间信息，注释多种细胞类型，并精准定位各种细胞类型的空间分布。
乳腺癌FFPE样本，bin50
02
探索癌症组织的免疫特征
基于H&E提供的组织学信息进行组织分型，从而深入探究癌前区及癌区的空间分子特征。
乳腺癌FFPE样本，bin50
参考文献：
[1]Blow, N. Tissue issues. Nature 448, 959–960 (2007). https://doi.org/10.1038/448959a
2024年3月，研究人员基于Stereo-seq等技术方法，开发了一种能够有机结合多种空间组学数据的分析流程，并利用该流程检测了两种FFPE肿瘤样本的空间多组学数据，构建了具有单细胞分辨率的三维空间多组学图谱。该研究成果登上Cancers封面。点击查看文章详细解读。🔗Cancers | Stereo-seq实现FFPE样本分析，助力绘制肿瘤空间多组学图谱
同时，时空转录组FFPE产品方案预订通道也已全面开启（6月30日截止），即刻扫描二维码订购吧。
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产品详细信息及后续活动请密切关注华大时空公众号。
题图 | 李宗辰
排版 | 小飞鱼
审核 | 黎晓玲
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