[变异毒株]大的……大的要来了

大伙儿想必知道，

Delta一家独大之后，

市面上时不时就会冒出来一种论调，

——比如说，请品鉴：

↑ “Delta是不是最后的强力变异毒株？”

呵呵，《卫报》11月21日提出这个煞笔问题，

结果转天就被打脸了。

因为……

大的终于来了。

太长不看版的总结：

• 新毒株B.1.1.529新鲜出炉；
  

• 大佬出面开后门，24小时以内走完本来需要10天左右的命名流程；

• 突变位点异常恐怖，有可能完全逃逸市面上所有单抗；

• 和当初纽约下水道的神秘毒株片段有微妙的相似度；
  

• 可能和最近南非豪登省疫情反弹有关系；
  

• 已经现身国内（香港）
  

---

——请各位首先品鉴一则看似无关的新闻：

↑ 简单来说，

• 2021年10月22日，香港某36岁男性接受PCR检测呈阴性；

• 2021年10月23日，该男性乘机前往南非；

• 2021年11月11日，该男性乘坐卡航QR818航班（经多哈中转）返回香港，抵达机场时PCR检测呈阴性；
  

• 2021年11月12日，该男性在酒店隔离期间再次接受PCR检测呈阳性（此时该病例无症状）；
  

• 2021年11月15日，香港卫生署公布该男子感染的是“N501Y变异株”。
  

---

这里咱需要岔开话题，略微吐槽一下香港卫生署。

他们长期用刺突蛋白特征突变来指代整个毒株，

以至于一不留意就会看走眼……

比如这次这个“N501Y变异株”吧，

惯性思维之下，正常人都会以为是Alpha或者Beta，

毕竟Alpha和Beta都有刺突蛋白N501Y，也都在南非时隐时现~

去趟南非感染上过气的Alpha/Beta也勉强算是正常情况。

但出人意料的是，

2021年11月22日，香港卫生署上传了这个所谓“N501Y变异株”的测序记录；

——请品鉴啊：

K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K

这尼玛都突变得亲妈不认识了，

你香港卫生署轻描淡写一句“N501Y变异株”就打算蒙混过关了？？？

---

哦对了，咱插播一下，

之前简单介绍过的变异株突变位点品鉴指南（请见这里）

用人话来说，突变的写法是前后两个大写字母，然后中间夹一串数字——比如说“N501Y”这样~

这些数字代表刺突蛋白上的氨基酸位点；

数字前面的字母代表标杆毒株的氨基酸类型（这里的标杆毒株是武汉株）；

数字后面的字母则代表突变之后的氨基酸类型。

举个例子，“N501Y”这个突变，指的就是刺突蛋白第501个位点的N（天冬酰胺）突变成了Y（酪氨酸）

---

插播完毕，咱继续回头八卦。

香港卫生署的测序记录上传到GISAID之后，

相似的记录就跟约好了一样，

纷纷从博茨瓦纳和南非冒头~

——请品鉴：

↑ 南非7例，博茨瓦纳4例。

——所以这个变异株的完整突变位点列表长这样：

↑ 茫茫多的一片，数都数不过来……

简单统计下刺突蛋白部分得了：

A67V+69/70del+T95I+142/144del+Y145D+211del+L212I+G339D+S371L+S373P+S375F+K417N+N440K+G446S+S477N+T478K+E484A+Q493R+G496S+Q498R+N501Y+Y505H+T547K+D614G+H655Y+N679K+P681H+N764K+D796Y+N856K+Q954H+N969K+L981F

---

话说，这个公众号的老读者可能听说过，

我们这边有Pango team变异株追踪团队的内线来着…

所以昨天晚上开始，由于及时收到线报，

咱几乎熬了个通宵，

一直在实时跟进这个全新毒株的发现和命名全过程。

如下：

---

2021年11月23日晚上10点，ICL的病毒学家Tom Peacock老师率先揪出这几个可疑毒株；

Peacock老师表示：

LITERALLY THE WORST VARIANT I'VE EVER SEEN.

太简单了，不翻译了吧~

---

2021年11月23日晚11点，以色列卫生部中央病毒实验室的Shay Flesion老师搞出了最早几例测序记录的演化树；

——请品鉴：

---

2021年11月23日晚11点37分，Peacock老师提交新毒株申请；

——请品鉴：

翻译成人话：

涉及南部非洲地区的B.1.1子毒株，在刺突蛋白拥有茫茫多的阴间突变……

---

2021年11月24日凌晨4点，更多的相关测序记录陆续上线；

——演化树逐渐有一点形状了……请品鉴：

哦对了，这几条新的几条测序记录还初步暴露了这一全新毒株的流行情况。

简单来说，全是悲报……

——比如，Pango Team的Hitoshi老师精彩分析，请品鉴：

翻译成人话：

有一个测序记录的病例是未满1岁的小女孩（也就是说已经发生了家庭传播）；

另有三个测序记录分别出现在Ekurhuleni和约翰内斯堡两地。而这两个地方相距约70公里（蔓延范围已经不小了）；

约翰内斯堡国际机场正好位于Ekurhuleni（悲报……）；

香港中招的那位倒霉鬼，他在酒店隔离期间无症状状态下检出PCR阳性（所以从病程进展来倒推的话，很可能是在登机前不久中的招）——而上面提到了，约堡机场正好在Ekurhuleni。

还没完，还有更大的悲报呢~

——请品鉴：

↑ 南非某例的测序原因：

疫苗接种后突破性感染……

---

2021年11月24日下午4点，斯坦福大学分子生物学家Georgi Marinov老师敏锐地发现了部分相似的毒株（含焦量巨高）；

Marinov老师表示：

We have neutralization measurements for another RBD sequence with that many mutations, and it was completely resistant to all monoclonals.

翻译成人话：

我们曾经对另外一个RBD结构域拥有类似数量突变的测序记录进行过抗体中和测定，结果显示……市面上所有单抗全部无效。

很凑巧，Marinov老师所说的那个让市面上所有单抗全部无效化的阴间毒株，其实咱早就已经八卦过了……

请见这里：[含焦量10+]白尾鹿与老鼠，跨物种传染的焦虑

当初纽约废水的那篇预印本提到的一某神秘毒株片段，

也就是下图中的WNY4，

——差不多是这个造型：

K417T+N439K+K444N+Y449R+L452Q+N460K+S477N+484del+F486V+S494T+G496V+Q498Y+N501S+G504D+Y505H+H519Q

各位不妨跟新毒株的刺突蛋白RBD域比较比较，是不是有几分神似？

所以现在问题就来了……

WNY4是尼玛啥来历？？？

---

2021年11月24日下午5点半，到了这一步，大佬们显然坐不住了……

爱丁堡大学病毒学巨咖Andrew Rambaut老师出面督办，

安排手下马仔，剑桥大学的Christopher Ruis老师实际操作。

——请品鉴：

Ruis老师开了后门，疯狂插队，快速走完了整个新毒株确认命名流程。

这货终于有了名字：

B.1.1.529

---

从提交申请到最终命名，

前后花了不到24小时。

据我所知，这应该是Pango Team成立以来最大的一次插队现场……

当初凶名赫赫的B.1.617，

由英格兰卫生署官方出面提交申请，

然后也是Rambaut老师打招呼特事特办，

而且也安排了马仔协办，

最后还是花了接近3天才走完流程

（2021年3月30日提交，4月1日命名）

所以不管B.1.1.529之后发展趋势咋样，

至少登场的排面上，已经算截止目前最大号的了……

大的要来了……

---

新毒株命名搞定了，

但焦虑并没有停止。

——桑格研究所大佬Theo Sanderson老师等人表示：

Interesting that these make up 100% of November-collected Gauteng sequences yet have at least slightly different location data around Johannesburg and a range of sampling strategies (one vaccine breakthrough, others surveillance), on the face of it suggesting high prevalence there.

翻译成人话：

这几个测序记录就是11月份以来整个豪登省地区提交的所有测序记录，并且地点和测序目的各有不同，所以盲猜的话，这货流行率有可能挺高……

而我们知道，B.1.1.529最早现身的豪登省，

刚好前几天一反常态，开始了新一轮爆发……

——请品鉴：

？？？

---

再加一坨焦虑吧。

B.1.1.529还有一个非常罕见的刺突蛋白插入突变。

——名词解释走一个：

——总之，B.1.1.529的这个刺突蛋白插入突变长这样：

刺突蛋白NTD域第214残基位置的EPE插入。

刚好，最早发现B.1.1.529的Peacock老师就是新冠病毒插入突变的专家。

咱之前刚好还八卦过，

请见这里：[变异毒株]传说中神秘的弗林蛋白酶切割位点，说不定是这样出现的…

——根据Peacock老师的说法：

↑ 翻译成人话就是，这个插入突变吧，

插入的多半是宿主身上抢过去的mRNA片段

（具体来说就是跨膜蛋白245基因）……

---

最后来一坨大号焦虑吧，

出自上面提到过的Marinov老师~

（这逼拾我牙慧……）

Marinov老师表示：

We get a zoo of serotypes and strains that circulate all at the same time.

Which is the worst-case scenario.

翻译成人话：

一大堆不同血清表型的毒株将会同时流行。

这就是最坏的局面。

关于血清分型的焦虑，请看这里：